據瞭解，八月十一日中午兩艘一千八百噸級的中國武裝飛彈快艇，出現在澎湖西嶼西北方五十里處，並在鄰近海域逗留，動機不明，臺方雷達監測到相關資訊後，立即出動海軍兩艘軍艦趕往現場監控，雙方形成對峙局面，氣氛一度相當緊張，所幸雙方都相當自製，中國武裝飛彈快艇旋即離去。
至於八月十七日由臺方監控的中國海測船奮鬥四號，其實在五月份就曾越過海峽中線，入侵臺灣西南方海域，當時就由臺方嚴密進行監控，而二年前的八月七日，更曾傳出中國向陽紅十四號，向臺灣東南部海域逼近，而同時還有中國電子偵察機，由北平南苑機場飛往廣東惠陽機場，由於動態不明，當時軍方也是嚴密進行監控。
由中國國家海洋局管轄的科學調查船「向陽紅」，則專責於臺灣東部海域，因此，偶會出沒在蘭嶼、綠島外海，並以向陽紅九號以及十四號居多。
而蘭嶼與臺灣本島間有一條國際航線，由於欠缺一套完整的安全機制，近幾年來中國海測船不但能輕易出現在蘭嶼海域，甚至航行於蘭嶼與小蘭嶼間，如入無人之境般，對我國防安全影響甚鉅。
海巡署第十巡防區召集人童盛雄指出，目前該單位僅能在岸際雷達偵測到不明船隻後，動員巡邏艇趨近判別，一旦確定為中國海測船或情報船，也只能採柔性驅離、就近監控，同時通報國防部處置因應。
中國近年來積極從事海洋地質調查，除了確保經濟海域主權外，更重要的戰略意義在於突破美、日等國封鎖，增強海軍實力。
軍方人士指出，沿海地質與水文資料可為海軍提供技術支援，除可確保潛艇、船艦的安全航行外，甚至可運用於導彈的導引參數，中國海測船頻頻出現在周邊國家海域，其擴張制海權的意圖不言可喻。
中華日報的報導說，中國海測船「奮鬥四號」進入臺灣經濟海域實施探勘作業，行政院海岸巡防署據報，派遣「福星艦」與「欽星艦」前往執行驅離任務；由於臺方的驅離作為及海象轉趨惡劣，「奮鬥四號」已於十八日下午離開臺方海域，而海巡署艦艇仍在現場海域持續監控。海巡署表示，十七日上午十一時許，臺方發現中國國土資源部地質調查局「奮鬥四號」探測船位在高雄西方一百海里處，即北緯廿二度二六分，東經一一八度二六分實施探測。海巡署獲報後，即在第一時間派遣南部地區機動海巡隊「福星艦」前往監控驅離，並協調空勤總隊派空偵機前往偵搜。 十七日晚間廿二時，「福星艦」抵達距高雄西方約一百一十海浬處，並順利發現「奮鬥四號」探測船，而「欽星艦」亦於十八日上午七時許抵達現場支援。海巡署指出，該署艦艇依法執行驅離任務，並洽請陸委會、海基會，函告大陸方面轉知「奮鬥四號」船盡速離開我方經濟海域。 「奮鬥四號」在海巡署持續的驅離作為及海象趨向惡劣的情況下，於十八日下午一時三十分許離開臺方海域，海巡署艦艇則仍在現場海域持續監控，以掌握「奮鬥四號」船動向。 此外，臺灣總統府亦證實，「奮鬥四號」週三上午入侵臺灣海域時，陳水扁已經獲得報告，並由海巡署執行公權力。
針對「奮鬥四號」所謂探勘油氣的說法，官員認為，由於對岸前來類似海域相當密集，不排除確實發現有重要海洋資源的可能性，有必要由我主管部門經濟部加以瞭解追蹤。
針對中國海測船頻繁入侵臺灣海域，中山大學通識教育中心教授、軍事專家楊念祖表示，兩岸因管轄權爭議造成海域重疊，如何執法避免敵意衝突，政府需要積極與對岸建立對話管道因應，否則一旦中國軍艦入侵，雙方誤判局勢，將產生不必要的「摩擦」。
