不久後就發生了曾德事件。曾德原先是鄭彩部下的將領，鄭芝龍降清後，曾德不大得志，在鄭成功軍中受施琅節制。施琅被削去兵權後，曾德為求出頭之日，利用過去在鄭氏家族軍隊中的關係投入鄭成功營中，充當親隨，即所謂「恃鄭氏親昵，逃於鄭所」。施琅聽到消息後，大為憤慨，派人把曾德捉回斬首。鄭成功「馳令勿殺」，施琅卻悍然不顧，「促令殺之」。鄭成功見施琅違令擅殺鄭氏舊將，遂命逮捕施琅。施琅被捕後，在一些舊親信部將的庇護下，竟然奇蹟般地逃到大陸淪陷區，公開與滿清接觸。鄭成功獲悉後，怒不可遏，在七月間把施大宣、施顯（施琅的父兄）處斬。施琅得知消息後，遂死心塌地投靠滿清，一意同大明為敵。順治十八年（1661年）十二月，鄭成功率軍攻克臺灣，結束了荷蘭統治者在臺灣三十八年的統治，從此，鄭氏政權以臺灣為根據地，以金門、廈門為支點繼續堅持著抗清鬥爭，1663年福建水師提督施琅籌快船一百六十艘，新募官兵三千人，日夜操練，準備進攻廈門。
這時，荷蘭侵略者應清政府邀請，率領兩千五百六十三名兵士，裝備四百四十門大炮，駕駛十七艘巨艦，於七月底抵達福州港。荷蘭從「擇地長久貿易」出發，一則欲取臺灣，二則以圖通商，他們為了實現這一侵略目的，自願力助清廷攻打金門、廈門二島。然後進兵奪取臺灣，要清廷將臺灣島以及該島一切事務交給荷蘭人。清軍在荷蘭船隊的協助下，於十月向鄭軍發起大規模進攻。
十月十九日，荷蘭夾板船領前，後面鄭軍投誠將領鄭鳴駿、陳輝、楊富率領船隊緊跟，提督馬得功駕船守後。舟師出泉州港向金門進發。而漳州、海澄的水陸清軍由總督李率泰、海澄公黃梧與水師提督施琅率領，進攻廈門。1664年7月7日，波特率領12艘船，第三次駛往中國。8月20日打敗澎湖的鄭成功軍隊，27日侵佔臺灣北部的雞籠港。
讓我們看看當時的荷蘭侵略者的情況把，荷蘭殖民者被鄭成功驅逐出臺灣後，唸唸不忘捲土重來，但由於力量孤單，又沒有一個立足的基地，因此希望藉助清廷的力量消滅鄭氏，達到自己的目的。而清廷由於缺乏足以戰勝鄭氏的海軍力量，需要藉助荷蘭人的大型夾板船。他們互相利用，簽訂軍事協議，聯合軍事行動。
1662年6月，荷蘭東印度公司首次派出由12艘夾板船，1284人組成的遠征艦隊，由海軍提督巴爾塔沙．波特率領從巴達維亞出發。8月14 日，荷蘭艦隊駛抵閩江口五虎門。各船上均豎有大纛旗，上書「支援大清國」。靖閩王耿繼茂與閩督李率泰對與荷軍合作不敢擅自主張，上報清廷。1663年2月 2日清廷批示「彼紅毛人來船出力剿賊，殊甚可嘉。可否助戰，著該王、總督等核議具題。所帶貨物，著委員監督貿易。」1663年春，波特率艦隊返回巴達維亞。
1663年7月1日，波特再次率領由16艘夾板船、2600人和價值1370荷盾的貨物組成的艦隊，從巴達維亞出發，8月29日抵達閩江口，受到清方熱情款待。靖南王耿繼茂和福建巡撫委託官員撥給房屋，以便荷蘭人「卸存貨物」，並邀請荷艦駛往泉州會齊。10月15日荷艦駛入泉州灣，耿繼茂在泉州郊外帳篷中歡迎波特一行，清軍出席的還有賁岱、金世德、馬德功、鄭鳴俊等。波特向耿繼茂遞交一封信，提出軍事合作、自由貿易等11款，即通常所說的清荷聯軍協議的草本。耿繼茂答應取下金門、廈門後，方可通市。清荷聯合出兵滅鄭協議
第八條：克服金，廈兩島後，荷人必要時，得在二者之間，擇其一或其他地域，以駐艦隊，以防海賊攻擊。
第九條：克服金，廈兩島後，聯軍應馳往臺灣，攻取此島後，清軍應將該島以及一切城堡物件交與荷人，以供荷人居住。
所謂想分裂臺灣的，不是鄭家，倒是清廷，而且確實有所行動，荷蘭人倒是想「收復」臺灣，而且清朝倒是也也願意配合，條件就是幫助消滅明鄭，所以才有，1661、1663年，金，廈戰爭中的清荷聯軍的出現，如果一個真正想搞分裂，想獨立的，看到這種優厚的條件會不欠嗎，看過這個信函文獻條約，就知道當年的「台獨」是不存在的，倒是想賣臺灣給荷蘭人的史實倒是鐵板釘釘的，如不信的話，可找八十年代拍攝的電視劇《鄭成功》瞧上一瞧，那時候倒是真實的反映了清方與荷蘭人勾結的史實。
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