據說朱鎔基到任之後，曾經有上海市委的中層幹部私下議論「中央怎麼給我們派了個右派市長？」傳到吳邦國耳朵裡後，被吳邦國嚴令制止。
朱鎔基到上海工作後，與江澤民之間的矛盾並不像後來外界所傳播的那樣激烈。而吳邦國作為當時主管黨務的副書記，與朱鎔基之間基本沒有產生矛盾的可能。
朱鎔基到任上海之後，江澤民手下的上海市委副書記排名順序是：朱鎔基（兼市長）、楊堤、黃菊（兼任第一副市長）、吳邦國（專職黨務副書記）、曾慶紅（主管宣傳、統戰、外事、群眾團體等）。
也就是說，此時的黃菊在市委裡的排名仍在吳邦國之前。
一九八九年「六四」事件之後，朱鎔基雖然接替了江澤民的市委書記職務，但他平時仍然還是把大部分的工作精力放在市政問題上，並在市委會議上明確宣布黃菊作為市委第一副書記，工作重心並不在市委，而是在他的市政府常務副市長位置上，市委第二副書記吳邦國要挑起常務副書記的擔子。
這樣一來，從一九八九年六月至一九九一年三月的這段時間裏，朱鎔基對上海市委的黨務日常工作基本上完全撒手。
朱鎔基調中央工作之前，雖然吳邦國和黃菊均未能提前猜想到朱鎔基居然也會在江澤民上調中央之後，被鄧大人點名進入國務院領導層，但此二人均都明白朱鎔基因年齡原因在上海市委書記和市委位置上最多只能幹到一九九三年。而當時上海市委的接班梯隊也已經明確顯示出吳邦國接黨，黃菊接政府的跡象。沒有想到因為朱鎔基於一九九一年即上調中央，令他們兩位分別升任上海市委書記和市長的時間提前了兩年。
按照中共省級領導班子調整的習慣作法，黨委一把手無論是退休還是調離，兼任黨委二把手的行政一把手便接替黨委一把手；以黨委副書記身份兼任行政二把手者，自然最有可能依次遞升，出任行政一把手兼黨委第一副書記。
所以，假如朱鎔基一九八九年接替江澤民上海市委書記之後，即被要求交出市長職務，無疑會由黃菊接任。在此前提下朱鎔基專任一段市委書記職務再離開上海，接替其市委書記職務的人就很可能是黃菊而不是吳邦國了。
毫無疑問，當年鄧小平等政治元老在決定了由江澤民接替趙紫陽總書記職務時，不可能同時設計好了「待時機成熟」再調朱鎔基入主國務院的接班人培養計畫──何況鄧小平在一九九一年決定調朱鎔基進京時還說過「朱鎔基這個人才我們發現晚了」。至於朱鎔基接替江澤民上海市委書記職務後，為什麼沒有依「黨政分開」的原則及時令他將市長職務交出，外界無從查考。但也正是因為有這樣一個前提，在決定朱鎔基進京時，便同時空出了上海黨、政一把手的兩個位置。於是，第一副市長黃菊接替市長職務入情入理，本來在市委副書記中排名黃菊之後的吳邦國反而躍升到黃菊之上，接替了市委一把手職務。
在歷經陳國棟、芮杏文、江澤民、朱鎔基四位上海市委書記過程中，有「上海老大」之稱的陳國棟對吳的仕途起了關鍵的提攜作用。也由於陳國棟在位時，一直對鄧小平的改革開放政策，特別是對特區政策持觀望態度，被視為以陳雲為首的黨內保守派在上海的重臣，是故上海的中基層幹部們一般不把吳視為有強烈改革意識的人物。
吳邦國在上海工作期間，並沒給一般民眾留下有關他政績的特別印象，與陳國棟有著隱約可顯的私人關係和某些觀念上的重合，但當年的鄧小平似乎並不排斥吳，反而對他讚揚有加。主要原因可能是鄧大人在去世之前的幾年裡對上海發展予以特別關注，定期前往視察、打氣，使吳邦國在陪同之時有給老鄧留下印象的機會──這往往是中共年輕幹部在政法仕途上可望不可求的捷徑。
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另外，吳邦國接任上海市委書記之時也正好趕上鄧小平和陳雲已經在加快上海浦東開發的問題上達成了「求大同，存小異」的基本共識，客觀上使吳邦國和上海市其他主要幹部在兩派政治老人之間走「政治鋼絲」的難度有所減輕。有人評價一九八九年江澤民從上海進京是得益於鄧小平向陳雲一方妥協，後來吳邦國從上海進京則是得益於陳雲向鄧小平一方求和。這話也許多少有些道理。
在江澤民和朱鎔基之間，吳邦國當時也努力地達到一種安全平衡。接替上海市委書記職務後不久，他即在一次內部會議上自謙地表示：比資歷、水平和工作能力，自己自然不能與我們的前任市委書記江澤民、朱鎔基相比，但對做好上海的工作卻是有充分的信心。
他當時列舉的有力條件主要有：上海退居二線的政界元老如陳國棟、江道涵對新領導班子始終堅持支持；市委和市政府關係一向融洽；各級幹部素質好，工作兢兢業業，責任心強；全體市民氣較順，廣大市民顧全大局，能理解和支持市委市政府工作。
話說到這份上顯示吳深諳上海市人的精明之道。在處理中央與地方的關係上，吳的表現也可圈可點，亦暴露他的政治企圖。
他曾經公開說，上海官員在滬講「北京話」，與北京保持一致，在北京講「上海話」，向中央反映地方工作的困難。
吳在一九九二年接受《中國時報》總編輯黃肇松、副總編輯俞雨霖採訪時說得更明確：「上海各方面的工作，都是在中央的領導下進行，而中央也能充分放權給上海，可以說沒有中央的支持，就沒有上海的今天的局面。所以我們目前的方針是該上繳的稅一分都不能少，其次是完成中央交付的使命，第二是服從國家的統合調整。例如一九九一年華東地區的水災，要求上海炸壩，而炸壩的結果可能導致上海本身的嚴重損失，我們還是依照中央的指示去辦，畢竟中央還有全盤因素的考慮。」
如此的「大局為重」的談話，在鄧小平「九二年南巡」之後的地方諸侯的言論中是罕見的。其它人多是呼籲中央下放更多的權力，給予特殊的政策。能夠對吳邦國行為作出的合理解釋，只能說是他對自己的政治前途設計打出了充分的「提前量」，早已將自己從政的著力點放在全國而非上海一隅。
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