馬英九在總統府宣誓就職
星期二早上9點，馬英九在總統府內正式宣誓就職："增進人民福利，保衛國家，無負國民付託，如違誓言，願受國家嚴厲之制裁。謹誓，宣誓人馬英九。"
宣誓完畢，馬英九從立法院長王金平手中接過三個代表國家和總統權力的印璽，也象徵了馬英九正式從陳水扁手中接掌政權，代表陳水扁主政的結束，馬英九時代的來臨。
11點，新任總統馬英九抵達臺北小巨蛋參加就職慶祝典禮，以《人民奮起，臺灣新生》為題，發表就職演說。
*承諾清廉政府*
馬英九總統做就職演說
針對臺灣內部問題，馬英九說，新政府最緊迫的任務，就是帶領臺灣迎接全球化的挑戰。 另外一項重要任務就是導正政治風氣，恢復人民對政府的信賴。他承諾新政府將嚴格要求官員的清廉與效能，防範金權政治的污染。 除此之外，他承諾要遵守憲法，行使憲法，他認為這比修憲更重要。
另外，他也要讓臺灣成為國際社會中受人敬重的成員，將以"尊嚴、自主、務實、靈活"作為處理對外關係與爭取國際空間的指導原則。 馬英九同時表示，上任後要強化和美國的合作關係。
他說："臺灣要強化和美國這一位安全盟友及貿易夥伴的合作關係；我們也要珍惜邦交國的情誼，信守相互的承諾；我們更要與所有理念相通的國家和衷共濟，擴大合作。我們有防衛臺灣安全的決心，將編列合理的國防預算，並採購必要的防衛性武器，以打造一支堅實的國防勁旅。"
*九二共識基礎上恢復兩岸協商*
臺北小巨蛋總統就職慶典現場
在眾所矚目的兩岸關係問題上，馬英九說，追求兩岸和平與維持區域穩定是不變的目標。馬英九並承諾，將以最符合臺灣主流民意的"不統、不獨、不武"的理念，在中華民國憲法架構下，維持臺灣海峽的現狀。馬英九敦促兩岸在九二共識基礎上恢復協商。
他說："我們1992年，兩岸曾經達成‘一中各表'的共識，隨後並完成多次協商，促成兩岸關係順利的發展。英九在此重申，我們今後將繼續在‘九二共識'的基礎上，盡早恢復協商，並秉持4月12日在博鰲論壇中提出的‘正視現實，開創未來；擱置爭議，追求雙贏'，尋求共同利益的平衡點。"
馬英九認為，兩岸走向雙贏的起點，就是經貿往來與文化交流的全面正常化。他說，7月週末包機直航和開放中國大陸居民到臺灣觀光，能讓兩岸關係跨入一個嶄新的時代。
*國際上不被孤立兩岸才能發展*
不過除了經貿問題之外，馬英九也希望兩岸就臺灣國際空間和兩岸和平協議進行協商。
他說："未來我們也將與大陸就臺灣國際空間與兩岸和平協議進行協商。臺灣要安全、要繁榮、更要尊嚴。唯有臺灣在國際上不被孤立，兩岸關係才能夠向前發展。"
馬英九並呼籲，兩岸不論在臺灣海峽或國際社會，都應該和解休兵，並在國際組織及活動中相互協助、彼此尊重。他說，兩岸人民同屬中華民族，本應各盡所能，齊頭併進，而不是惡性競爭、虛耗資源。他相信，兩岸一定可以找到和平共榮之道。
馬英九在就職演說中表示， 兩岸問題最終解決的關鍵不在主權爭議，而在生活方式與核心價值。他說，由衷盼望中國大陸能繼續走向自由、民主與均富的大道，為兩岸關係的長遠和平發展，創造雙贏的歷史條件。
在就職演說中，馬英九也特別提到最近發生的四川大地震。他說，希望救災工作順利，災民安置與災區重建早日完成。
過去，許多觀察人士認為身為外省籍的馬英九可能無法獲得大多數本省人的支持，但是贏得七百多萬選票的馬英九在就職演說表示對臺灣的感念，讓現場一萬多名聽眾十分感動，掌聲打斷他的演說。這個片段也在各大媒體重複播放。
馬英九說："英九雖然不是在臺灣出生，但臺灣是我成長的故鄉，是我親人埋骨的所在。我尤其感念臺灣社會對我這樣一個戰後新移民的包容之義、栽培之恩與擁抱之情。我義無反顧，別無懸念，只有勇往直前，全力以赴！"
臺灣新任總統馬英九在就職演說後，回到總統府和副總統蕭萬長會晤美國、日本、新加坡慶賀團，並和日本慶賀團共進簡單的午餐，之後並和來訪的史瓦濟蘭國王進行會晤。馬英九和蕭萬長下午搭乘高速鐵路前往南部最大城市高雄，參加晚上6點半在高雄漢來飯店舉行的就職國宴。國宴結束後，馬英九與外賓在高雄真愛碼頭觀賞煙火施放，最後參加就職慶祝茶會，預計將在晚上11點多結束上任第一天的各項慶祝活動。
