在共產黨傳統的意識形態中，神學與私有財產被認為是否定人類「獨立存在」的本質，因此藉著反神學與私有財產來界定人的本質存在。然而，隨著廿世紀末蘇聯東歐共產政權瓦解，以及中國的改革開放，共產意識形態的「解咒」也解放社會主義國家百姓的束縛，因此資本家可以成為共產黨員、人民可以信仰宗教。問題是，當「良知自由」遇上「堅持共產黨領導」時，中共如何與這些信眾和諧共處？我們從2005年國務院《宗教事務條例》的實施至今，可以瞭解目前中國宗教政策仍是延續「歸口」的社會控制模式，就如同對社會團體的管理一般，「工、青、團、婦」以及其他團體都在「雙重管理」體制下，用以界定「合法」與「非法」，這種依政府管理需求的安排，自然不易脫離體制而成為真正的公民社會形態。
據不完全統計，中國大陸天主教和基督教徒目前已超過三千萬人。而透過「歸口」管理，天主教有「一會一團」（中國天主教愛國會與中國天主教主教團），基督教則有「中國基督教三自愛國運動委員會」和「中國基督教協會」的組織，強調其自主性，也不接受教廷的領導。而依據《宗教事務條例》第12條規定，「宗教活動應當在經登記的宗教活動場所內舉行。」因此就如同社團管理模式，登記與否成為「合法」與「非法」宗教活動的界限。對中共而言，一方面能夠滿足人民宗教信仰之需求；另一方面，則對於無法控管的「良知」信眾們，則以「地下活動」貶抑甚至取締。因此警方衝入聚會中的民房、逮捕教會領袖、拆除非法教堂的事件時有所聞，也被國際人權組織普遍認為這是中國打擊基督教獨立性的手段。
中國宗教事務局長曾經發表文章，提醒防止宗教被外國勢力控制。強調要堅決抵禦境外敵對勢力利用宗教對華進行滲透。並提出抵禦方法，包括緊密團結愛國宗教界人士和廣大信教群眾；加強依法管理來抵禦滲透，使有害的被攔住，無害的通行。這也體現中共對於宗教活動的認知，仍未脫離「陰謀論」與「反和平演變」的心態，也因此宗教團體絕非獨立於共產黨統治的「化外之民」，而是在黨國體制下被容許活動的「合法信眾」。也因此在「合法」與「非法」清楚界限的管理下，「良知自由」只能屬於「合法」的這一方，「不合法」的一方自然沒有「自由」可言。透過宗教事務觀察胡錦濤「和諧社會」的政策，還是一種「防亂」的心態，一種「統治」而非「治理」的過程。
