北京清華大學法學院副教授程潔最近在香港的期刊中發表文章表示，在治理香港上，北京當局已經改變「河水不犯井水」的態度，更為注重「一國兩制」政策中的「一國」原則。有教會人士向本臺反映北京當局對香港的控制延伸到宗教層面，曾在禱告會中提"平反六四"的牧師遭打壓，一些與大陸關係良好的牧師不斷在禱告會中強調中國的快速發展及"和諧"氣氛。自由亞洲電臺駐香港特約記者心語報導
香港回歸以來，香港各界乃至國際社會都憂慮北京當局無法遵守五十年不變的承諾，對香港控制將越來越嚴。繼中聯辦研究部部長曹二寶在中共黨內刊物發表文章，表示香港存在兩支管治隊伍，一是特區政府，另一是北京當局駐港部門機構後，北京清華大學法學院副教授程潔最近發表文章表示，在治理香港上，北京當局已經改變「河水不犯井水」的態度，更為注重「一國兩制」政策中的「一國」原則。
曾經參與大陸全國人大常委會制定香港基本法工作的程潔在最新一期英文季刊Hong Kong Journal，主題為「中國是否對香港政治失去耐性」的討論中發表題為"The story of a new policy"文章表示，由於香港政治環境自2003年以後出現的變化，北京已經制定出新的香港政策；這個新的政策有別於以往「河水不犯井水」原則，北京當局變得更積極參與香港的政治發展。此文章發表後，引起香港各政黨憂慮。香港民主黨總幹事陳家偉星期一向本臺表示："基本上北京當局是想慢慢告訴香港人，中央是有這個權的。香港人不斷地看到這個訊息，他們慢慢地接受。"陳家偉表示，他們已就此問題去信給中聯辦，但對方始終沒有答覆。
香港公民黨九龍東主席余冠威也認為："早前關於國家領導人說三權要合作的言論對我們來說是一個比較危險的言論。因為我們香港一直走的是三權分立的路，所以他說要三權合作的話，我們都非常擔心。香港最可貴的地方就是法制，還有就是司法獨立，尤其在兩岸三地來講都是比較好的，如果中央政府真要破壞這個基礎的話，在兩岸三地很難再找到這樣一個優良的傳統。"
香港蘋果日報上星期的一篇社評曾表示，從簽署中英聯合聲明到制訂基本法，整個過程主要是為了確保香港的獨特社會制度得到保持，絕大部分條文都是為了保障河水不會侵犯井水。一旦北京當局及它的駐港官員強勢介入香港事務，他們的強大政治影響力很容易把大陸的做法、大陸的制度搬到香港來，讓香港的制度褪色，令香港變得更像另一個中國城市，失去其獨特性。
身為基督徒的香港前途關心小組召集人林子健告訴本臺記者，外界通常只將注意力集中於政治及新聞自由方面上，然北京當局對香港事務的干預已延伸到宗教範圍，他表示："其實有些牧師也是政協會員，他們的教會本來小小的，也不知道哪裡來的資金投資到他們教會裡搞得很大。然後03年七一以後，他們開始動員比較有名的教會牧師搞一些所謂大型的禱告會。有一個牧師我比較熟的，他曾經在禱告會裡提到為平反六四禱告，從那以後就再沒有人邀請他到教會的禱告會去禱告。"
林子健說，近來許多牧師都在禱告會中強調中國發展以及其社會的 "和諧"氣氛。
