在為數眾多的內外矛盾當中，以台獨、藏獨、疆獨等代表的分裂勢力的壯大，可謂北京最為棘手的處理難題。毫無疑問，雖然陳水扁提出的「一邊一國」論似乎反應不佳，在國際社會迴旋空間狹窄，但面對中華民國不依賴北京而獨立存在的政治經濟力量，尤其是贏得西方國家普遍好評的民主自由體制，造成北京雖然可以用國際社會認同的「一中原則」來反制台獨，但卻沒有真正可以促統的有效手段。
與臺灣相比較，西藏、新疆則是在北京有效的統治範圍內，任何獨立勢力隨時可以遭到鎮壓，但無可否認，在達賴流亡政府的外援，以及疆獨力量的煽風點火之下，西藏、新疆等地的分裂勢力非但沒有消聲匿跡，相反在現代化發展過程中地區差距日益擴大、民族矛盾日益尖銳的情況下，大有在地下蔓延的趨勢，北京如果不加以重視，對其民族政策不做深刻的反省，消弭分裂勢力尤其是恐怖主義勢力存在的溫床，那麼，在各種社會矛盾的引爆下，中國大陸的分裂危機並非是天方夜譚。
當然，平心而論，同蘇聯時代史達林的民族政策相比較，中共的民族政策尚屬溫和。僅以西藏來說，今年是所謂西藏「和平解放」五十一週年的紀念年，北京在西藏展開了大規模的宣傳活動，也加速開放西藏的門戶，來抵銷流亡海外的西藏政教領袖達賴的影響力，在中共歷舉的政績中，有這樣幾條：五十一年中央對西藏的投資和財政補貼達五百六十九億元人民幣；西藏自治區的生產總值在二○○一年達到一百三十八億元，比1951年增長35倍；西藏人口從五十年代的一百萬人發展到今天的二百六十二萬人；藏族和其他少數民族幹部達到全體幹部總數的百分之七十二點九；在保護宗教文化方面，自上世紀八十年代以來，也累計撥款三億多元，維修了四百多座文物古蹟和宗教活動場所，目前又計畫投資三點三億元，對布達拉宮、羅布林卡、薩迦寺三大重點文物進行維修。
儘管如此，西藏獨立的隱患仍然遠遠沒有消除。達賴喇嘛在國際上指控北京蓄意破壞西藏傳統宗教文化，沒有誠意給予西藏高度自治，西藏內部的僧侶精英，甚至年輕一代，也不滿北京操控一切政治權益，將無神論凌駕在達賴班禪的精神領導之上。面臨這種情況，北京不能迷信現代化發展能夠解決西藏的一切問題，因為全球化的劃一性發展，正好激勵地方化和本土化的定位認同，再加上西藏宗教傳統與北京共產主義的意識形態格格不入，就會使西藏民眾把現代化對傳統生活方式的衝擊誤解為民族壓迫，使西藏的離心力更大；同時，如果北京只強調西藏是中國領土不可分割的一部分，只強調歷史上西藏屬於中國，而不是向西藏民眾表明在統一的中國下西藏今天和明天的美好前景，那西藏民眾尤其是藏傳佛教的信徒們難以從內心深處認同北京的「大一統」觀念，而把它視為是歷史上封建大一統觀念的延續，缺乏民主自由和公民自決的現代精神；此外，在現實政治的操作中，然後北京強調重視少數民族，但漢人永遠是第一把手，藏族幹部只能做副手，就會使藏族民眾認為自己矮人一等，無法確立民族自尊心和自信心，同時也懷疑北京的「援藏政策」是「項莊舞劍」、「黃鼠狼給雞拜年」，最終是扼殺西藏的宗教文化，把藏人變成漢人附庸。
由上所述，北京在西藏投入如此巨大的人力物力，再加上強硬的政治軍事控制，都不能完全「征服」藏民的人心，何況臺灣長期獨立於北京的統治，在經濟上尤其是民主政治上取得遠優於北京的成就，難道北京的文攻武嚇、以商圍政、大一統宣傳就能獲取收復臺灣的成效？可見，面臨台獨、藏獨乃至疆獨的挑戰，北京必須反躬自省，放下鴨霸心態，堅持經濟開放，推動政體改革，以平等友善之心與達賴、臺灣執政當局展開談判，爭取民心民意對中國統一的認同與支持，因為畢竟大部分的全球華人不願意看到中華民族四分五裂，更不願意看到中華民族陷入內部戰爭的萬劫不復之地。
