（截止2004年6月）
2003年4月25日，南方都市報以《被收容者孫志剛之死》為題，客觀、公正報導了湖北青年孫志剛因為沒有暫住證在廣州被收容致死的黑幕。6月5日，廣州市23名有關責任人員受到黨紀政紀處分。廣州市公安局副局長林培坤、廣州市衛生局副局長盧彥德被行政記過，廣州市民政局副局長唐啟暢被行政警告。廣州市公安系統12名責任人、市衛生系統3名責任人、市民政系統5名責任人分別被處分，廣州市公安局天河分局副局長韓立平被撤職。
6月5日，孫志剛在廣州被故意傷害致死涉嫌犯罪的１８名被告人分別在廣州市中級人民法院、廣州天河區法院、白雲區法院接受審判，其中廣州市公安局天河分局黃村街派出所民警李耀輝，原廣州市腦科醫院江村住院部副主任張耀輝，原廣州市收容人員救治站負責人彭紅軍，醫生任浩強，護士鄒麗萍、曾偉林6人犯有玩忽職守罪被判處有期徒刑2年至3年。
6月18日，國務院總理溫家寶主持召開國務院常務會議，審議並原則通過了《城市生活無著的流浪乞討人員救助管理辦法（草案）》。該辦法草案經修改後，由國務院公布施行，同時廢止１９８２年５月國務院發布的《城市流浪乞討人員收容遣送辦法》。
6月20日，國務院頒布第381號令，《城市生活無著的流浪乞討人員救助管理辦法》自2003年8月1日起施行，舊的收容遣送辦法同時廢止。6月27日，廣東省高級人民法院對孫志剛被故意傷害致死案作出終審判決，除主犯被判死刑、其他11名案犯分別判死緩無期或有期徒刑外，還有6名涉案瀆職人員被判刑2-3年。
在此期間，在孫志剛事件報導出來後，南方都市報在一篇後續報導中曾提到，廣州市的收容辦法是超出國務院和省裡規定的範圍的，市裡分管政法工作的一位領導同志曾在一次會議上強調，凡是沒有暫住證的都收起來！此報導出來的當天，廣州市政府有關部門負責人就給南方都市報負責人打電話，指責「你們這樣報，是否要把責任追到張桂芳書記的頭上？想想人家這樣一位老同志容易嗎？奮鬥了這麼多年才幹到現在這個位置上，按你們這麼往上追，豈不是要人家下臺？」後來南方都市報沒有追蹤下去。6月底，廣州市委召開有關會議，總結孫志剛案的教訓，但會議沒有反思廣州政法系統在收容方面的錯誤做法，卻指責南方都市報不應該報導。市委副書記、政法委書記張桂芳說，收容案件全國各地都有，南方都市報如果不報導，不就沒這事了嗎？這次會議確定了要查處南方都市報經濟問題的基調，並成立了專案組，張桂芳自任組長。也就是在這個會議後不久的一次飯局上，南方報業集團的同志聽到幾名警察說，你們南方都市報牛啊！報了一個孫志剛，害得我們的弟兄坐牢的坐牢，處分的處分。這事沒完，你們等著瞧吧！
6月下旬以後，廣州市有關方面有計畫有步驟地安排工作人員，分批傳訊了300多家與南方都市報有廣告業務往來的廣告客戶。據許多被傳訊過的廣告客戶反映，執行人員詢問的主要問題有三個：為什麼要向南方都市報投放廣告？為什麼能獲得廣告優惠折扣？和都市報的領導有沒有經濟利益往來？
7月21日，上午10：00，廣州市檢察院反貪局二處三名人員，以涉嫌受賄罪，找南方都市報總經理喻華峰談話；到晚上12點，將喻華峰從報社帶走。22日中午，南方日報報業集團紀委派人到市檢察院，市檢察院要求對喻華峰實行「雙規」，理由是三年前喻華峰的兒子滿月時收下了「世紀經典」廣告公司總經理許俊雄送來的禮金3000元和一條價值一萬元的金項鏈，但南方日報紀委領導同時瞭解到，喻華峰在許俊雄的孩子出生時也送去了3000元禮金和一部2萬多元的攝像機，認為這是朋友之間的禮尚往來，談不上是受賄，實行「雙規」條件不夠，並經省委宣傳部紀檢組長請示省紀委趙副書記後，沒有同意。晚上10：00，市檢察院宣布對喻華峰實行取保候審，通知南方日報社紀委派人到市檢察院辦理手續。
7月23日，喻華峰回單位上班的第一件事，就是向報社紀委交出3000元禮金和金項鏈，並向紀委遞交了有關此事的書面報告。
12月中旬，廣州市政法委向省政法委打報告，匯報了喻華峰受賄的情況，王華元、梁國聚等領導作了「一查到底」的批示。
12月17日下午，廣州市檢察院再次找喻華峰談話，到晚上11：00，再次要求南方日報紀委對喻華峰實行雙規，機關黨委仍表示要通過一定程序。到凌晨1點，市檢察院強行將喻華峰帶走，宣布對喻採取監視居住措施，由廣州市公安局執行（喻華峰在當日就已被限制人身自由，此後再未回家）。而根據判決書顯示，喻華峰被正式羈押和逮捕的時間為2004年1月9日。這期間對喻華峰實際實施的20多天的羈押行為顯然是非法的。
從2004年元月份開始，廣州市多個部門聯合對南方都市報進行大規模清查活動。1月5日下午，市稅務局、市公安局一行9人到南方都市報，未出示證件，未說明任何理由，要求查封全部帳目，抄走了南方都市報1997年創刊以後的全部賬目。1月5日下午，廣州市檢察院在未通知南方日報任何人的情況下，原南方日報調研員、協助分管南方都市報的李民英被帶走。
