難以迴避的現實是，在現行制度下的農村基層組織架構，由於自上而下的村委會直選的強制推行，圍繞著同一個管理權卻形成了兩個合法的權力中心，造成了黨權與行政權的嚴重衝突：民選村委會的權力是由村民的選票授予的，而村黨支部的權力則是上級黨組織授予的。按照中共統治的制度慣例，黨支部是農村基層的領導核心，村委會必須接受黨支部的領導，成為後娘養的二把手。
而現在，「組織法」成為了由人大通過的正規法律，以國家法律的嚴肅形式賦予了村委會以合法性。於是，黨權的合法性與行政權的合法性在同一個小小的社區並存，爭奪著對基層農村的控制權和管理權，發生衝突既在所難免，又無法給出公正的調節。而解決衝突的最終方式，往往是上一級政權進行直接干預，把民選的村委會置於上級任命的黨支部的領導之下。正如在《憲法》中具有最高權力的全國人大，不過是中共政治局的橡皮圖章而已。有名義上的《憲法》而無實施中的憲政，的確是具有中國特色的權力分配方式。我在河北農村曾見過一個有責任感的民選村委會主任，他說：
「想當個有良心的村官太難了。想為村民謀點利益、做點好事，先要完成上面交下來的稅費任務，先國家、再集體、最後才輪到村民。更要與支部書記搞好個人關係，要不然就寸步難行，因為村裡的所有大事都要支書點頭才算數。別看我這個村官是民選的，也想實實在在為村民出點力，也做了幾件造福於鄉親的好事。但是，外人哪知道有多難。而且，最後的功勞也輪不到我頭上。村裡搞好了，頭功一定是村支書的。你沒見電視中、報紙上表揚的致富帶頭人，淨是村支書。我們這些民選的村官永遠是後娘養的。上頭衡量村官是否稱職的主要標準，不是給村民辦了多少好事，而是能不能保證完成上級下達的各種指標，特別是稅費徵收的指標。」
這位村官道出了民選的村委會主任的難處和委屈。他們只能在兩難的窘境中掙扎：既要與黨權同流合污，對上級領導負責，又想堅持民間授權的合法性和獨立性，對選民負責。而大多數民選村委會主任，最終只能選擇一邊倒的同流合污，形成黨政合一的基層權貴同盟。否則的話，村官既無法行使權力為選民謀福利，更無法使個人利益最大化。
在國內的言論環境中，很難公開討論農村基層的「以黨代政、干政」問題，誰也不想踏「鼓吹否定或擺脫黨的領導」的雷區。面對上述窘境，主流意見只能以打擦邊球的方式提出「折衷方案」：黨支部仍然是基層農村的核心，要理直氣壯地領導民選村委會；同時還要善於領導，尊重由國家賦予村委會的合法地位，也就是既要領導又不能包辦代替，既要監督指導又不能越權干預，保證村委會依法獨立管理村務。而民選的村委會也不能無視黨支部的領導核心地位，村委會成員要明確村民自治必須在黨的領導下進行，要建立村委會向支部匯報請示的制度，決不允許試圖擺脫黨支部的領導。
事實上，這套折衷方案沒有絲毫新意，只是把中共管理國家、管理企業的辦法搬到基層農村，正像改革以來高喊了十多年的「黨政分離」、「政企分離」口號一樣，只不過是虛擬舞台上的表演而已，一旦遭遇現實，要麼有名無實，要麼黨政衝突難以化解，最後還是回到「黨的一元化領導」上。只要黨的絕對權力不變，任何選舉和自治皆解決不了基層政權和村民自治的根本衝突，哪怕決策層最初抱有善良的願望，也無力衝破一黨獨裁製度的僵硬。
然而，農民本身在實踐中摸索著消除一村兩權相衝突的辦法。有的地方通過選舉將兩權合一，在選中不再區分支書和主任，放在一起投票，哪個得票多，哪個既是支書又是主任，遼寧，山東等地都作過試驗，有成功也有失敗，關鍵看縣、鄉兩級政權是否尊重這種兩權合一的選舉結果。有些地方讓支書出任村民代表大會的頭兒，村民大會既是村委會行政的監督機構，又具有重大村務的決策權，實際上換湯不換藥。有些地方讓支書和主任這兩個職務都在全村直選中產生，雖然沒有解決一村兩權的問題，但是兩個當選者都要尊重民意，在出現無法調節的矛盾時，就交由村民大會投票決定。
雖然以上辦法多少能緩解黨權與行政權之間的矛盾，但也是治標不治本的權宜之計。黨權的核心地位，不僅使自治徒有其名，而且使基層農村的管理成本毫無道理地高昂。正如大陸納稅人不但要養活龐大的政務系統，還要養活更為龐大的黨務系統以及八個充當花瓶的民主黨派。
就鄉村自治來說，中共政權治下的農村，既不是傳統的自然村落或熟人社會，沒有傳統農村的權威系統；也不是國家行政區劃的「行政村」，吃不到所謂的「皇糧」。在執政黨下達的「基層政權民主工程」的統一指標的強制下，使農村基層組織變成一個非驢非馬的怪胎：農村基層的管理機構－－村委會－－要靠農民出錢養活卻很難對農民負責，而不吃政府財政飯卻要對政府負責；靠村民的選票上臺卻不能獨立行使選民授予的合法權力，必須接受黨支部的絕對領導。哪裡還會有這樣對選民權利如此不公平的鄉村自治？政府不掏一分錢卻佔盡所有好處！
