報導指出，馬英九這次未能來港，雖然具體操作單位是香港特區政府，但決策卻是來自北京。在此事件中，港府一直只是扮演著仲介的角色。亞洲週刊獲悉，其實早在去年十二月，港府已經接獲北京「不給馬英九發籤證」的指示，於是董建華派出密使到臺北，向馬英九說明情況，並要求馬英九對外宣稱是由於「自己抽不出時間」，才導致無法赴港。馬英九對此無理要求非常不悅，拒絕配合說謊。
報導指出，北京之所以拒絕馬英九在此時此刻訪港，既和目前兩岸關係有關，也和香港的政治形勢有關。其中最重要的因素，是去年十二月底，北京「反分裂法」草案提交全國人大常委會審議。這部草案的立法工作，目前已進入如火如荼階段，相信一經三月召開的全國人大通過，就可以正式成為法律。
報導引述消息人士指出，馬英九較早前曾評論過「反分裂法」，認為大陸沒有必要立法。所以馬英九在這個時候訪港，時間上很不恰當，但一旦時機容許，香港還是歡迎馬英九的。而這個「恰當」的時機，很可能就是今年四月。其中的玄機就是，三月大陸全國人大結束後，立法工作也塵埃落定，相信也是馬英九可以訪港的適當時候。
報導也指出，為什在「反分裂法」立法期間，馬英九不宜訪港？報導引述接近北京的分析家指出，馬英九之前曾公開對「反分裂法」作出過負面評論，這時來港，雖說是參加文化學術交流，但馬英九能迴避本地傳媒有關「反分裂法」的提問嗎？屆時，如果傳媒就馬英九對「反分裂法」的看法大作文章，而在香港再引起對反分裂法的爭議，這對香港本身，對臺港關係，對兩岸關係，乃至對馬英九本人，都並不是好事。
自從港府拒發簽證給馬英九後，連日來在香港引起不小的風波。臺灣駐香港代表鮑正鋼曾致電港府，要求說明未發給臺北市長馬英九簽證的原因；香港民主黨也致函所有立法會議員，希望聯署致函行政長官董建華，要求香港政府重新考慮發出入境簽證給臺北市長馬英九；親臺團體港九工團聯合會代表到政府總部請願，並批評港府這項舉動會破壞香港與臺灣間的交流和關係。
臺北市長馬英九原定於十一至十三日來香港訪問三天，參加香港大學舉行的「從臺北看華文城市的興起」講座，併發表專題演講，但因未能取得香港入境簽證，香港政府建議馬英九訪港延後至四月。
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