1月6日中午，市檢察院到集團帶走南方日報報業集團分管廣告工作的社委羅裕潮和前南方都市報編委會成員鄧海燕，羅裕潮被關三十個小時以後才被放回，鄧海燕至今仍被羈押。據瞭解，羅裕潮被叫到市檢察院後，遭到了非人道的待遇。辦案人員解掉他的腰帶和手錶，要他面對牆壁十公分距離站立，對一個五十多歲、身患多種疾病的老同志來說，這是極其嚴厲的體罰，十幾個鐘頭後，他堅持不住，癱坐在地上，依然被辦案人員粗暴地推搡，粗口謾罵，進行人格污辱和人身攻擊，要他交待問題。羅在這種逼供的情況下，實在想不出有什麼違法行為，但為了躲避這種逼供，就主動交待：前兩年他女兒出國留學時急需一筆辦理手續的押金，自己家中又一時拿不出這麼多錢，他所分管的廣告部有人聽說這件事後，就告訴他，你分管廣告以來，我們每年都給你發了獎金，單獨存著，如需要，可臨時支用這筆款。羅說，獎金我不能拿，但可否將這筆款的存摺影印件拿去做抵押，辦完手續後立即歸還。後來，羅將這筆23萬元的存摺影印件交給指定銀行，作為抵押，辦完女兒出國留學手續後就迅速還回廣告部，前後不出六個月。就是主動交待了這點問題，檢察機關也要求將羅逮捕。在有關領導的過問下，羅才被放回。
1月6日下午16：00，市檢察院三人開著警車，沒有告知任何人，直接來到南方都市報，將南方都市報黨支部書記、南方都市報負責人、東山區人大代表程益中帶走。警車一直停放在南方日報大門口，走時高鳴警笛。南方日報報業集團領導晚上八時將人大代表被非法拘留的情況向省人大副主任似志廣同志報告。當晚12點，程益中才被放回，外界輿論一片嘩然。
1月中旬的一次廣州市委常委會議上，張桂芳提出把南方都市報那個東山區人大代表免掉。
1月13日上午9：00，市檢察院通知南方都市報副主編任天陽、宋繁銀到市檢察院問話。二人當晚21：00才被放回。
1月14日上午9：00，市檢察院通知南方都市報副主編莊慎之、副主編陳朝華到市檢察院問話，二人當天上午12：00回到辦公室。
1月14日、15日，廣州市檢察院對喻華峰、李民英下達逮捕通知書，對南方都市報副主編、財務負責人王培興進行取保候審。
1月16日，廣州市檢察院辦案人員對被取保候審的王培興說，回去告訴鄧海燕的家屬，不要來麻煩我們了，分獎金的事我們不追究了，鄧海燕可以回家過年了。可是春節前夕，張桂芳到市檢察院慰問時，詢問案情後特別強調，南方都市報的人，一個都不能放，要嚴查。辦案人員還多次向被傳訊人員透露，市裡領導指示，南方都市報這個案子是省裡主要領導交辦的，要當成大案要案來辦，市裡張書記親自挂帥，我們壓力很大。
1月20日上午，廣州市檢察院通知家屬對鄧海燕實行逮捕，並下達逮捕通知書。
2月1日， 非法剝奪喻華峰獲得法律幫助的權利。喻華峰在2003年12月17日被實施監視居住後，家屬和單位無一人知其被關押地點。家屬為喻華峰聘請的律師在2003年12月26日向廣州市人民檢察院遞交了委託書，先後三次申請會見喻華峰 ，檢察機關沒有給出合法理由，不安排律師會見。直到30多天後，也就是在2004年2月1日，律師才得以第一次見到喻華峰。
2月3日，在省直全體廳級幹部參加的全省紀檢工作會議上，張德江同志發表重要講話，王華元同志插話說，南方都市報「領導班子私分公款」。案件還沒有開庭，領導已在大會上定性。
2月3日，廣州市檢察院通知鄧的律師，鄧的有關材料已轉到東山區檢察院起訴科。
2月4日，律師到東山區檢察院，再次申請約見當事人，但東山區檢察院答覆經辦人不在。
2月5日，律師再次聯繫東山區檢察院，答覆依然是經辦人不在。
2月7日，喻華峰家屬收到了喻華峰從看守所寫來的第一封信，也是迄今家屬收到的唯一一封信。從喻華峰1月9日被關押在廣州市第一看守所，喻華峰一共寫了20多封家信寄出，家人只收到了第一封。將近半年時間，家屬寫給喻華峰的10來封信，喻華峰一封也未收到。但自始至終沒有人告訴喻華峰以及家屬，你們的信件有什麼樣的問題，或者你們現在沒有通信的自由、不用寫信。
2月16日，廣州市東山區檢察院對喻、李兩人提起公訴。
3月4日上午，廣州市東山區法院對喻華峰進行一審。
3月5日上午，廣州市東山區法院對李民英進行一審。
3月19日上午，東山區人民法院宣布一審結果：李民英，受賄罪，11年。李民英表示不服要上訴。九點半，法官宣讀喻華峰的判決，貪污罪10年6個月，行賄罪2年，合併執行12年。
3月19日凌晨3點，正在四川出差的程益中被廣州警方刑事拘留，其涉嫌兩個罪名：「貪污罪」和「私分國有資產罪」。下午1點到4點半之間，檢察人員在程益中家和辦公室裡進行大規模搜查。
3月20日，《財經》發表《『南都案』一審開庭》報導，記錄了庭審過程中公訴人和辯護人圍繞「貪污」、「行賄」展開的爭議。
3月21日，採訪孫志剛案的記者陳峰，給廣州市
