而早先居民住宅區染病人數最多的淘大花園E座，再陸續有居民染上非典型肺炎，週一凌晨香港衛生署宣布行使香港「防止傳染病蔓延法例」，從清晨起把整座大樓隔離十天。
在此期間，除非獲得衛生當局的書面准許，所有居民禁止出入。
當局將為所有大樓裡的居民提供一日三餐的膳食，並有專人照顧被隔離居民的日常生活需要。
香港衛生署在大樓的大堂設立衛生理療檢查站為居民檢查身體健康，當局還派出臨床心理學家到大樓為居民提供心理輔導。
不尋常的做法
香港衛生福利及食物局長楊永強稱，淘大花園的非典型肺炎病例爆發得非常嚴重，當局的決定是不尋常的做法，希望能夠得到居民的諒解，他呼籲在隔離前已經離家的居民盡快和衛生當局取得聯繫。
楊永強稱，淘大花園E座是居民區內非典型肺炎散播的源頭。據香港媒體報導，第一個病發的家庭的男戶主曾經到過非典型肺炎重災區的沙田威爾斯親王醫院探望過染病的家人，該個家庭的成員染病後，病毒就開始在居民區內開始蔓延。
當局一直表示非典型肺炎的傳播主要是以飛沫以及接觸來傳染，不過一名呼吸道疾病方面的醫生記者採訪時稱，非典型肺炎在淘大花園傳播的速度如此之快，使人擔可病毒有可能通過空氣傳播。香港衛生署長陳馮富珍也曾經公開表示過當局從未排除空氣傳播非典型肺炎病毒的可能性。
歡迎態度
淘大花園的業主委員會聯會主席葉興國成歡迎當局把E座隔離的措施，但表示決定來得太晚，葉興國表示隔離措施對居民區內其他座的居民有好處，也防止病毒進一步蔓延到社區。據香港媒體的報導早，先香港地鐵灣仔站發現染病的員工就是淘大花園的居民，當局曾經一度封閉一部分地鐵站進行消毒清潔。
當局週一清晨開始隔離的淘大花園E座總共有33層，264戶居民，當局已經在週一早上開始想居民提供膳食，並派出衛生人員挨家挨戶進行訪談及發出當局的通知信。當局宣布，不遵守隔離禁令的居民會被罰款5,000港元，或被監禁6個月。
