黃大仙祠旁隱藏了一座逾600年歷史的明代林氏古墓，但由於政府不重視古墓的歷史價值，將古墓交給毗鄰嗇色園黃大仙祠協助管理。在沒有周詳的規畫下，古墓被公廁抽氣扇抽出的臭氣籠罩，墓旁成為儲雜物間，木牌也被撬毀，後人擔心古墓會遭受破壞，正展開"拯救工作"，已向古物古蹟辦事處申請評估，希望由政府直接管理及開放予公眾參觀。
鮮為人知的古墓，位於黃大仙祠牌樓左方，筑有以紅磚搭建而成的圍牆，牆上鋪青瓦，中央建一座偌大的古墳，有逾600年歷史，乃明朝林氏古墓所在地。
據林氏族譜記載，該兩個林氏古墓可追溯至明朝。相傳是天後娘娘林默娘後人的林氏族人林長勝，在宋代末因經商由福建莆田經水路到香港定居，其後人於明朝遷徙至竹園一帶，死後在此安葬。
古墓土地範圍屬官地，該地段連同黃大仙祠於1956年由華人廟宇委員會經由東華三院委託嗇色園管理，平日不開放，只供林氏後人參拜。林氏後人與嗇色園就古墓的管理問題，近年掀多次爭拗。
林氏宗族第22代傳人林國強稱，主要有三大不滿。首先，黃大仙祠進行擴建工程期間，未獲得林氏宗族允許下，便將古墓範圍當作雜物房，除了將木板擺放在古墓的後方位置外，更將混凝土、膠水桶也堆放在古墓範圍，並搭建一間小屋，由後人掛上的古墓歷史介紹牌更被撬毀，且不翼而飛。
第二，古墓旁突然多了一座計畫放置大電視的鐵架，林氣憤地說："古墓是先人棲身之所，不應該對著電視。"第三是古墓範圍貼近公廁，約十年前，嗇色園在古墓後方建公廁，公廁排氣位則對準古墓，不時傳出臭味。
就林氏後人與嗇色園在管理古墓上的爭拗，嗇色園發言人只強調該園不時與林氏後人聯絡，跟進其拜祭安排。協助雙方處理古墓糾紛的黃大仙區議員林文輝表示，林氏後人與嗇色園就管理古墓問題上，多年來均存有爭拗，後人建議將管理權交還政府。古物古蹟辦事處承認已接獲林氏後人的申請，需商討後再決定。
