南水北調東線和中線工程一期工程的移民征地計畫，涉及搬遷人口約44萬人；在一期工程2014年結束之前，每年需搬遷的人口為10多萬人。
美國托萊多大學榮譽退休教授冉伯恭表示，說服這麼多人離開世代生活的家園是一大挑戰： "三峽大壩遷移了100多萬人，那個已經很困難了。三峽大壩的總預算幾乎一半的錢是用來安置移民。當時中國的政治情形不一樣，那時候老百姓對政府挑戰的興趣不高，政府說什麼，政府說了算。現在雖然政府說了算。但是中國總的政治氣氛比較鬆動。你看大家都知道每年上千上萬的人在各地遊行，總有人遊行示威，甚至打砸地方政府。這種情形跟過去的整個氣氛就不一樣了。老百姓對政府服從性比較差了。再加上賠償問題，賠償財產問題和種種問題。我覺得錢還是一個次要的問題。中國現在為幾十萬人花錢，那是個次要的問題。主要是很多老百姓不跟政府合作。當然，最後還是會搬的，我的看法就是最後這些人雖然抵抗，雖然抗議，但還是會搬走。因為政府已經下了決心一定要南水北調。"
冉教授說，中國是一個總體上缺水的國家，抽引地下水不是長久之計，而"東水西調"構想的可行性尚有待進一步論證： "中國整個的構架確實是這個構架，我看還不只是北方地區，我想華中還有很多地方，大部分地區都有缺水。現在中國一直在做很多其他的事情，再說中國大量抽地下水。這個地下水也有限度的。有人說可以把海水淡化，再加上東水西掉，把海水淡化以後調到西邊去怎麼樣呢？理論上說可以這樣做，但成本太高。還有中國的地勢問題，中國大家都知道是西方高，東方低，要送東水到西調，那不是那麼簡單。"
冉教授說，中國政府決定搞南水北調看來是對頭的，但是工程極為浩大，尤其是西線工程將會十分艱難：
"北方缺水，這個問題是非解決不可。我想南水北調工程我認為是一個正確的一個政策。但是項目太大了。我想逐漸逐漸兩條路線，最近的將來可以做成。但是西北邊的工程困難更大。當然西北一樣也需要，西北也更缺乏水。"
中山大學教授梁必騏表示，現在要解決北方缺水問題好像別無他策： "現在就是要解決北方的用水問題看來現在還是比較困難的問題。不是那麼容易解決的。現想不出什麼好辦法來。"
不過，梁教授對南水北調工程帶來的生態等問題深表關切： "實際上這個南水北調的問題呢，在50年代就已經提出來了。地理方面我知道很多我們一些老專家，比我還老的一些專家已經去世了。他們也參加過考察，參加考察的結果呢幾乎是百分之百地不同意。搞生態的、搞地理的、搞環境的可能很多都在反對，因為它這個可能對生態的破壞肯定是比較厲害的。"
梁教授說，眼下南水北調尚且可行，但是如果有朝一日青藏高原水源枯竭，長江就無水可調了，而這個顧慮並不是杞人憂天： "現在這個問題我覺得不僅僅是移民的問題了。現在不都在講嘛，喜馬拉雅山現在冰雪融化，氣候變暖，冰雪融化。它這個冰雪融化現在可能容易造成大封條。可能以後冰雪真的融化了，你不要說黃河了，以後長江的水也都成問題了。當然現在很多人都在談，印度的恆河以後要乾枯呀什麼什麼的。你長江的水也是從那邊來的呀。這個也是個問題呀。我就不知道這些人有沒有常常考慮這些問題。"
據法新社報導，中線工程原定於2010年向北京調水，現在推遲到2014年，主要是因為移民問題一時難以解決。
