前臺北市長馬英九特別費案偵結，檢察官侯寬仁（中）、陳瑞仁（左）與周士榆13日晚間共同出面說明起訴經過。
國民黨主席馬英九首長特別費依貪污罪遭起訴，隨即宣布參加臺灣08年總統大選後，馬的民調這兩天逆勢上揚。評論家認為此起訴案是國民黨的危機，也是國民黨的轉機，後續如何發展，有待國民黨智慧地處理。另一方面，此案是繼去年11月臺灣總統陳水扁因國務機要費遭起訴後，臺灣高檢署再次因起訴高層知名人士，使臺灣實踐民主價值的同時，體現了司法獨立於行政、立法的精神。
「雙仁」辦案 不畏權貴
負責偵辦馬英九特別費的檢察官侯寬仁和偵辦陳水扁國務機要費的陳瑞仁，人稱「雙仁」，不畏權貴，辦案的專業與堅持皆有口碑。陳瑞仁先前曾偵辦金管會檢查局長李進誠涉入股市禿鷹案，贏得「查黑金鐵腕」美譽；而侯寬仁則偵辦過牽連警界甚廣的周人參電玩弊案，辦案素來「六親不認」。雖然馬案的偵結結果，直接衝擊臺灣政壇，侯寬仁不為所動，最後仍將昔日老長官馬英九依法起訴。
馬：尊重司法 並將依法力爭
馬英九在13日起訴當天傍晚隨即召開記者會宣稱，他相信司法是社會正義的最後防線；他表示無法接受「詐領特別費據為己有」的指控，他將會為自己的清白奮鬥，依法力爭，直到「還我清白」。
馬英九遭起訴後隨即召開記者會宣布競選2008年總統大位，引發泛藍民眾廣泛的危機感和同情，使馬的民調這兩天不降反升。資深媒體人兼評論家楊憲宏認為，馬的起訴案為國民黨帶來了危機，其實也帶給國民黨轉機，這有待馬英九和國民黨如何運用民氣、智慧的處理，馬英九日後有很多機會可以證明自己。學者專家也多期望馬英九能在司法制度內證明自己的清白，而非直接訴求於民粹，換句話說，不是利用選舉訴求選民用選票來證明自己的清白，而是在法庭上遵從法律規則為自己辯護。
侯：法律人依證據辦案 無政治考量
承辦特別費的檢察官侯寬仁13日起訴馬英九當天被媒體詢問時表示，此案與偵辦國務機要費標準一致，沒有政治考量，起訴一切依證據。他強調，法律人必須讓證據說話。
侯寬仁表示，當初接下特別費案時，內心一度相當掙扎不想面對。馬英九在1993至1996年擔任法務部長期間，侯寬仁時任臺北地檢署檢察官，是侯寬仁的昔日長官。馬英九曾在立法院備詢時，公開支持侯寬仁打擊不法，盛讚他「認真辦案」，這讓馬英九也贏得基層檢察官的尊崇。
侯寬仁結婚時，馬英九還曾是「神秘嘉賓」，平日對這位老長官的正義形象也十分推崇。
去年8月4日查黑中心將馬首長特別費簽分「查字第18號」案，交由侯寬仁調查，有人質疑侯寬仁與馬有這層關係下，應聲請迴避偵查，但瞭解侯寬仁辦案風格的人都知道，他辦案是「六親不認」。
陳：獨立辦案 心中沒有顏色
負責偵辦陳水扁總統涉嫌用假髮票報領國務機要費，陳瑞仁去年11月公布調查結果和起訴書，認定陳水扁及其夫人吳淑珍涉嫌貪污和偽造文書，為共同正犯（共犯），創下臺灣法治史首例，讓他被封為「司法英雄」。
在政治上傾向民主進步黨，陳瑞仁坦承：「我雖是深綠，但離開投票所的布幔，心中就沒有顏色」。
這回起訴馬英九，陳瑞仁表示，雖然起訴書是由侯寬仁、周士榆具名，但查黑中心辦案，一向是「共同決定(心證)、共同負責、集體辦案」。陳瑞仁在司法界被敬稱為「陳老師」，一般相信是由他提供整起辦案方向，同時也為臺灣起訴高官開創辦案模式。
身兼臺灣檢察官改革協會發言人的陳瑞仁曾自信的說，臺灣檢察體系獨立辦案的土壤已經形成，只要有能力及操守好的檢察總長帶領，未來兩三年內，新成立的「特別偵查組」絕對會有效的肅貪。
臺法務部尊重檢察權的三不原則
行政院長蘇貞昌去年12月曾裁示，國務機要費也好、特別費也好，相沿而成的慣例，如今竟因時代更迭而出現「意外的陷阱」，這顯然是歷史留給國家與人民的共業，不應由任何人承受。
行政院原本期望，蘇揆的裁示與法務部報告，可望讓國務機要費與首長特別費全盤解套。但法務部長施茂林則委婉地說，法務部不能指揮檢察官辦案，僅意見可供辦案參考。
法務部也表示，法務部是檢察行政的主管機關，至於個案的偵辦屬於檢察權獨立行使的範圍，法務部一向秉持不參與、不介入和不指導的三不原則。
兩案牽動朝野抗衡 吁民眾體認司法立場
由於陳水扁的國務機要費與馬英九的特別費牽動朝野政黨抗衡，查黑中心檢察官去年底曾發布共同聲明稿指出，若民眾認為此兩岸的偵辦與國民法律情感不符，而有修法或實施大赦的必要，檢方絕對尊重「行政」與「立法」的決定。但在此之前，檢察官不可能為特定案件去「調整」或「放寬」刑法上關於「詐欺」、「偽造文書」 或「貪污」的法定構成要件，敬請民眾體認並尊重檢察官的「司法」立場。
成立「特別偵查組」專辦高官
臺灣新法院組織法已上路，檢察總長的產生方式除了由總統提名，還需經過立法院同意後任命，這將使檢察總長面臨各方的政治干預時，需有足夠的抗壓性維持中立。
此外，查黑中心即將解散，新制度下，最高檢察署會挑選操守佳、辦案能力強的檢察官，設立「特別偵查組」，專責偵辦正副總統、五院院長、部會首長或上將軍階以上的重大貪瀆、經濟犯罪與危害社會秩序等案件。
「檢察官身為司法正義的最後一道防線，如果不能堅守獨立風骨與專業，如何贏得社會信任與民眾認同，」檢察官陳瑞仁自省地說道。