同時，關於鄉村自治的大多數討論還陷入了另一個脫離國情的誤區－－民主萬能，或者說，陷入了執政黨強制推行的村委會直選的誤區。凡是不合於民主直選的村民自治形式，一概斥之為「封建殘餘的復活」。中共高層三令五申，在推廣村民自治的過程中，一定要防止宗族、宗教等舊勢力舊習慣的復活和坐大。在這樣的決策下，中共基層政權一旦受到來自村民自治組織的挑戰，便以防止宗族、「村霸」和黑社會為藉口，打擊任何帶有「鄉紳治村」或「宗族組織」色彩的村民自治。
然而，在中國大陸的國情之下，比照傳統農村的基層管理，無論是鄉紳治村還是宗族議事，關鍵不在於是否民主或是否實施「村委會直選」，而在於執政黨的權力或國家權力是否真正撤出基層農村，給村民以真正的自治權利。既然是自治，吃的就不是「皇糧」，出錢出力的村民自然會對村官做出自己的評價。自治採取何種形式、某位村官是否稱職、村裡的公共管理和公益事業所需支出，均以村民的多數自願同意為基本底線。嚴肅地講，只要不觸犯法律，村民們採取什麼方式自治，政府根本無權干預和強制改變。至於具體的自治形式－－是村官直選還是宗族組織或鄉紳管理－－應該尊重村民本身的自願選擇。公共權力誕生於民主程序的村民自治，由民主選舉、民主管理、民主決策和民主監督的一整套程序來實施，固然是最佳選擇。但是，在廣大農民沒有經過任何民主管理的訓練、民主意識淡泊的國情下，農村傳統的組織形式如宗族議事未必就不是當下的次佳選擇，甚至就現階段的國情民意來說，有些血緣關係密切的一姓獨大的自然村，基於血緣的宗族組織管理模式毋寧是最佳自治形式。只要奉紀守法、管理有效和村民接受，這種形式肯定是組織成本和管理成本較低的選擇。
換言之，雖然現代政治是超越傳統血緣紐帶的民主政治，不能以熟人關係或血緣紐帶為基礎，但是民主國家決不能在民眾不接受直選的情況下，強迫民眾取消血緣宗族組織而接受直選，更不能以政權的意志強加所謂「善政」－－即便是現代的民主制，即便是經由多數授權－－也不能強制剝奪原住民選擇自治形式的權利。比如在西方的民主國家，都有一些小社區進行著各種非民主的自我管理試驗，只要這種試驗沒有造成對人權的侵犯、沒有傷害社會公益－－沒有違反法律，任何外人無權強行干涉。因為民主僅僅是現代政治的一個方面，民主也不能實施超法律的強制。何況，只要有自治的自由，沒有民主也能做到人權保障、經濟繁榮和政治清明，英國以有自由而無民主的方式治理香港一百年就是最好的證明。在個人自治與國家統治之間，最大的惡就是國家強權對弱勢個人以及少數族群的強制，無論這種強制是以多麼堂皇的理由行之。現代民主政治所要制止的並不是村民選擇何種自治形式，而是那些對人權造成侵害的濫用權力。
現代政治制度得以建立的道義基礎及其組織架構，其核心是保障個人權利和限制公共權力，但並不是只針對某種公共權力，比如「鄉紳權力」或「宗族權力」，而是針對任何形式的公共權力的濫用。現代社會劃出了明確的私域和公域的界限，個人私域擁有一些不容以任何理由施加強制侵犯的權利，由此推廣向一個行政單位或一個社區，相對於國家而言，除了經過討價還價的協商及其多數同意出讓一部分公共權力給國家之外，其餘的就是不受國家干涉的自治權利。這就是通行的自由原則，無論什麼樣的公共權力都不能侵害個人自由和住民自治。何況，作為一種公共權力，宗族組織的「族權」並不天然比其他形式的公共權力更惡，只要在法律的制約下不被濫用，它未必不是一種有效的自治方式。
現在中共推行的自上而下的直選，恰恰就是國家強權的強制，而不是尊重村民意願的真正自治。最高當局以立法的形式貫徹自己的意志，根本不顧及千差萬別的基層現實，層層下達，要求一刀切地貫徹執行，每一層都為下級定出直選普及的百分比和時間表，作為基層官員的政績指標，以強制性權力硬逼著村民搞直選，即便大多是走形式也要搞。
本來，基層農村的自治，國家政權不出錢不出力，自然也無權干涉，更不能以行政權力強行改變。所以，中共現行的基層管理，實乃最大的「惡政」－－不出錢不出力卻又收錢又白用勞力，還要掌控農村基層的一切權力。事實上，中共執政後，為了全面控制社會的每一個細胞，按照「支部建在連上」的黨控軍隊的模式，把政權的觸角伸向了最基層，實行「支部建在村上」，致使基層社會的管理成本超過歷史上任何一個政權，而這些超額成本不是由政權財政承擔，而是由本來就貧窮的農民承擔。所以，即便不談政治權利的有無，而僅就村莊管理的成本和收益來說，農褚
