7月30日，中國國務院五部委（民政部、發改委、監察部、財政部、審計署）聯合下發《青海玉樹地震抗震救災捐贈資金管理使用實施辦法》（下稱《辦法》）。
該辦法要求，各捐贈接收機構將捐贈資金全部撥付到青海省，連同青海省接收的捐贈資金，統一納入災後恢復重建規劃，由青海省統籌安排用於恢復重建。
此前一天，審計署發布的《關於玉樹地震抗震救災資金物資跟蹤審計結果》顯示，截至7月9日，全國共接收捐贈款物106.57億元人民幣（其中資金 98.11億元，物資折款8.46億元），除去已用於應急搶險的8.14億元，結存98.43億元。
五部委頒布的《辦法》規定，對捐贈人有指定用途的「定向資金」，「將尊重捐贈人意願，優先安排捐贈人定向重建項目」。
對「確實無法落實」或官方認為「確需調整的」定向捐贈資金，由青海省政府提出「調整意見」，反饋捐贈接收機構，經捐贈人同意後，再調整使用。
引發爭議的是其對一般民眾捐贈的並未指定特定用途的「非定向資金」，根據此次官方的《辦法》，將由青海省政府，依據「依據《玉樹地震災後恢復重建總體規劃》和相關專項規劃及包干方案統籌安排使用」。
這就意味著，各捐贈接收機構的捐贈資金需全部撥付青海省；項目的組織實施也由青海省統一負責。
而募集這些善款的基金會，將僅只能為「向青海省提供捐贈資金總規模、定向資金規模及定向項目清單、非定向捐贈資金使用建議」。
根據「財新網」的報導，此前，相關部委對玉樹地震災後重建、捐贈資金運用等問題上，均對中國紅十字會總會及中華慈善總會等募捐機構的自主運用捐款的權利留有空間，
例如，國務院抗震救災總指揮部在4月30日下發的《青海玉樹地震抗震救災捐贈資金使用管理監督辦法》中規定，15家全國性社會組織和公募基金會則可與政府部門協商溝通，按照災區恢復重建規劃「認領」重建項目。
根據報導，由於青海省政府方面認為資金過於分散，不利於統籌使用，堅持要求統一歸口。幾經博弈，最終促成了《實施辦法》的出臺。
兩年前四川汶川大地震後，經審計，在760億元民間善款中，有80%以上的捐贈或者直接捐給了政府部門，或者通過少數慈善機構進入政府部門，形成了 「民間組織購買政府服務」的格局。
但即便如此，中國紅十字總會、中華慈善總會和全國性公募基金會所接受的社會捐贈資金仍可由這些民間組織自行安排使用。這筆資金大約有74.11億元，佔到整個救災捐贈的11.36%。
此「辦法」一經頒布，引發了巨大爭議，反對者認為，政府此舉，完全無視各公募基金會的章程以及獨立運營地位，對公民社會的發展完全不信任，「基金會都解散算了。」
甚至有激烈反對者稱，「中國慈善死了。」
