部分養生專家擔心牛奶可能造成過敏，其中有荷爾蒙、來自飼料添加的抗生素及殺蟲劑殘留。這些擔憂並非完全沒有道理，但喝了牛奶拉肚子，其實可以克服；而奶品製程受到食品衛生單位檢測和控管，消費者應可安心食用。
喝牛奶後拉肚子，最常見的原因是"乳糖不耐症"。牛奶中含大量乳糖，需要腸道中的乳糖（消化酵素）才能消化吸收。兩歲以下嬰幼兒腸道中的乳糖非常豐富，但隨著年齡的增長而漸減，雖然不會完全消失，卻會使老人家喝牛奶後出現不適。
另外，有些人因疾病因素長期禁食或腸胃道發炎，使乳糖含量不足或缺乏，這樣也會造成續發性的乳糖不耐症。
乳糖不耐症就是在喝牛奶（或大量的牛奶）之後，出現腹脹、腹痛、拉肚子的現象。建議有乳糖不耐症的人可以改喝優酪乳或乳酸飲料，這些飲料少了乳糖，但是蛋白質和乳鈣質依然豐富，而且其中的乳酸菌能抑制腸內害菌的生長，可進一步改善拉肚子的問題。
另外，除了先天遺傳造成乳糖完全缺乏，乳糖其實可以慢慢培養，先喝少量稀釋過的牛奶，待耐受度增加，再漸進增加牛奶濃度，不必終其一生拒絕牛奶。
另一種對牛奶的不適應是對其蛋白質過敏，較常發生在喝嬰兒配方奶粉的小病人。牛奶蛋白質分子較大、不易被消化，當分解不完全的大分子穿過腸壁被吸收後，就變成會引起過敏反應的過敏原了。
過敏症狀會因蛋白質不同而有所差異，以胃腸不適的表現最多，例如腹脹、腹瀉、嘔吐、糞便中帶血。有些則是因過敏原隨著血流運送到全身器官，產生不同器官的過敏症狀，例如皮膚痒、呼吸困難等。
一般成熟而健康的腸道腸壁有足夠屏障，如消化液的分解力、完整的黏膜及黏液層保護、腸道分泌的免疫球蛋白，都可抵擋蛋白質的入侵。但有些嬰兒胃腸道發育尚未成熟，消化液分泌不足、腸壁穿透性也較高，一接觸牛奶蛋白就容易過敏，所以母奶是新生兒最好的食物。母奶蛋白質分子小，即使消化系統尚在發育、仍未成熟的新生兒，都很容易消化。
有過敏體質的寶寶，也可能會對其他食物過敏，例如蛋、黃豆、花生、魚、小麥、海鮮等，因此嬰兒在添加副食品時，要注意單樣漸進。一次一種食物，觀察嬰兒有無不適，找出會引起過敏反應的食物，往後避免接觸，以維護寶寶的成長與健康。牛奶過敏多在一歲以後改善，大約三歲以後，腸胃道成熟健全了，對牛奶過敏就會自然減少。
根據南美洲國家一項學童飲用牛奶的實驗，喝牛奶的兒童學齡期身高平均一年增加3.7公分，體重增加2.3公斤；相對於不喝牛奶的兒童，身高只增加2.8公分，體重增加1.5公斤，適量的牛奶對成長有顯著的幫助。牛奶，營養的咧！
