1953年11月，陳雲和鄧小平向毛澤東報告了高崗與他們談話的情況，促使毛澤東決定拋棄高崗。鄧小平1980年3月19日談到高崗事件時說：
"毛澤東同志在1953年底提出中央分一線、二線之後，高崗活動得非常積極。他首先得到林彪的支持，才敢於放手這麼搞。那時東北是他自己，中南是林彪，華東是饒漱石。對西南，他用拉攏的辦法，正式和我談判，說劉少奇同志不成熟，要爭取我和他一起拱倒劉少奇同志。......高崗也找陳雲同志談判，他說：搞幾個副主席，你一個，我一個。這樣一來，陳雲同志和我才覺得問題嚴重，立即向毛澤東同志反映，引起他的注意。"
*陳雲告密*
高崗在東北時與陳雲共事，相處融洽。高崗對陳雲十分尊重，也自認為是陳雲的好友。中國獨立記者高瑜說：
"毛對高崗說過，適當的時候要讓劉少奇退下來。實際上就是提出了接班人的問題。陳雲聽到就說，那你就挑頭吧，你怕什麼呀？東北三年勝利，毛又那麼信任你，你應該出來幫助毛。"
高瑜在2006年曾經向高崗的遺孀李力群瞭解過陳雲出賣高崗的情況。
高瑜："據李力群跟我講，當時，這個高崗是一個直脾氣。他當時和毛澤東都是直接見面的，毛澤東親口交待的......他(陳雲)就是每次知道高崗和毛主席單獨見面了，他就來高崗家坐，就套高崗的話。當時他就把毛澤東讓他去調查呀，還有對劉少奇的一些意見啊，都跟陳雲講了。結果這個陳雲直接就跟毛澤東匯報了。
陳雲後來為自己的告密行為辯護說："我把高崗和我講的話向黨說出來，高崗可能覺得我不夠朋友。但我講出來，是黨的原則，不講出來，是哥老會的原則。"陳雲所稱的"黨"就是指毛澤東。
*毛利用高 高誤信毛*
高瑜："這毛澤東當然火了，翻手就打了一個‘高饒反黨集團'。你讓毛澤東怎麼辦？當然不承認了，只能(把高崗)拋出來。他全盤的計畫暴露了嘛。你怎麼能把皇上跟你講的話隨便對人說呢？那當然，你不承擔這個罪名誰承擔呢？高崗最後就是讓毛澤東給耍了。毛澤東沒辦法，把他給甩出去了。毛澤東暫時退讓一步了。"
中國現代史專家宋永毅說："毛澤東當時無非也就是把高崗當個槍使。如果說你高崗能夠搞成了，他(毛澤東)也接受這個事實。如果你高崗搞不成，他就把你拋掉了。高呢也是錯誤估計形勢。他以為他私下和毛講的話都可以算數。他不瞭解毛是講話最不算數的人。
"結果他就發動了進攻，不給自己留餘地。最後的結果是，絕大多數的黨務和政務幹部，包括軍隊的人，都不站在高這一邊。那麼最後毛就把高給拋棄了。他(毛澤東)總是站在一個最高仲裁者的位置，最後他從中漁利。"
*挑動內鬥 支持強者*
對於毛澤東來說，與其眼看著高崗勢單力薄，被劉少奇等人打倒，還不如自己出面把高崗打倒。
宋永毅："毛澤東權術的很大一個特點就是挑動幹部斗幹部，挑動幹部鬥群眾，挑動群眾斗幹部，挑動群眾鬥群眾，他從中漁利。最後呢，他看哪一個方向對他最有利，哪一派對他最有利，他就認下來。把那一派對他不利的，就拋掉。"
此時，毛澤東不僅要表現出自己不是高崗背後的人，而且要顯得自己最公正，是批評高崗最嚴厲的人。他首先在1953年12月19日找陳雲、鄧小平這兩個告密者談話，並指派陳雲到各地向高崗曾經遊說過的各地負責人通報高崗反對劉少奇、"分裂黨"的問題 。
12月20日，毛澤東對自己的親信，公安部長羅瑞卿和軍隊總政治部主任譚政說："劉少奇有錯誤，也不能一棍子打死啊!"又說："你們知道有人搞陰謀，在北京組織地下司令部嗎？......搞陰謀的，組織地下司令部的就是高崗。"
