國防部總政戰局長胡鎮埔強調，反巡弋飛彈需要各類型武器配合，「淡水河防嚴密，有各種不同類型部隊，火網綿密，絕對能有效防備」。
胡鎮埔二十一日在陸軍第六軍團舉行記者會，他表示目前天弓飛彈、鷹式飛彈僅能反制飛機，唯有愛國者三型飛彈才具有攔截彈道飛彈能力。對於外界質疑，愛國者三型飛彈無法有效反制巡弋飛彈，胡鎮埔指出，巡弋飛彈的威脅頗大，我方經快報系統，可由整體防護網進行多項目、整體的防備、防禦，並非僅靠單一系統。
軍方將領私下表示，巡弋飛彈的特點是不易偵測，但因速度慢、高度低，只要看得到就幾乎可用防空武器擊落，但是彈道飛彈剛好相反，大老遠就知道發射升空，但因落地速度非常快，看得到不見得打得下來。
對於立委質疑巡弋飛彈進襲路線難道只有一條？胡鎮埔說，國防部整評室主任林勤經日前在立法院國防委員會所提出評估，說明瞭為何需要採購六套愛國者三型飛彈，相關結果都是經嚴格模擬所得，導彈進襲路線數十條，只是列舉一條說明。
根據國防部評估，國軍至少須備有九套愛國者三型系統，才具備因應解放軍飛彈攻擊的能力，除了向美採購六套愛國者三型飛彈，軍方也擬將現有的三套愛國者二型提升為三型。
國防部並表示，「潛艦不國造」已成府的政策，而無法國造的主因是美國反對。軍備局獲得管理處長何國祥說，美方認為臺灣籌獲八艘潛艦後，在可預見的未來，臺灣再新購及外銷潛艦的商機將無著落，臺灣進行潛艦國造政策不符合美國經濟利益。
此外，美國研究台海軍事問題的學者史文最近指出，由於泛藍、泛綠的零和政治遊戲，以及軍中的抗拒，許多人相信，臺灣即使能在短期內就國防改革取得共識，也來不及在台海危機爆發前有效改善其軍事能力，美國政府相信在二○○七至二○一○年，中國軍力就會取得重大進展。
史文是在最新出版的新書「危險海峽 -美國、臺灣和中國危機」一書中就臺灣的國防改革和軍事現代化提出分析。史文在書中指出，愈來愈多觀察家擔心臺北對中國的嚇阻能力，對臺灣而言，強化戰略規劃程序比獲得新式武器更重要。
史文表示，中國在空軍、飛彈及潛艦方面有重大進展，但臺灣國防改革速度緩慢，國防支出下降、軍購預算在立院遲未通過，且到現在臺灣還沒有整體軍事嚇阻戰略，以及整合不同軍種戰力的國防出現。
史文警告說，只要泛藍和泛綠繼續拒絕合作，許多緊要、關鍵的政策就無法推行。即使臺灣現在正在做的改革能順利進行，朝野能短期內取得共識，臺灣國防改革速度都只能達到邊緣效益，可能追不上中國軍事擴張速度，無法應付台海危機爆發。但他也相信，台海穩定不能只靠軍事。
臺灣日報則報導，美國空軍刻正進行年度「紅旗演習」（RedFlag），軍方消息管道指稱，這項從未開放臺灣空軍參與的大兵力操演，臺灣首度獲美邀請，開放我駐紮於美國亞歷桑那州路克空軍基地的F－16戰機參與，由具備「空中大兵力遠征分遣隊」完訓的飛行員與役；參謀總長李天羽上將也已應邀赴美觀摩，臺、美軍事交流日趨緊密。
官員表示，由於紅旗操演涉及美軍兵力投射模式，屬於高難度的戰鬥訓練，僅開放美國同盟國參與；我國空軍每年都向美方爭取參加，惟多次鍛羽，被美軍以沒有邦交為由加以婉拒。
但官員透露，由於空軍駐路克基地進行專精訓練的F－16戰機飛行員，近年已逐次完成美空軍新開設的「空中大兵力遠征分遣隊」訓練課程，具備與美軍機隊執行兵力投射、協同作戰的能力。
官員進一步指出，臺灣有意在今年撤回駐紮路克基地執行換訓的F16機隊(21隊)，雙方為凸顯軍事交流、合作的必要性，所以今年開放一季「紅旗演習」。
