二十分鐘後，包括正副元首和閣揆陸續抵達，洞內突然人聲鼎沸，假想中的台海戰爭已經爆發，代號「玉山○六」的兵推此時也正式展開。
總統宣布戒嚴演練七套劇本
這場模擬中共在二○○七年因胡錦濤出訪遭刺後突然犯臺的「驚爆台海八天」演習，在陳水扁召開國家安全會議後揭開序幕。
在圓山指揮所內還帶有油漆味的新整修會議室中，十三位國家安全會議的當然成員已經坐定位，加上重要部會首長在內，會議室中大概擠進三十多人。當時共軍導彈第一波已經擊中總統府等重要政經設施，但共軍斬首行動失敗，陳總統稍早前在特勤中心順利掩護下，安全到達這座國家戰時指揮中心，準備開始聽取各部會戰情簡報。在瞭解敵情後，總統並未立刻下令宣戰，而是決定先穩住民心，戒嚴與否成為當務之急。
十二日晚間，國家安全會議針對是否宣布戒嚴在內部出現激辯，由於執政黨過去對戒嚴相當反感，因此現場有多位首長反對戒嚴。但行政院和軍方則主張立刻戒嚴，否則無法進行戰時動員，軍方也難以對突發狀況進行管制。最後在主席陳總統裁示下，決定國家進入緊急狀態，並正式宣布戒嚴，而在野黨隨後在國會也追認總統戒嚴令，台海防衛戰正式啟動。
據瞭解，代號「玉山○六」的軍政兵推，前後共分兩階段、八想定、一百七十餘個狀況，從四月十日至十四日屬於第一階段，主要演練項目包括指揮所「預備開設」、「緊急開設」和「緊急集合」等。
紅色警戒的發布時間只有總統一人知道，十四日晚間由陳總統向軍方衡山指揮所下達假想共軍導彈攻臺預警，衡指所透過國安局提供的保密通訊機通知各部會首長「緊急集合」，連維持交管的交警也是同時間接獲命令才出動，這階段演練想定內容是胡錦濤遭刺、共軍導彈攻臺，政府的應變能力，所有軍政要員都準時在二十分鐘內到達。
十五、十六日則接續進入准戰爭狀況的第二階段推演，想定內容包含「中共對台海空封鎖」、「偽鈔攻臺」、「馬祖遭佔」、「美日撤僑」、「內部暴動」、「美國調停」、「對中宣戰」等七套劇本，每套想定演練兩小時，包括三十分鐘準備和九十分鐘召開國安會議，前後推演近二十小時，與會人員兩天下來只睡兩小時。
美方調停失敗我對中共宣戰
這次演練，並未納入美國參戰因素，想定中設計二○○七年美國在中東正展開一場新的反恐戰爭，完全無暇顧及台海動湯，因此臺灣必須獨力應變作戰。雖然美國最後透過外交管道在兩岸斡旋停火，但最後在美國調停下，因執政黨無法接受華府提出與在野黨組聯合政府建議，中共也持續對臺開火，並在對岸集結更大兵力，準備對臺進行大規模三棲進犯，總統遂決定正式對中共宣戰，結束「驚爆台海八天」的玉山兵推。
後續在軍事行動上的台海防衛戰，則將由國防部在四月下旬的「漢光二十二號」電腦兵棋推演接手，屆時將演練共軍佔臺國軍苦撐待變。
馬祖失守國軍發動歸復作戰
國安會主導的代號「玉山06」的軍政兵推中，在軍事作戰層面，除第一階段導彈攻臺外，還假想外島馬祖遭共軍襲佔，島上通聯全斷，中共並透過影像畫面錄製遭俘官兵人質畫面，要求臺灣政府放棄抵抗，國安會議就此也討論多項應變方案。
據瞭解，在國安局長薛石民強烈力陳下，認為政府對領土必須寸土必爭，加上人質畫面對臺軍心士氣打擊極大，因此建議總統下令國軍進行「歸復作戰」，才能挽救民心，因此國防部長李傑在三軍統帥下令後，指示參謀總長李天羽派出陸戰隊、空降部隊和海、空軍前往救援。
美要求組聯合內閣臺拒絕
此外，在外交方面，則演練包括「撤僑行動」、「美國調停」和「調停失敗」等劇本，其中「撤僑行動」是透過外交管道，協助外僑在國內重要港口集結，等待美、日等國商船前往撤僑，但美、日並未派遣軍艦來臺。
因為機場已遭軍方管制封鎖，只剩海路可以逃離臺灣，連國內恐慌民眾都擠往港口，加上激進份子也前往港口抗議鬧事，最後港口亂成一團，撤僑行動完全失敗。
隨後美國才派遣特使團來臺進行調停動作，同時前往北京要求停戰，在美方壓力下，兩岸一度同意各自停火，達成類似八二三炮戰時的停火默契，但隨後共軍又續開火，美國外交管道調停宣告失敗。
美國特使團還對執政黨提出要求，強調為穩定臺灣民心，避免在野黨杯葛政府危機處理過程，還要求總統必須接受華府提出國內朝野共組聯合內閣的要求，但因我方認為此有干涉內政之嫌，因此予以拒絕，加上此時共軍持續空襲臺灣，國軍也準備展開防衛行動還擊。
兩岸戰爭漢光兵推續推演
最後確認美國調停失敗後，共軍又片面破壞停火默契，陳水扁總統決定再度召開國安會議，加上情資顯示共軍在對岸集結大規模兵力，已經準備對臺進行三棲進犯，總統最後決定正式對中共宣戰，並下令國防部長李傑指示參謀總長李天羽，開始向共軍反擊。
到這階段兩岸才真正進入戰爭狀態，但整個「玉山06」的軍政兵推也到此告一段落，隨後的兩岸戰爭則由國防部在接下來的漢光演習電腦兵推中繼續推演。