毛澤東知道高崗和林彪的關係密切。為了瓦解高崗與林彪的關係，同時也為了保護林彪，毛澤東放出風聲說："他要在我退居二線時，當黨的副主席。他對陳雲說：黨的副主席，你一個我一個。他不是擁護林彪嗎？這時林彪沒有了。他不只是要打倒劉少奇，是要打倒我，也會打倒林彪。"他還特別囑咐陳雲去和林彪打招呼，提醒林彪與高崗劃清界限。
*批判政出多門*
12月24日，在中共政治局會議上，毛澤東開始直接向高崗發難了。他意有所指地說：北京有兩個司令部，一個是以我為首的司令部，叫做刮陽風，燒陽火；一個是以別人為司令的司令部，叫做刮陰風，燒陰火，一股地下水。究竟是政出一門，還是政出多門？
12月29日，在毛澤東的授意下，劉少奇主持中共中央書記處擴大會議，起草並通過了《中共中央關於增強黨的團結的決定(草案)》。毛在修改時特別加了一段，說堡壘最容易從內部攻破，個人野心家要分裂黨。
高崗這時慌了。他1月19日寫信給毛澤東，要求面見毛澤東。毛避而不見，只是讓高崗到政治局會議上談。此時，高崗預感到大難即將臨頭。他做好了最壞的打算。據高崗的秘書趙家梁說，高崗在1954年1月就在毛褲裡縫了20粒安眠藥，準備被捕以後自殺用。
*舊賬新算*
毛澤東則把高崗的歷史舊帳全都翻出來晒給大家看。例如，中共西北武裝鬥爭最早參加者和領導者之一閻紅彥曾經多次告發說，高崗在1932年6月的一次戰鬥中臨陣脫逃。毛澤東對閻紅彥的告發非常清楚，但是他仍然十分信任高崗。現在，毛澤東舊事重提，讓閻紅彥當面揭發高崗的"反黨陰謀"。
毛澤東對於高崗過於親蘇不僅早就耳有所聞，而且還有親身體會。1949年9月，一個香港商人代表團訪問了東北，隨後對毛澤東說，東北到處都是斯大林的像，沒見到幾張毛澤東的像，感到東北是蘇聯在統治。毛澤東隨即將高崗招到中共中央所在地，召開中共政治局會議，討論照片問題。高崗在會上受到嚴厲批評。
據前蘇聯駐中國顧問團團長科瓦廖夫回憶："高崗跑來告訴我開會的情況，劉少奇第一個發言嚴厲批評高。他把高在莫斯科建議把東北改建為蘇聯第十七個加盟共和國的事與東北不挂毛澤東照片的問題聯繫起來；周恩來接著發言，他指責高背叛，企圖把東北讓給蘇聯。他建議把高崗開除出政治局，甚至中央委員會。""高崗把周恩來視為至交，周的立場使高特別痛心。"
科瓦廖夫還回憶說："1949年12月初，毛澤東在去莫斯科的路上，命令在瀋陽停車，並邀請我一起去參觀市容。瀋陽所有的大建築物上都掛著斯大林的半身像，毛的照片幾乎看不到，毛澤東對此顯然十分不高興。
"回到火車站，市委書記向毛澤東報告說，東北工人和高崗、林彪準備了一車皮禮品送給斯大林祝賀他七十歲生日。這節車現在就掛在毛澤東車廂的後面，毛澤東聽後指示說：‘把這節車卸下來，把禮品也卸下來，一半送到高崗家，一半送到林彪那裡，對他們倆說，我已經準備了來自全國的禮品送給斯大林，東北至今還是中國的一部分。'"
曾經擔任中共政治局常委的汪東興在《汪東興日記》中1949年12月28日陪同毛澤東訪問蘇聯期間的日記記載了毛澤東對高崗向蘇聯告狀的不滿。他寫道："毛主席......對我說：‘最近斯大林同志交給我一份有關中國問題的信。這封信中涉及中國共產黨內部的問題，我看是有人提供材料，讓別人寫，告洋狀。'"
前中共中央辦公廳主任楊尚昆說："一直到1954年中央開會批判‘高饒聯盟'時，高崗1948─49年在科瓦廖夫面前攻擊劉少奇、周恩來的一些話成了他的一項錯誤證據。"
