希臘人圍攻特洛伊城持續了九年，眾多希臘戰士、包括擁有半神血統的英勇的阿基理斯，都在歷次的交戰中戰死，特洛伊城依然堅固如昔，據荷馬史詩的敘述，特洛伊的城牆乃由奧林匹亞山的神所建。
特洛伊的建造者達達諾斯是奧林匹亞山眾神之父宙斯的後代，從希臘來到小亞細亞，當地的國王將女兒嫁給他，並給他一塊土地，位於兩條河流入海的匯合處，旁依著伊達山。神的子孫從此在這兒定居，附近的海峽，也因此被叫做達達尼亞海峽。
數代後的國王伊洛斯有次受鄰國國王之邀參加角力比賽，贏得一頭花斑母牛做獎品。鄰國國王同時告訴他一則神諭：在母牛躺下休息之地，他必建立一座城堡。
伊洛斯隨著母牛走去，母牛在那片被喚作特洛伊的土地上躺下休息，伊洛斯便決定在這個山丘上建造城堡。在建城之前，他祈求先祖宙斯的兆示，是否同意他在此建城。次日他在帳篷裡發現了一尊雅典娜的神像，那原本是供奉在宙斯的神廟裡，宙斯將神像賜給他，暗示著未來的特洛伊城將處在宙斯及其女兒雅典娜的庇護之下。
到伊洛斯的兒子拉俄墨冬繼承王國的時候，特洛伊城仍沒有足以防衛城市安全的圍牆。宙斯察覺國王想要筑道堅固的城牆把城圍起來的心意，便讓阿波羅與波塞冬到那兒去幫助國王。這兩位神祇在不久前才因為忤逆宙斯的意旨而被逐出奧林匹亞山，現在正在人間流浪著。
阿波羅與波塞冬向國王毛遂自薦，答應以極低的報酬為他做一年的活，阿波羅為國王放牧，而波塞冬則為他建造城牆。國王同意了。一年過去，一道又高又寬的堅固城牆已完成，但國王卻不依約付給他們報酬。他們指責國王不守信義，國王將他們兩人驅逐出境，並威脅要把他們的手腳綁住、耳朵割下來。兩位神祇自此以後就站在特洛伊的對立面，而城的保護神宙斯與雅典娜也從此不再保護它，任憑命運女神安排它悲慘的前途。
若說拉俄墨冬個人的道德淪喪是導致特洛伊滅亡的遠因，那麼人們對犯罪行為的容許甚至袒護，則是直接的導火索。那是發生在拉俄墨冬的兒子普理阿摩斯統治的時期。他的王后在懷第二胎時作了個夢，夢見自己生了一把火炬，火炬點燃了特洛伊城，將之燒成灰燼。國王將夢境告訴具有預言能力的庶子，得到的解釋是：王后即將生出一個兒子，他將毀滅特洛伊。不久王后果然生下兒子，國王與王后讓僕人將嬰兒丟棄在伊達山上。僕人遵命而行，但在幾天後卻發現嬰兒仍活著，原來是森林裡的母熊在撫育他。僕人便把嬰兒帶回家，當作自己的兒子養育。這個嬰兒被命名為帕里斯，他在長大後以王子的身份出使希臘，卻趁著斯巴達國王外出時誘拐王后海倫私奔、並將其丈夫的財富掠奪一空。這種違反道德和當時國家都通行的律法的罪行，在特洛伊卻不被譴責或懲罰，反而是舉全國之力來保護犯罪之人，最後引起希臘各邦聯軍進攻特洛伊，導致國家的滅亡，這就是發生在西元前1200年左右、著名的特洛伊戰爭發生的前因後果。
直到19世紀末，德國業餘考古家史利曼（Heinrich Schliemann）在土耳其境內挖掘出特洛伊遺址前，特洛伊城是否存在這個問題，千百年來一直被爭議著。畢竟長久以來，關於特洛伊戰爭及木馬屠城記的傳說，最早只見於據說是古希臘的盲人遊唱詩人荷馬所口述流傳下來的史詩《伊利亞特》和《奧德賽》中，而荷馬的生存年代、甚至是否確有其人，在史上也一直都存在爭議的情況下，以實證科學的思考模式，有關特洛伊的一切被歸類為神話傳說，也就不足為奇了。
史利曼根據荷馬史詩的描述，在土耳其西北方靠近達達尼爾海峽的一處山丘上挖掘到數層年代依序遞增的城鎮遺址。後來的考古學家繼續向下挖掘，陸續出土的文物年代遠至西元前三千年，也就是距今五千年前。荷馬筆下的特洛伊，一般認為是從下往上數來的第六層遺址，年代介於西元前1700到1200之間，相當於中國的商朝前期。
