文章中說，當愛滋病毒激活時，現有的藥物能夠殺死它，卻不能根治－－因為愛滋病毒會躲藏。也就是說，愛滋病毒會逃到鄰近的細胞中等待著，可能要等上幾年或十幾年而再次發作。現在的科學家想辦法引出愛滋病毒，然後激活進而消滅它；然而有一些病毒卻根本無動於衷。科學家們拿它們也沒辦法，因為藥物根本無法檢測潛伏的病毒。更令人頭疼的是，愛滋病毒不僅感染細胞，而且會整合到細胞的染色體中，成為DNA的一部分。
美國國家癌症研究中心(National Cancer Institute)的Dean Hamer介紹說，「我看愛滋病毒是能藏到哪兒就藏哪兒。真是很狡猾。」Hamer介紹說，愛滋病毒甚至能感染脂肪細胞。美國國家過敏和傳染病研究中心 (National Institute of Allergy and Infectious Diseases)的主任Anthony Fauci 介紹說，「這些年來的試驗說明瞭一個問題。那就是，我們可以通過治療手段來抑制病毒繁殖，並長達好幾年。卻總是不能根除。當藥停之後，幾乎是百分之百的又復發了。」
正因如此，所以現在對愛滋病毒患者是終身治療。即使如此，也難免失敗。而且會帶來多種副作用，比如糖尿病等代謝失調。而當病人因副作用或疏忽等原因偶爾不服藥時，藥效則會大大降低。除此之外，愛滋病毒可能會逐漸地產生抗藥性。據美國加州大學就377名病人的數據分析顯示，僅在1995年到1998年，抗藥的愛滋病毒種類就增加了三倍。
科學家們也正在嘗試著其它的辦法，包括人自身的免疫力來對付愛滋病毒，比如使用一種叫做APOBEC3G的酶。這種酶能夠改變病毒DNA，研究人員希望藉此能使病毒失去活性。但事實上APOBEC3G並不能殺死HIV病毒。更為糟糕的是，一些經過APOBEC3G酶加工後的病毒竟然由於DNA改變而活性比普通病毒更強。真是事與願為。
《科學家》雜誌的文章中說，愛滋病毒一次又一次地擺脫了科學家們為其設計的「圈套」。美國麻省大學醫學院的Mario Stevenson表示，我們所能認識到的還是很膚淺的。
面對這一棘手問題，出路又在何方呢？
很多科學家和社會學家已經認識到，愛滋病是一種傳染病，更是一個社會問題。據報導，由吸毒而導致的血液傳播是北京市愛滋病傳播的主要原因。愛滋病在世界的傳播迄今未能得到遏制，重要的並不在於生物原因，而與社會風氣與人們整體素質、道德水準息息相關。