*帶病提拔於先 翻雲覆雨於後*
1952 年1月毛澤東接到薄一波轉給他"東北一黨員"揭發包括高崗在內的東北局高級官員貪污腐化的信。毛將信轉給高崗。高崗對薄一波十分不滿，這可能也是他後來打擊薄一波的原因之一。高崗還追查過寫信者。到了毛澤東要打倒高崗的時候，毛反而在政治局會議上質問高崗為什麼不讓人揭發。
毛澤東早就清楚高崗的這些"罪狀"，但是他繼續重用提拔高崗。
記者："毛澤東在知道了這種情況下，絲毫沒有減少對高崗的重用，甚至是更加重用，這是為什麼？"
宋永毅："毛是一個實用主義者。他用人，他只要是對自己有利。他不是考慮長期的，他也是摸著石頭過河，他沒有長遠的眼光。他要是有長遠的眼光，他不會和他兩個接班人，都是法定的接班人都搞成這個樣子，尤其是林彪事件。他把高崗這樣的人弄來臨時用一用，就算能把劉少奇搞下去，他跟高崗之間能搞得攏嗎？不可能搞得攏。
"另外有一個解釋，就是因為高崗親蘇，因為49年，五十年代初期蘇聯對中國黨內的影響還相當大，他就是要藉助高崗這樣的一個親蘇派來搞搞看。"
*欲保高崗過關 爭取派系平衡*
即使是批判高崗的時候，毛澤東的本意也並非要除掉高崗，更可能是要高崗收斂一點，保高崗過關，準備日後重新起用，就像後來文革時對鄧小平那樣。畢竟，高崗是毛澤東最信賴的親信之一，毛澤東也很清楚，高崗那樣去攻擊劉少奇，是因為得到了他毛澤東的鼓勵。
於是，毛澤東親自向劉少奇佈置了召開中共中央七屆四中全會的特別方式，要求"應儘可能避免對任何同志展開批評，以便等候犯錯誤的同志覺悟"。與此同時，毛要求劉少奇在會上就農業合作化、怎樣對待富農黨員和工會工作等問題做自我批評。這些問題恰恰都是高崗多次指責劉少奇犯過的"錯誤"。毛澤東似乎想藉此爭取政治平衡。
然而毛澤東藉故不參加這次會議，讓劉少奇主持。其中的原因，誰也沒有說明。是否毛想避免和高當面對質兩個人過去的談話內容呢？這一點只有毛澤東最清楚。也許就是因為毛澤東沒有參加這次全會的緣故，1954年2月的中共七屆四中全會並沒有按照毛澤東原來的設想開。儘管劉少奇做了自我檢討，但是會議矛頭始終對準了高崗和饒漱石。鄧小平由於自認為向毛告密有功，對高崗的炮火最猛烈。高崗被迫做了自我批評。
七屆四中全會以後，2月15日開始召開高崗問題座談會，對他進行批判。2月17日，高崗自殺未遂。從此，他被軟禁。
*高崗結怨周恩來*
2月25日，周恩來在高崗問題座談會上做總結髮言，代表中共政治局正式提出高崗的"九大罪狀"，包括製造"軍黨論"，散佈"槍桿子上出黨"、"黨是軍隊創造的"謬論；對幹部私自許願封官；在中蘇關係上撥弄是非；進行奪取黨和國家權位的陰謀活動，偽造毛澤東的言談，積極反對兩個中央領導同志(指劉少奇和周恩來)，假裝推戴另外兩個中央領導同志(指陳雲和鄧小平)；提出自己當黨的副主席等等。此外，還有私生活腐化。
高崗一直堅持他沒有反對周恩來。然而毛澤東卻透露出高崗向他推薦林彪擔任部長會議主席，讓周恩來感到高崗並不尊重他。獨立記者高瑜說，實際情況是：
"毛澤東是要接受全盤‘蘇化'，他跟高崗講過，這是李力群告訴我的，我們可以不可以也像蘇聯那樣建立部長會議制？你來當部長會議主席。高崗同意毛澤東所說的，你可以按蘇聯那樣建立部長會議制，但是他自個兒說的，我當不了(部長會議主席)。毛澤東問，那誰可以當？高崗就說林彪最合適。而且呢，他對毛也表示過，林彪從井崗山就跟著毛主席出來的，所以是毛主席培養得最長的一個幹部，而且當年林彪又年輕，才43歲。"