考古學家推測，在西元前1300年，也就是3千年前的古希臘文明裡，普遍處於城邦即是王國的社會結構。與其它希臘城邦相比，特洛伊應該屬於相對富庶之都，因為它掌控著達達尼亞海峽的出入口，而當時的船仍無法逆風而行，必須停泊在港口裡等待有利的風向才能駛入海峽。靠著收取過路關稅及港口的船舶停靠費，特洛伊就可以輕易的累積財富、組織強大的艦隊出使希臘，並與鄰近邦國結盟來和希臘城邦的聯軍相抗衡。
最新的考古研究認為，建造在15米高的山丘上、面積約五萬平方米的遺址應該只是特洛伊的衛城而已。如同當時希臘本土各國的城市結構一樣，神廟及宮殿所在的衛城建於高地上，用城牆圍住，城市則延著衛城四周發展。衛城在平時是祭祀、會議與王族居住之地，到了戰時則為山腳下的居民提供避難的場所。
巍峨的特洛伊城牆易守難攻，數年來希臘聯軍屢次攻擊，從來沒能將城門擊破，或成功爬上城牆。面對著久攻不下的城堡，希臘人改變了策略，採納了狡詰的奧迪休斯的計謀：內藏戰士的巨型木馬加上口舌便給的間諜以說服特洛伊人自毀城牆，將高大的木馬當作戰爭的勝利品拉回城裡。
希臘人對於是否使用計謀、或者仍舊憑戰鬥一決高下，存在著不同的意見。宙斯在希臘人意見不一時，以響雷與閃電昭示他的旨意；雅典娜在希臘人的夢中指示木馬的建造方法。當勞孔（Laocoön）──特洛伊城裡阿波羅神廟的祭師──懷疑木馬被拔營離去的希臘人留置在此是個危險的詭計，並拿長矛刺入木馬的腹部，發出中空的回音時，神使眾人聽而不聞。接著勞孔和他的兩個兒子在舉行祭祀時被大蛇咬死，大蛇隨即游入雅典娜的神廟裡。特洛伊人認為勞孔是因為懷疑木馬才遭到懲罰，便不再猶豫，動手在城牆上打個大洞，將木馬拖進城裡，並徹夜飲酒狂歡，來慶祝他們的勝利。
希臘人在特洛伊人醉爛如泥時悄然而至，焚燒屋舍、掠奪財物、屠殺男人、俘虜女人及兒童作為奴隸帶回希臘。全特洛伊只有二個家庭倖免於難，一個是當希臘和平使節前來交涉時以禮相待、並保護他們在特洛伊不受主戰派攻擊的老臣；另一個則是維納斯女神與凡人所生的兒子埃涅阿斯，他見大勢已去，便背著父親、拉著兒子，倉皇出逃。他之所以能全身而退，據史詩記載，一方面是由於作為女神的母親隨側保護，使射向他們的刀劍失去準頭，另一方面則因為埃涅阿斯負有自己所不知的使命，他將在遙遠的異鄉土地上留下後代，一支在未來統治著龐大帝國的民族（有關埃涅阿斯的部分在論及羅馬時再行敘述）。
特洛伊從此荒棄了300年之久，直到西元前8、9百年前，才又有希臘人移民至此，這段時期也是荷馬史詩流傳於希臘化世界的年代。此後特洛伊起起伏伏，幾歷興衰，到西元數世紀，隨著西方世界的逐漸基督化而慢慢沒落，終致為人所遺忘。若非荷馬的史詩流傳下來，特洛伊的一切痕跡就消失在歷史的洪流之中。今日的特洛伊只剩下考古挖掘出來的殘磚斷瓦，作為聯合國文教組織認定的世界文化遺產供人憑弔。
史利曼發現的珍貴文物如黃金飾品等，原本收藏於德國柏林的博物館裡，二次世界大戰納粹德國戰敗後，這批特洛伊的出土文物便被佔領柏林的蘇聯軍隊帶走，目前收藏在莫斯科的博物館裡。
後代對特洛伊覆亡的原因有諸多解釋，史詩中佔重要篇幅的關於神的部分被逐漸忽略，或視為藝術上的想像力而未認真對待。其實很多神話傳次未必只是先人的幻想，經過時光的淘洗後能流傳下來的東西，必有它寓世的意義，也許是高級生命有意採用各種隱喻的方式來傳遞著他們想要人們領悟到的一些訊息。
