長期以來，中國的政府機構設置一直被批評黨政不分，職能不清，機構重疊，人員膨脹，財政負擔過重，效率低下，行政成本全球最高。
據官方統計，目前全國由財政供養的行政事業單位人員達4500多萬人之巨，也就是平均28個人就要養一個吃皇糧的人。全國僅各級有資格配車幹部的官車費用，一年就高達4000多個億。很多地方行政管理費及工資支出佔到了當地財政收入的80％ ~90％，吃飯財政和發不出工資在各地成為普遍現象。而其中近700萬的黨政機關人員中，多是整天忙於瑣碎行政事務的「坐辦公室人員」，而不是社會大眾迫切需要的公共服務人員。
為增進效率，精簡機構、裁撤人員、黨政分開，建立一套獨立科學的公務員管理制度成為非常關鍵的環節。既然如此，這次反而把以前沒有包括的共產黨機關與民主黨派機關工作人員納入公務員系統，使用國家行政編製，由國家財政負擔工資福利，豈不是完全違背了當初建立公務員制度的初衷？
政府與政黨是不同的主體，扮演不同的角色。政府以社會利益為依歸，行使的是正常管理職能，為社會正常需要，其工作人員支出由國家財政承擔，合情合理。但政黨卻是一個完全有著獨立自我利益的政治團體，除服務於內部成員並起到一定的社會政治動員功能外，並沒有直接的全社會認同的社會管理職能，不能強行要求所有納稅人來負擔它的費用。
各政黨組織幹部的任命，是其內部的事情，要任命多少就可以多少，要任命誰就任命誰，除非違法，別人管不著。由國家行政系統來承擔管理政黨的職能，毫無必要的，而且勢必造成行政部門更加臃腫。
民間本來就一直倡導黨政分開，把黨系統清理出行政系統，但現在一方面黨要管行政，另一方面行政系統要管黨系統，顯然衍生了黨管政還是政管黨的新的問題。到底管誰，如何分離，就更加糾纏得混亂不清，黨政更難分開，政府效率不但不能提高，反而可能更低了。而且黨權向來高於行政權，黨系統滲入行政系統之後，更方便於對行政系統的蠶食與干預，因而極可能造成黨權的擴張或黨政矛盾的激化。
法律條文的限制在中國實施起來往往都很困難，一旦政黨機構成為公務員體系的一部分，約束是軟性的，而政黨費用由國家承擔這個激勵卻是硬實的。政黨有自身發展的目標，具有內在的自我擴張傾向，這樣，原來行政部門的精簡目標還沒有達成，現在可能又要面臨政黨部門的膨脹了。再怎麼精簡，共產黨組織願意精簡嗎？行政部門能簡得了共產黨嗎？公務員制度改革不成了空話？進入公務員系統，起先還都要經過公開考試錄取，現在好了，考不上就到黨派那鑽營去吧，也一樣成為公務員，那豈不亂了套？
而且政黨與國家行政分屬兩套截然不同的體系，無法用同樣的標準來進行管理。國家行政部門要對全社會敞開，進出都要有公開公平的規則，但不能把同樣的規則運用到政黨身上，去規定其成員怎樣進出、怎樣考核獎懲，否則就等於剝奪了政黨自身對內部事務的管理自主權。公務員法要把政黨管理納入自己的範疇，顯然是不合適的。
《公務員法》秉持的應該是公平原則，但現在把共產黨機關、民主黨派機關工作人員單獨納入公務員體系，卻構成再明顯不過的公開歧視。因為民間很多其他團體連組黨機會都會剝奪，所以他們根本就無法享有同樣的有國家財政提供支出的機會。共產黨與其他民主黨派的力量差別太大，運用公務員法進行管理之後，財政受益最大的就是共產黨，民主黨派沒有沾多大的光。歸入公務員系統之後，共產黨反正有獨特的權力地位，不僅不會受限制，反而可以名正言順擁有行政系統管理社會的職權，但是民主黨派卻可能要受到更多的管制與蠶食，成為共產黨牢牢控制下的附庸。
因此，把政黨系統納入公務員體系的做法，加重了政府行政部門的職能負擔、財政負擔，讓黨政更加不分，達成精簡機構、提供效能的目標更加困難。它根本就是不可取、不理智的做法。它名為發展，實質卻為公務員制度留下了最大的隱患，意味著公務員制度改革的失敗。不管那些科學管理原則說得怎樣動聽，就像一個蓄水池，不管花邊貼得怎樣漂亮，都不如中間挖個大漏洞破壞來得快。從本質上說，這樣的做法既不科學，也不合理，對各政黨也不公平，它是公務員制度改革的大倒退。如果公務員法草案通過，公務員制度改革將因為政黨的摻入而變得毫無實質意義，有關人士期望提高政府效能的改革夢想前功盡廢。
在專家人士點評公務員法的時候，政黨滲入的重大涵義似乎被刻意迴避。其實此問題並不難看出，其目的也一目瞭然，只是因為國內政治氣候人們避而不談。
據12月《爭鳴》透露，中共中紀委、中組部一份考察報告顯示中國農村、城市基層（企業、街道）、高等院校的黨組織，85％至95％ 處於癱瘓或解散的狀態，17個省（區）農村黨組織高達95％處於癱瘓狀態。共產黨的生命力，由此可見一斑。
這次把黨組織納入公務員系統，主要目奈薹鞘俏
