之前本來有媒體引述北京消息指出，程翔應會在短期內展開司法程序，然後以「保外就醫」或其他名義把程翔送返香港。就連程翔的上司，《海峽時報》的執行副總裁馮元良，也在8月1日對香港一家電臺透露，獲「接近北京消息人士」告知，程翔事件已近尾聲。
可是，在外界估計程翔案快要落幕之際，突有香港媒體引述所謂的「消息人士」，詳細羅列了所謂的案情，甚至不惜冒「泄露國家機密」的風險，向外界暗示「臺灣高層有中共間諜，北京根據其特殊機制提供資料，才發現程翔是臺諜」，以證實程翔犯上「嚴重罪行」。很明顯，這背後只有兩個可能：一是有關媒體篇造新聞，二是所謂的「消息人士」，極度不想程翔得到「從輕發落」。
值得注意的是，由於程翔事件涉及據稱是中國國家主席胡錦濤「智庫」的中國社會科學院研究員陸建華，因此有一種分析指出，有人要藉程翔事件「讓胡錦濤難看」。姑勿論這種說法是否成立，但這次事件肯定已變成十分政治化的議題。
程翔事件不單引起外界對中國內部政治的關注，也觸及中國的外交大局。美國國務院之前曾多次表示關切程翔事件，胡錦濤將於9月去美國作國事訪問。按過往作法，中國政府往往在元首外訪美國前一段時間釋放一些「特殊人士」，讓美國政府向國會交待，但程翔事件至今仍未解決，恐怕會影響到中美元首峰會的氣氛。中美關係是中國外交的主軸，因為程翔事件而影響到中美關係，實在不符中國的國家利益。
應該指出，釋放一些敏感人士這類外交互動的時機，通常會跟外訪日子保持一段距離，免得中國遭受「人質外交」的指責。八月初本來是釋放程翔的「最佳時機」，現時距胡錦濤訪美時間愈來愈近，程翔事件得到解決的困難也會愈來愈大。
一個有趣的現象是，被個別香港「緋聞媒體」指稱是「程翔情人」的黃偉，8月12日突然在香港出現，高調闢謠。有一種意見認為，黃偉若非得到高層默許，絕對不敢在此敏感時刻作出這個大動作。由此可見，中央高層也有人對所謂「消息人士」發布的不實消息感到不滿。
有一種分析認為，在程翔事件中跟中央出現意見分岐的人，有可能是中共中央政治局委員、中央書記處書記，國務委員兼公安部部長周永康。分析指出，周永康被指跟江澤民關係密切，也只有江澤民才有政治能量跟胡錦濤抗衡。在現階段，這種說法是否成立，恐怕仍屬言之過早，真實情況，恐怕還要觀察後續發展。
種種跡象顯示，在中共正在籌備五中全會之際，中國高層在一些其他敏感議題上，也有可能出現內部分岐。
中國國務院一份報告上月高調指出由上任政府開始推動的「醫療市場化」改革「基本失敗」，並努力糾正問題。可是，據路透社在8月11日發布的報導，有某些北京人士卻向路透社聲稱，「中國醫改的失敗，已讓溫家寶成眾矢之的」，企圖把責任推給現任中國總理溫家寶。眾所周知，醫療市場化的始作俑者，是前衛生部長，江澤民的前私人保健醫生張文康。
另外，2004年8月11日，中國最大的媒體《人民日報》所屬「人民網」曾發表了時為福建連江縣書記黃金高的投書，表示自己為查自己轄區內涉及6000多萬元的腐敗大案，受到上頭的壓力，更受到黑社會威脅；後來福建方面反過來撤去黃金高職務，又指黃金高涉腐敗問題，還稱黃金高「曾包養四情婦」。中國官方媒體在2005年8月9日報導：有「反腐書記」之稱的黃金高被起訴；但是，中國國內一些網站，卻罕有地包容了數量極多的不同意見。
在中國極受歡迎的新浪網的民意測驗，在幾天之內已經收集到總共1,400多名網友對黃金高事件的評論，其中除混雜的少數網上警察發言外，其餘絕大多數全是就黃金高事件對執政黨的批評。另外，新浪網在刊登黃金高的負面報導同時，又在報導後面附上23篇文章正面肯定了黃金高。中國官方一直監控著網際網路，對「政治不正確」的文章，一定會將之刪除。正面肯定黃金高的文章現時還是繼續存在，顯示中國高層對黃金高事件確實存在跟福建方面不一樣的看法
亞洲時報
