但是，美國方面提出經濟、反恐、北朝鮮、還有人權、宗教信仰諸問題，再加臺灣問題，仍是今後困擾中美關係的問題，因為背後隱含著的是意識形態的根本分歧，短時間無法解決。
經濟關係是目前中美關係中最重要的，也是最關係切身利益的問題。這方面當然同意識形態有關。美國是推行自由經濟，中國雖然也在「走資」，但是離開經濟自由化還有很長的路程，其中「社會主義市場經濟」在觀念上，就是打了很大折扣的市場經濟，甚至應該說是被歪扭曲的市場經濟。中國的權貴資本主義，中國金權交易的腐敗，中國國有企業的「主導」和在某些行業的壟斷，民營企業的畸形發展，政府對匯率的嚴加控制，經常攙雜政治因素的經營手法、特別在外經方面，這也是中美貿易不斷產生糾紛的原因，即使中國參加了WTO，美國也認為中國在履行方面還存在很多問題，特別是人民幣的自由浮動；而北京通過貿易竊取高科技產品也時有所聞。
中國在經濟上「超英趕美」的急切心態同政治心理有關，似乎中國老被美國欺負，只有經濟上去，才能揚眉吐氣。這種心理有沒有「報復」成份？中國在強大以後會不會對世界形成威脅？從這種心態，從中國在歷史上的擴張表現，從中國至今還不肯宣布放棄馬列的世界革命理論，人們對「中國威脅論」的憂慮不是沒有根據，包括在經濟上的擴張。這些都會影響到中美貿易的正常發展。
反恐是美國目前對外關係上最重要的戰略部署，中國從以前同恐怖份子結盟到現在假裝反對，但是不斷「落實」在中國自己的反對分離主義上；而對北朝鮮態度陰晴不定。不過美國明確指出朝鮮半島無核化本身符合中國利益，談不上是「幫助」美國。問題是中國與北朝鮮「唇齒與共」的國際共產主義運動意識形態結盟關係超出了「無核化」的局部利益。這還涉及武器擴散問題，中國遲遲解決不了這個問題，同它建立「反美統一戰線」的一黨專政意識形態有關，何況還想以此作為同美國軍售臺灣進行交換。因此雖然這次美國肯定中國是「外交夥伴」，但是日後就會按照「夥伴」的標準來要求北京，看北京怎麼應對。
人權、信仰自由等問題當然有意識形態的強烈色彩，美國雖然已經放鬆壓力，但是不會全部放棄，因為這是美國的立國原則，除非美國成為左派眼中的「帝國主義」。所以布希總統在白宮草坪歡迎溫家寶時，還出人意料的提起這個問題。而中國的意識形態注定它的反人權態度，不是公開反對，就是製造歪論來扭曲。
至於臺灣問題，對美國來說，是民主理念和地區穩定如何平衡問題，現在則也同與中國的經濟關係及全球的反恐戰略部署糾葛在一起，形成更複雜的局面，才會因為臺灣的公投問題而在美國內部激烈爭論。但是布希對臺灣終極「民主目標」的支持，以及美國的戰略利益，將是美國不會輕易在北京壓力下屈服的重要因素，因此對臺灣領導人的批評只能是策略性的批評，不會影響整個兩岸政策。
在這個問題上，溫家寶聲稱臺灣假借民主搞台獨，臺灣政府的反應很明確，中國才是假借台獨發動戰爭。很明白，中國在失去吸引群眾的「馬列」意識形態以後，只能假借「民族主義」來加強內部的團結，臺灣的統獨問題就是他們最喜歡炒熱的議題，其次就是煽動反美情緒了。明白這也是他們的意識形態後，美國在這方面更需謹慎以待，不必把中國的危言恫嚇當真，否則就會被中國牽著鼻子走。對流氓來說，他強硬，你就必須比他更強硬。而對中國來說，最重要是拿出「真民主」的東西出來，否則如何比較臺灣是「假民主」呢？
要解決上述問題，只能等到中國民主化的實現，這才是美國在推動中美關係中應該抓住的根本環節。
（自由亞洲電臺）