從這個情況我們可以看到，第一，毛澤東沒有向高崗表示讓周恩來繼續擔任總理，即部長會議主席；第二，高崗也心領神會，因此推薦的人是林彪，而不是當時的總理周恩來。
可以想像，周恩來知道這個情況之後，心裏自然不會舒服。毛澤東還專門委託周恩來找人談話，瞭解高崗活動的情況。高崗的"九大罪狀"就是由周恩來起草，經過毛澤東審閱和修改確定的。
周恩來在高崗問題座談會上做總結髮言時說："高崗的極端個人主義錯誤已經發展到進行分裂黨的陰謀活動，以圖實現其奪取黨和國家領導權力的個人野心。在其野心被揭穿和企圖失敗以後，他就走上自絕於黨和人民的絕望的自殺道路。"
"高崗的罪惡已經勾銷了他對革命鬥爭所曾作過的局部的貢獻，證明他過去參加革命鬥爭的動機是不純的。"
4月19日，高崗被迫寫了檢討書《我的反省》，承認在全國財經會議上"除批評薄一波同志外，還有指桑罵槐說少奇同志的意思"，"企圖把少奇同志拉下來，使自己成為主席唯一的助手，準備自己將來做領袖"。
*高崗不知毛想保他*
由於中共政治局內部觀點一致，批判高崗的火力猛烈，加上高崗又試圖自殺，毛澤東有些無法控制局勢了。於是，他只好在高崗做出檢討之後私下讓習仲勛給高崗捎話。獨立記者高瑜說：
"實際上毛澤東對高崗還是喜歡的，要把高崗打倒還是不忍心的。因為在66年文化大革命起來以後，李力群，那當時一聽說是高崗的老婆，那紅衛兵還不給打死啊。周恩來安排她到中南海避了一段難。周恩來交待她兩點。一點就是說，問你什麼高崗問題，你都說不知道。你不要多說，也不要為高崗申冤。這是教她如何度過那場大的運動，來保護自己。
"第二個，問了她一句話，就是說高崗出事之後，習仲勛有沒有向他轉達毛主席的話？毛主席讓習仲勛轉達，主席還要用你，不會拋棄你。李力群說，沒有。結果周恩來說了一句話，就說，‘哎呀，他膽小了！'就是說習仲勛膽小了。"
此時的高崗並不知道毛澤東還想保他，在絕望之中於8月17日服安眠藥自殺。毛澤東聽到消息以後說："黨內鬥爭死了人，總是不好的。本想讓他去陝北還當個省委副書記，保留黨籍、中央委員，讓他回延安工作，我想他也會願意的。可是，遲了一步，沒來得及講。如此結局，我覺得遺憾。"
高崗死後，周恩來親自處理後事，指示要善殮厚葬，要立碑，但是上面只寫四個字，"高崗之墓"。結果，碑是立了，卻是一個無字碑。
*株連八高官*
1955年3月，中國共產黨將高崗正式開除黨籍，撤銷一切職務。
高崗案還株連了8個省級以上的官員，包括中共山東分局第一書記、省政府副主席向明，中共東北局第二副書記、軍區副政委張秀山，中共東北局第三副書記張明遠，中共東北局農村工作部長趙德尊，東北局組織部長郭峰，中共旅大區黨委第二書記陳伯村，國家計委秘書長馬洪和中國駐北韓大使倪志良。
*鄧阻止平反*
1980年，胡耀邦平反冤假錯案，主張為高崗平反，但是被鄧小平阻止。儘管鄧小平說："高崗批評少奇同志的東西，不是完全批評錯了的，有批評對了的。"但是他堅持認為，"高崗是搞陰謀詭計的。""反對高崗的鬥爭還要肯定。...處理得也是正確的。"
記者問中國現代史專家宋永毅："高崗這個案子裡面有任何冤情嗎？"
宋永毅："最大的冤情就是，主席叫他做了。他做了以後，被主席搞成反革命。他當然冤了。老毛同意他這麼做，煽動他那麼做。最後他做了，老毛把他拋出來。我給它概括四個字，就是毛澤東對高崗‘始亂終棄'。"
