為有效監督相關預算執行，立法院將成立ＳＡＲＳ防治及監督委員會，並要求預算通過後一個月內，行政院應將施行計畫內容、施行細則等送立院審查、查照，讓外界有所依循；同時也要求行政院對五百億元執行成果，每個月向立法院做專案報告，以利監督。
在朝野都有盡速通過共識下，「嚴重急性呼吸道症候群防治及紓困特別預算案」在一週內分別完成聯席會審查、朝野協商，並於昨天完成三讀。其中衛生署及國科會共編列約二百五十億元用於醫療保健及防疫支出，交通部及經濟部共編列近二百億元用於紓困及補貼。
預算分配方面，衛生署編列二百三十八億余元最高，其中二百億余元用於醫療保健支出，包括建立預警體系及醫療通報制度、教育宣導及補助受感染者等費用；其餘近三十一億元用於補助醫療機構相關損失。
另外，國科會也編列二十億元，整合辦理有關ＳＡＲＳ的基礎醫學、治療藥物與疫苗開發等研究項目。
在補助相關產業方面，交通部編列一百零五億元，除近三十三億元用於交通事業防疫及隔離費用，其餘七十二億余元用於經濟服務支出，包括補助各式陸空客運業、旅館業及旅行業等。
經濟部也另編列九十三億余元用於捐助中小企業信用保證基金、補助醫療機構、員工薪資貸款與營運資金融資的信用保證所需資金，以及辦理中小企業融資協調服務、協助產業加強出口拓銷等用途。
而勞委會編列三億余元辦理強制隔離人員隔離期間工資補貼，與辦理勞動場所專案檢查等經費；環保署編列三億余元辦理廢棄物清運及消毒等業務；新聞局編列近七千萬元辦理教育防治宣傳。
另外，各目的事業機關主管部會也編列相關預算因應，包括教育部編七億元為中小學購置防疫用品、校園消毒及輔導遭居家隔離學生、遠距教學及考試經費等；其餘內政部、退輔會、文建會、農委會、陸委會及海巡署等部會都編列預算辦理該管業務場所消毒及人員隔離。
特別預算案三讀後，立法院同時也通過多項特別職業補助及特定產業紓困建請案。其中關於醫師及護士的津貼部分，立院建議醫生一天一萬元維持原狀、護士一天應由三千元增加為五千元，另外放射師等醫事人員一天三千元，清潔工作人員一天二千元。
特別預算案週一在聯席會審查時，包括退輔會編列八千多萬元消毒預算、衛生署編列二千多萬元教育宣導費用，以及財政部編列二千多萬元緝私獎金費用等，朝野尚有爭議。昨天經協商後，僅將財政部編列二千多萬元緝私獎金轉為防疫用途，等於五百億元特別預算案分毫未刪。
