一九七九年從部隊轉業之後，孫小虹的仕途起點並不高。他進入昆明市中級人民法院，從書記員開始做起。由書記員、助理審判員、審判員、副院長到院長，孫一步步走了上來。
但是，從「默默無聞」的一般幹部到領導崗位，孫小虹「用的時間特別短」，雲南的一位法官說。一九九一年三月，孫出任昆明市中級人民法院院長，四十一歲就官居副廳級。
雖然有深厚的家庭背景，不過，在雲南法院系統，很少有人對孫的神速提拔提出異議。事實上，他在昆明中院口碑相當不錯。
一九九八年二月，孫小虹由昆明市中級人民法院院長升任雲南省高級人民法院院長，由副廳級直升副省級，屬於典型的「破格提拔」。
此時，四十七歲的孫小虹走到了仕途的最高點，成為中國最年輕的省高級法院院長、二級大法官。
當時，雲南有一宗重大案件，即紅塔菸草（集團）董事長褚時健的貪污受賄案。褚時健由於在一九八九年之前不批煙給上海市委書記江澤民，被江澤民「秋後算賬」，要判其死刑。另外，他又把包括薄一波在內的權貴們要煙的批條留，因而權貴們要殺人滅口，民間估計褚必死無疑。此案由雲南省高級法院審理。
孫小虹走馬上任之後，剛剛碰到此案件。由於褚與孫父孫雨亭有交情，而孫父又洞悉其中冤情，故勸阻兒子為虎作倀。所以，在「權貴皆欲殺」的壓力下，孫主持下的雲南高級法院仍以「證據不充分」，不予確認褚貪污一千一百五十六萬美元的指控，將褚判無期徒刑，讓其逃過一死。
不過，這樣一來，孫小虹卻得罪了江澤民和眾多權貴，他們把一宗舊賬翻了上來。
一九九八年三月，孫小虹帶領一班人到滇西四個地州進行考察。在到達考察的最後一站︱德宏州的第二天，在當地領導的陪同下，孫小虹從瑞麗口岸出境，到緬甸觀光，在緬甸車商黃某經營的汽車市場，孫看中了一輛配有「紅牌」的墨綠色豐田三四○○越野吉普車，經親自試開並與黃某談價，認為車很好，價錢也不貴，當即決定要買兩輛。
所謂「紅牌」，是雲南省政府為方便外國客商在中國邊境貿易和客貨運，由交通管理部門核發給「外籍商務自用車輛」的一種黑底紅字的臨時性邊境牌照。「紅牌」車只能在德宏州境內使用，嚴禁轉讓、倒賣，違者以走私論處。
對於這些規定，身為雲南省高級人民法院院長的孫小虹應該很清楚，但他並不在意。一方面他請在場的德宏州領導幫忙將「紅牌」換成德宏州的普通民用號牌「藍牌」，一方面用手機聯繫了他的老部下昆明中院院長，商定由昆明中院出錢，買兩部豐田三四○○，省高院一部，市中院一部，並讓中院立即派人帶錢和司機到德宏具體辦理購車事宜。
第二天，昆明中院按孫小虹的指示派人攜款九十萬元趕到德宏，用中院賬外訴訟費用支付了兩輛車的車款共計八十四萬五千元。隨後，到德宏交警支隊車管所以德宏中院的名義借出兩副「藍牌」，掛上後將車開回昆明中院挑選了一輛並開回省高院。
一九九八年六月，雲南省工商局、省打私辦、省交警總隊在對進口汽車進行清查的過程中，認定這兩輛車屬「無合法手續的進口汽車」。九月，省高院和昆明中院分別向有關部門支付了四萬六千八百元的罰款後，正式辦理了兩輛越野車以孫小虹的名義申領了雲南省省級領導專用車號牌。
事後，經海關核算，兩部車偷逃稅款共計六十三萬七千元。國家海關總署隨後認定：孫小虹從境外購買進口汽車的行為屬走私行為。
一九九九年初，剛審完褚時健案沒多久，江澤民就派出中紀委調查組到雲南調查孫小虹案。一九九九年十二月七日，孫小虹被撤銷黨內職務，後來，又撤去了雲南高級法院院長的職務。
在中共官場，類似孫小虹這種情況的太多了。如果真的要處理，中紀委恐怕再擴充十倍也不夠。只要去查一查那些公車，合法買進的根本沒有幾部。機關的走私車被查到，一般是罰款了事，很少有主管幹部賠上仕途的。
孫小虹被罷官後，到中央黨校學習了幾個月，二○○○年，到中國貿易促進會雲南分會當會長。
二○○二年十一月，江澤民不再擔任中共中央總書記，孫小虹開始東山再起。二○○三年一月二十二日，雲南省十屆人大常委會第一次會議通過廳局級官員的任免名單，孫小虹被任命為外經貿廳廳長。
2004年2月前哨雜誌
