西方自然科學其實是一個很不完備的東西，簡單點說就是一個「大雜燴」。可能有人接受不了。大家想一想，是凡一個理論體系，比如西方的歐幾里德幾何學，就是一個典型的公理體系，它必須首先有一個或幾個公理，如「兩點之間直線最短」等，有了這個不證自明的公理為前提，再推演出其它定律，進而解決實際問題。而西方自然科學（以下簡稱科學）由很多科目組成，各科目之間相對獨立，各大科目又分成許多子科目，而且這種分化越來越細，還產生許多所謂的交叉學科。這樣就使得科學越來越失去一個總的公理標準，從而造成內部的混亂和不易把握。現在大家都知道，一個科學家窮其一生也不能研究透徹他所在的課題方向。有人說「簡潔是才能的姊妹」，科學這種極端細化和日趨繁雜的趨勢，是與自然界中簡單、和諧之美相背道而馳的。
（1）數學
歐氏幾何講「兩點之間直線最短」、「三角形內角和是180度」，一般人都會認為這是絕對真理了，可是在非歐幾何（如黎曼幾何）中，這些「基本」常識都被推翻，兩點之間圓弧曲線最短。因為它所研究的空間體系與歐氏幾何是不同的。在算術中，1+1=2可以說是公理了，但是我們也可以看到在有些情況下，1+1不是等於2。比如在高能物理中，一個正電子和一個負電子相遇就會發生「湮滅」 現象，化為能量，而不是兩個電子。精子和卵子相遇則合為一個受精卵。有人可能就會說，1+1=2必須是兩個同等性質的物體。也就是要加限定條件，前提條件不同了，結果也就不同了。
（2）「萬有引力」
其實「萬有引力」真是一個錯誤。很多人可能看到那個衛星和宇宙飛船在太空中飛的很好、很精確的按照預定軌道在走，就越發相信這個牛頓的「萬有引力」。大家都傳說，當年牛頓是受到蘋果落地的啟發才提出了「萬有引力」，他也只是提出了這樣一種假說，是根據前人總結出的天文觀測數據。但他測不出那個所謂的引力恆量。直到一百多年後，卡文迪許設計了一個扭秤實驗，才在金屬小球之間測出了引力恆量，也才第一次測出了地球的質量。可是早就有人指出，這個扭秤實驗只對厘米量級的小球作了實驗，但實驗條件過於苛刻，對其它形狀、材質的物體是不是同樣適用呢？就算其它情形也適用那個「萬有引力」平方反比公式，也只是實際驗證了厘米小球和太陽系內星體之間符合平方反比規律，但對於數米距離、數千克質量的物體之間的「萬有引力」就無法證實其存在，更不用說測量了。既然不能得到廣泛的實驗驗證，怎麼能始終沿襲叫「萬有引力」呢？叫「百有引力」也不對啊！
現代精確的實驗裝置證明，地球上某點的「重力加速度」在一天內隨著時間會有微小變化，這似乎表明在一固定地點，物體所受的所謂「重力」不只是與其質量有關。這也是對傳統引力理論的挑戰。
在世界很多地方都發現了引力失常的區域，在那塊地方，水是往上流的，斜坡上的球也會向上滾，如美國加州一個叫聖塔柯斯的小鎮就有這麼一個地方，你們不信可以上網去查。據說中國廣東省中山市和珠海市之間就有一段公路是這樣的。這些引力反常現象是推翻「萬有引力」的突破口。
在宇宙學研究中，科學家做過測算，我們的銀河系中所有星體之間若只有所謂的「萬有引力」，是不足以維持銀河系的存在的，星體會隨著銀河系自身的旋轉而解體，因為沒有足夠的質量來相互吸引。科學家們為了自圓其說，只好提出了神秘的「暗物質」或「暗能量」的概念來彌補這種質量不足。這本身就說明「萬有引力」在科學界也受到了嚴重挑戰。還有近些年發現的宇宙加速膨脹，更是「萬有引力」無法解釋的。另外，前幾年，美國航空航天局（NASA）報導先驅者10號、11號和尤利西斯號等航天器的運行軌道明顯偏離根據「萬有引力」計算出的軌道，他們說那些航天器受到了「神秘加速度」的牽引。我想這就是因為牛頓的「平方反比」假設對於太陽系以外的範圍就不適用了。在理論物理學中，「萬有引力」與其它重要的物理理論如量子場論等格格不入，也讓理論物理學家們大傷腦筋。當然，還有愛因斯坦的廣義相對論，我認為他只是提出了對引力的另一種描述方式而已。
當然，牛頓提出了引力假說，但卻遇到了真正的難題：「第一推動力」問題，即太陽系內行星能夠保持繞日近似圓周運動，就必須要有一個足夠大的初速度，才不至於被吸到太陽上去。這個第一推動力確實難倒了大科學家牛頓，促使他晚年皈依神學，走入了宗教信仰。
