據悉，這是香港開埠以來，首次因傳染病要事先設定一位「後備」首長（行政長官或港督)，避免政府施政癱瘓。
據蘋果日報記者李慧玲、黎國剛7日披露，香港上月爆發非典型肺炎危機初期，特區政府被廣泛批評低估事件；吸取教訓，政府高層近日對事件態度作一百八十度轉變，除高度戒備外，更力圖轉守為攻，爭取在危機出現前盡早部署解決方案。在上述背景下，據悉政府內部近日正制訂一套應變計畫，其中最敏感的項目，是包括董建華在內的政府高層一旦感染病毒而要被隔離，如何避免政府施政癱瘓。政府內部評估，政府高層以 生福利及食物局局長楊永強感染病毒的機會率最高，因為楊氏直接處理非典型肺炎事件，經常要親自前往各醫院瞭解情況，又長時間與前線醫護人員接觸。董建華和其他政府高層，受感染機會遠不及楊永強。不過，由於董和其他高層官員經常與楊永強接觸，一旦楊永強不幸被感染，包括董在內的政府高層也可能同樣要被隔離。
有官員半開玩笑半認真說：「如果楊永強受感染，可能整個行政會議的成員都要被隔離觀察！」
在內部討論中有人提出，即使上述可能性出現的機會不高，但在非典型肺炎病毒肆虐下，政府也必須事先制訂一套完整的應變計畫，以防一旦高層感染病毒而要隔離，政府施政也不致被癱瘓。
其實，《基本法》對行政長官的署任人早有安排。根據《基本法》五十三條：「行政長官短期不能履行職務時，由政務司司長、財政司司長、律政司司長依次臨時代理其職務。」換言之，《基本法》規定只有三名司長才能擔任署理行政長官。
但日前情況下，政務司司長曾蔭權和財政司司長梁錦松，現時都高度參與協助董建華處理非典型肺炎危機。一旦董建華感染病毒，曾、梁兩人都會因為與董有密切接觸而要被隔離。因此，在內部討論中，曾、梁均被排除做「後備」特首。
梁愛詩在事件中一直扮演政府法律顧問。她屬下的民事法律科，分別就包括《檢疫及防疫條例》等條例、事件可能引起的訴訟，向政府提供意見。
政府高層認為，相對於曾蔭權和梁錦松，梁愛詩較容易在事件中抽身，減少出席一些感染肺炎「高危」的會議和活動，以便一旦高層受感染，她仍然可以「置身事外」，以署理特首身份主持大局。一名消息人士形容，梁愛詩作為「後備」特首，是現時唯一一名被列為要高度受保護免被病毒感染的政府高層。
除梁愛詩做「後備」特首外，政府也規定與董建華開會時、與曾蔭權開會時，所有人都必須戴口罩，減少高層受感染機會。據悉，雖然董建華及多位主要官員出席公開活動都沒有戴口罩，但行政會議每週二開會，所有成員都已經要戴口罩開會。
繼金融管理局、匯豐銀行等金融機構安排員工分流上班以減低受感染風險後，部分政府部門亦把員工分A、 B兩組，分組上班，以防一旦有人受感染，也不必全部員工都要受隔離，部門仍可維持有限度運作。部分部門則容許員工以便服代替穿西裝上班，方便清洗更衛生。
