首先，何雖自稱物理學家，但他連三流物理學家都稱不上。以他的學術水平，連美國一個三流大學的終身教授都拿不到。如果何祚庥對這個評價不以為然，請他把自己的學術論文（中文也可以）拿出來讓我們讀一下，看是否有值得一提的任何物理學理論。
至於「中科院」，連江澤民的三流大學畢業的兒子都能成為「中科院」的副院長，何祚庥的院士的水平想必好不到那裡去。如果何祚庥對這個結論不同意，請他把自己評院士的學術資格告訴大家。
我寫這些並不是人身攻擊，我也不想追究何祚庥過去的一些可笑的理論和打棍子的行為，畢竟在過去那個荒唐的時代，很多人都做過想起來很羞愧的事情。但是直到今天，何祚庥仍然打著「中科院院士」的幌子在為獨裁政權迫害法輪功製造藉口。那麼，我們必須讓讀者知道，他這個「中科院院士」到底有多少「含金量」，到底是個大師級的科學家，還是個只有點科普知識的政治打手。
著名經濟學家張五常日前有一篇文章「聖誕前夕有感」，他說：
「我不是個虔誠的基督徒，更不想宣揚宗教。但當我今早知道國內的聖誕節不是假日，很有點反感。我知道國內的政權是不喜歡宗教的，多帶幾本聖經進口是大罪。我不鼓吹宗教，但認為有些人，好比我自己的父母，宗教信仰是重要的。對這些人，宗教起碼是一種寄託，是思想的一個安息所。你不信，不應該禁止他人信；你不到教堂崇拜，不應該認為他人那樣做是沒有意思的。數之不盡的大智大慧的人，數之不盡的博學之士，數之不盡的頂級科學家，久不久都到教堂去崇拜一下，很虔誠的。」
我對張教授不瞭解，但他的想法至少是一個有良知的學者的想法。何祚庥明知道大陸獨裁政權迫害法輪功學員是多麼殘忍，而三年來的事實也證明法輪功是極為和平的信仰，即使遭受野蠻迫害也沒有任何極端的行為，但何仍然為獨裁政權的迫害辯護，其人格和他的學術水平一樣低劣。
何祚庥在接受國外媒體採訪時曾故做幽默地說他相信牛頓力學，以諷刺法輪功學員不懂科學，難道他不知道牛頓在後半生一直在研究宗教？難道他不知道牛頓一直是宗教的信徒？而且修煉法輪功的人裡有很多科學界人士，如台大一個大學就有好幾位教授是法輪功修煉者。大紀元時報去年曾採訪目前任教於芝加哥大學的吳偉標博士。吳博士是一位法輪功學員，他在攻讀博士的四年時間裏，發表了近十篇論文，這在大陸留美學生中出類拔萃。法輪功的明慧網上也有「科學探索」的欄目討論科學。相信很多法輪功學員的學識比何祚庥要強得多。
關鍵是以目前科學已有的知識來評判精神信仰是很荒謬的事情，而把科學作為迫害一個和平的信仰的棍子更是很邪惡的事情。當年迦利略、布魯諾受到宗教裁判所的迫害和殘殺，而何祚庥等人今天的所為和宗教裁判所有什麼區別？他到底是維護科學尊嚴還是在踐踏科學精神？在幾十年前那個政治壓倒一切的時代，何祚庥根據共產主義的一些所謂的思想提出些可笑的理論或向別人打棍子可以得到一些榮耀。在今天，他又拉起科學的虎皮，對一個和平的精神信仰大肆攻擊，既得到了「維護科學」的名頭，又獲得了獨裁政權的賞識。假如他生在宗教裁判所的時代，他一定是一個打著宗教名義討伐「異端」的「鬥士」。這種永遠站在強勢一邊，毫無風險地表現自己的「正直」，其實是更下作的卑劣。
其實如果真的關心中國科學的發展，我覺得一個思想自由的環境才是根本。在社會上，允許一些人提出與眾不同的思想。在學校裡，鼓勵學生提一些古怪的問題，做一些與眾不同的事情，想別人所不敢想。在過去的二十多年來，大陸一直是急功近利，辦少年班，把一些小孩子搞到大學裡去拔苗助長。辦數學競賽和集訓班，拿了很多獎牌，其實科學研究最重要的素質是提出問題，而不是解決別人已經定義好了的問題。我遇到很多當年數學競賽的高手，思想上太死板，沒有什麼想像力。我自己其實也受這個影響，因為我本人也是數學競賽賽出來。大陸留美從二十年前就開始，現在在大學教書的也不在少數，但大師級的人物出了幾個？倒是香港、臺灣彈丸之地出了些人才，當然這都是上一代的事了。有人說時間沒到，但其實大師的成果都是年輕時出來的呀。你看看當年量子力學的奠基人，他們很多人達到頂峰時還都是翩翩美少年！我們再看一看中國古代的所謂封建社會，那時也是獨裁，可是還有唐詩、宋詞、有紅樓夢，出了很多我們現在仍然崇拜的大宗師。即使在國民黨當政時期，也出了魯迅、胡適這類人物。那麼大陸這幾十年出了什麼？現在三個代表倒是吹得天翻地覆，對全國人民強行灌輸，讓各級官員背誦，其實都是什麼下三濫的貨色？我們再看看歐洲的小國，出了多少大師？連大陸人看不起的小日本在物理、數學上都出了一些大人物。我們中國「地大物博」沒有什麼大師，難道中國人智力低下？絕不是。一個不容忍異見的環境是不容易產生大師的。
