「三一八慘案」發生後，中國知識份子和媒體表現出前所未有的社會良知，用同仇敵愾來形容，一點也不過分。周作人、林語堂、朱自清、蔣夢麟、王世傑、聞一多、梁啟超（剛剛動過手術、正在住院）、許士廉、高一涵、楊振聲、凌叔華等著名知識份子紛紛譴責段祺瑞政府；劉半農作詞、趙元任譜曲的哀歌唱遍京城；魯迅先生更是激憤不已，為此而終止正常創作，就此慘案連續寫了七篇檄文，名垂青史的悼文《紀念劉和珍君》便是其中之一。
當時，諸多媒體加入譴責屠殺暴行的行列，如《語絲》、《國民新報》、《世界日報》、《清華週刊》、《晨報》、《現代評論》等。特別是邵飄萍主持的《京報》，大篇幅地連續發表消息和評論，廣泛而深入地報導「三一八慘案」真相，在慘案發生後的12天內，就連續發表了113篇有關「三一八慘案」的消息、評論、通電，《京報副刊》也發表了有關文章103篇。
慘案發生後，北京各高校和大學校長、教授也紛紛譴責段祺瑞政府的暴行。時任北大校長的傅斯年在昆明見到對慘案負有直接責任的鹿鐘麟。傅斯年第一句話就是：「從前我們是朋友，可是現在我們是仇敵。學生就像我的孩子，你殺害了他們，我還能沉默嗎？」
1926 年3月3日，北京各界人士、各社會團體、各學校學生齊聚北京大學大操場，為亡靈們舉行萬人公祭大會。北大代校長的蔣夢麟在會上沉痛地說：「我任校長，使人家子弟，社會國家之人材，同學之朋友，如此犧牲，而又無法避免與挽救，此心誠不知如何悲痛。」他說到這裡竟潸然涕下，引得「全場學生相向而泣，門外皆聞哭聲」。
對於一個政府來說，一旦向徒手的青年學生與平民百姓開了槍，不僅踐踏了為政之德的最低底線，也越過了維護社會秩序的法治界限。正如周作人在《為三月十八日國務院殘殺事件忠告國民軍書》中所言：屠殺學生和平民的政府，「同情、信用與期望之損失是無可估量，也無法挽救的」。
強大的民意壓力也啟動了半死的國會和司法機構。曾被譏為「花瓶」的國會破天荒地召集非常會議，通過了屠殺首犯「應聽候國民處分」的決議；京師地方檢察廳對慘案進行了調查取證並正式認定：「此次集會請願宗旨尚屬正當，又無不正侵害之行為，而衛隊官兵遽行槍斃死傷多人，實有觸犯刑律第311條之重大嫌疑。」 迫使段祺瑞頒布「撫恤令」。
儘管如此，也沒有最終保住民心盡失的軍閥政權。在屠殺發生後不到1個月，1926年4月，段祺瑞執政府就在遍佈全國上下的抗議聲中倒臺－－執政府的國務院總辭職。而國民黨北伐之所以迅速成功，除了軍事上獲得蘇聯的大量支持之外，國民黨相對於軍閥政權在政治道義的優勢，也是其取勝的重要原因之一。可以說，段祺瑞軍閥政權的合法性資源，已經因「三一八慘案」而喪失殆盡。
當年的北洋政府是軍閥政權，段祺瑞本人也是著名軍閥，其執政時期的政治混亂頗受詬病。然而，執政段祺瑞在知道政府衛隊打死徒手請願的學生之後，隨即趕到現場，面對死者長跪不起，之後又處罰了凶手，並從此終生食素，以示懺悔。
中共的頭子們比段祺瑞差遠了！
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