人權觀察說，上海合作組織由俄羅斯、中國、哈薩克斯坦、吉爾吉斯斯坦、塔吉克和烏茲別克六國組成，在反恐名義下嚴重踐踏人權和人道法則。該組織成員國在引渡、法外處決，以及對待恐怖主義嫌疑人、宗教異議者和尋求和平獨立的少數民族人士等方面的記錄都受到特別關注。
人權觀察恐怖主義和反恐項目部主任喬安妮．馬里納說：「一些上合組織國家將國內異議份子等同於恐怖主義，加以迫害鎮壓。儘管作為一個建設性的區域合作組織在打擊恐怖主義方面有可能起到重要作用，但是也有理由擔心該組織只會強化各成員國的惡劣行為。」
2001 月15日上合組織簽署了《打擊恐怖主義、分裂主義和極端主義上海公約》，標榜自己是國際反恐鬥爭的「先頭組織」。公約清楚規定了成員國在交換情報、建立共同法律構架和承擔鎮壓恐怖活動實際援助方面的義務。2002年，上合組織在塔什干建立地區反恐機構。2005年地區反恐怖機構公布鎮壓恐怖主義行動250 起，該機構一名官員稱，機構在「不遺餘力收集極端組織、恐怖份子嫌疑人的信息，並公布到網際網路上」。
中國以反對「恐怖主義」、「分離主義」和「極端主義」為藉口無情鎮壓新疆省內主要少數民族維吾爾族，肆意拘留關押宗教人士、鎮壓宗教活動，有數千名受害者通過簡單粗暴的不公正審判後被判刑甚至處死。上合組織幫助中國政府歪曲中國維吾爾族矛盾，將其與國際伊斯蘭恐怖主義聯繫起來，以獲得國際認同。北京政府長期以來把宗教獨立運動和政治活動等同於「分離主義」，但在此之前從未明確指出新疆境內所有異議份子與恐怖主義之間有聯繫。在北京政府要求下，上合組織亞洲幾個主要成員國極力打擊本國境內維吾爾獨立組織的活動，強制遣返中國政府索要的流亡人士，有些人回國後既被判處死刑。中國政府沒有提供這些恐怖主義武裝力量活動細節，卻辨稱即使那些人沒有採取暴力方式，還在繼續傳播分裂主義思想。
人權觀察亞洲部副主任索菲．理查森說：「中國以打擊恐怖主義做掩護，逐步打壓國內以和平手段提倡政治權利、宗教自由、獨立自主的聲音，我們希望這種行為早日停止，而不是擴展到其它國家。」
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