在阿富汗戰爭中，被反塔利班力量俘獲的外籍士兵中就有一些新疆的維吾爾族穆斯林。北京說，這些人是新疆分離主義分子，並且要求將這些被俘的穆斯林武裝分子移交中國。
西方一些學者認為，新疆與西藏在政治上有許多相似之處，不過和西藏人相比，新疆維吾爾族沒有一個像達賴喇嘛那樣富有領袖魅力的領導人，承擔起向世界解釋維吾爾族人處境的責任。
英國達勒姆大學教授迪倫認為，北京正在加緊對這兩個少數民族地區的控制。
達勒姆說，北京總是要引述幾千年的史料來證明新疆和西藏都是中國領土的一部分。但是真實的情況是，新疆和西藏是18世紀後半葉才並入中國版圖的。
中國當局過去一直對新疆分離主義暴力活動保持沉默，但是現在開始公開譴責這些活動是國際恐怖主義活動的一部分。
根據中國政府公布的近幾年在新疆發生的炸彈攻擊和騷亂事件資料，在過去十年裡，維吾爾族分離活動造成40人喪生，330人受傷。
中國外交部最近表示維吾爾族分離運動人士與本．拉登集團有聯繫，而且受到聖戰思想的影響， 因此中國認為應該鎮壓這些人。 但是，在德國流亡的維吾爾族人阿爾普查肯認為這是北京的藉口。
阿爾普查肯是1944年建立的東土耳其斯坦共和國已故領導人的兒子。這個共和國建立五年後被共產黨鎮壓。
阿爾普查肯說，他相信可以找到一個和平的解決方案，但是他又擔心，北京的現行政策有可能會產生新一代的極端分子。
阿爾普查肯說："北京政府認為我們這些人今後幾十年會死去。那麼我們是應該像英雄一樣勇敢獻身呢，還是應該像膽小鬼那樣壽終正寢？"
新疆維吾爾族人擔心，他們的語言和文化正在慢慢消失。而他們的領導人不是同中國當局進行合作，就是遭受當局鎮壓。
新疆維吾爾族女企業家熱地亞在事業上非常成功，她被當局立為模範。但是在1999年8月，她因一些不嚴重的過錯被判處8年監禁。他的家人包括她的女兒阿基達被迫流亡美國。
阿基達這樣解釋中國當局逮捕她母親的真實原因： "中國當局逮捕我母親，目的是要使維吾爾族的希望破滅，因為當時美國正在幫助科索沃的穆斯林。北京希望警告維吾爾社區，不要依賴西方的幫助。"
"但是維族社區一直抱著很大的希望，我知道，英國和美國是不會袖手旁觀的。我母親是無辜的。她將會很快獲得釋放。"
