隨著兩岸交流的日益密切，加上臺灣總統馬英九過去保釣的歷史背景，使得一些日本學者擔心，臺灣在強化與中國互動的同時，臺日關係已經開始降溫。對此，臺灣官員表示，新的兩岸發展不會影響臺日關係。
根據統計，2008年馬英九政府上臺後，日本議員訪問臺灣的人數比去年同期減少百分之40，引起許多人士關注，在兩岸關係不斷升溫的同時，臺灣與日本的關係是否受到影響。
*希望發展兩岸、臺日三贏局面*
日本駐臺代表齋籐正樹
臺灣"亞太和平研究基金會"以及日本"亞洲問題懇談會"星期二聯合舉辦一場座談會，邀請臺日兩地的學者專家展開討論。日本交流協會臺北事務所代表，也就是日本駐臺代表齋籐正樹表示，2008年在全球都出現許多變化，金融危機的爆發，臺灣出現第二次政權轉移，前總統陳水扁因為貪污案被收押。而在兩岸關係上，這個星期開始的大三通更是歷史性的一刻。
齋籐正樹說，日本政府瞭解兩岸關係現在非常順暢，希望日臺關係也能有良好發展："我在今年8月與臺灣總統馬英九會面時，就明確提到日本方面的期待，希望日臺關係以及兩岸關係能夠發展成三贏局面，馬英九也表示贊同。"
日本"亞洲問題懇談會"會長高野邦彥則表示，原本處於持續對立的兩岸關係目前走向全新的和平與緩解，這的確是馬英九政府的施政主軸，但也因此凸顯臺日關係的新課題。因為過去日本普遍認為，國民黨是比較偏向中國的，通過馬英九的政策，臺灣會急速拉近與中國的距離，這讓日本各界感到憂慮。
日本"亞洲問題懇談會"會長高野邦彥
高野邦彥說，雖然馬英九政府多次派高層訪問日本，證明新的兩岸關係不會影響與日本的關係，但是還有一些因素讓日本無法解除憂慮。
高野邦彥說："目前的問題是，中國軍備擴張仍然繼續，而且情況很不明朗，如果中國軍事威脅的問題能夠解決，馬英九的政策才能落實，日本的疑慮也才能解除。如果沒有，恐怕很難打消日方對兩岸發展的疑慮。"
面對日方的疑慮，臺灣海基會董事長江丙坤在致詞時強調，馬英九總統提出"臺日特別夥伴關係"，要繼續和日本維持良好關係，馬英九要做"和平締造者"，希望日本放心。
江丙坤說："從臺灣的經濟發展史上，臺灣有今天是靠日本的資金、技術，在臺灣經濟起飛的階段，扮演了積極重要的角色。今天臺灣要升級，轉型，仍然需要日本的技術、資金，站在臺灣的經濟立場，我們仍然把日本當作最重要的經貿夥伴。"
臺灣海基會董事長江丙坤
不過，江丙坤表示，站在政治的立場，臺灣也要考慮自己的利益，比方說，臺灣希望與其他國家簽訂自由貿易協定，但包括日本與美國都表示，必須考慮中國對此的看法。因此，兩岸之間要正常化，還有很多挑戰，新政府的兩岸政策是先經濟後政治，先易後難。
臺灣亞太和平研究基金會董事長趙春山表示，今年6月，臺灣船隻"聯合號"在釣魚台海域與日本巡邏艇擦撞的事件，加上馬英九過去對釣魚臺採取的強硬立場，使得馬政府的對日關係遭遇空前考驗。
他說："雙方關係雖然經歷波折，但都秉持冷靜和平的處理方針，使傷害減到最低程度，我們認為，通過這次事件的處理，凸顯出臺日雙邊歷史文化以及經濟安全各層面的密切關係。"
趙春山表示，因此推動臺日特別夥伴關係的落實，需要臺日雙邊更多的努力。
