據國民黨公布的數字，馬英九在此次選舉中得票數為37.5056萬票，佔得票率的出72.4%，王金平得票為14.3268萬票，佔得票率的27.6%。在選舉之後出現了這麼一幕：馬英九特別到王的競選總部致意，剛要離開的王金平甚至不願意搖下車窗看馬英九一眼；對一向作風圓滑的王金平來說，這是難見的失禮舉動，不過這也反映選後國民黨確有分裂的隱憂。
有一種分析認為，馬英九選前本計畫打一場「低調選戰」，結果卻在最後一刻「告急」，讓王金平輸得十分難看；經過這一役，王馬要衷誠合作變得十分困難，所以馬英九不應「贏太多」。
在政治上面，確實沒有絕對的對錯；但馬英九「贏太多」的論調，卻確實顯得有點奇怪，而提出這種論調的人連民主政治的基本概念也搞錯了。
臺灣總統陳水扁兩次選舉都以些微票數勝出，他並沒有「贏太多」，但這沒有讓他得到更多的支持。相反，因為他的支持度偏低，其認受性也遭削弱。民主的認受性來自選民，國民黨這次普選，就是要體現黨內民主，馬英九贏愈多，他的認受性和權威只會愈強。
當然，抱「馬英九贏太多」論調的人，可能會認為：國民黨內跟本沒有民主；「百年老店」多年來的權力交替，都是通過黑箱作業促成。馬英九這次開罪了國民黨內影響力甚大的王金平，日後馬英九要操作黨務，隨時會被架空。
上述的觀點，似乎也有一點道理，不過，更加厲害的是，支持「馬英九贏太多」論調的人，認為馬英九要在即將舉行的國民黨中常委選舉中「釋放善意」，讓連戰派系，王金平派系的人更多參與黨的權力核心。似乎，這才是「馬英九贏太多」論調提出的真正原因。
必須指出，這次選舉突顯了一個更為深層的問題，就是國民黨的官員跟其支持者作出了不同的選擇。馬英九就是以一句「民心不死，改革有望」打動了基層黨員。國民黨現時面對的選項是：繼續和基層民意脫節，還是決心改革內部，以真正的改革來取得民眾的支持。但是，認為馬英九「贏太多」，主張連王馬共治的人，他們是真正的改革支持者嗎？
在政治操作上，有人相信「與人為善」，也有人相信「政治實力」。假如馬英九真的「釋放善意」，讓王金平進一步鞏固其影響力，則馬英九被架空的機會只會更大，要改革也會更難。
必須指出，馬英九要改革國民黨內部腐敗情況的時間並不多。現時還有約兩年多的時間才到2008年臺灣總統選舉，如果現在不立即開始改革，到大選期近，要改革則更難。
可以預計，支持王金平或某些反對改革的人，一定會繼續出一些難題考驗馬英九。中常委選舉是馬的第一次測驗，之後還有年底的縣市長選舉；到時國民黨如表現欠佳，一定有人會藉機發難，卻將之鏟除而後快。
馬英九要如何整合泛藍內部，確實是一大考驗，但他整合的同時不得不注意這次基層選民已發出強力的改革呼聲，如果馬英九選擇擁抱舊文化，他也會成為被改革的對象。
