長江被稱作中國生物多樣性基因庫。但隨著生態破壞、通航壓力、三峽水庫等人類活動帶來的影響日益增多，水生生物的種類和種群正在急劇減少，其中人類最後一次見到白鰭豚是在2002年。而最新的長江生態考察數據表明，如果不採取相關的保護措施，長江江豚也將步白鰭豚的後塵。香港大學水生生態學家戴維·達吉恩認為，這些頂級食肉動物的滅絕，將是長江生態系統崩潰的先兆。國際權威學術期刊《科學》（Science）雜誌在新一期「一週新聞」欄目中再次撰文呼籲長江休漁十年保護生態。
2007年在長沙舉辦的第二屆長江論壇發布《長江保護與發展報告》令人驚心：長江水生生物多樣性喪失嚴重，已有20多種魚類被列入中國瀕危動物紅皮書，主要經濟魚類趨於低齡化、小型化，種群數量急劇減少。而長江曾被譽為「魚類基因寶庫」有魚類378種，其中我國特有魚類162種；長江江豚的情況不容樂觀，據WWF提供的資料顯示1993年長江至少還有2700頭江豚，15年後其種群數量已下降了近一半，至今約有1400-1800頭，有明顯減少的趨勢。
世界自然基金會提供的資料顯示，1993年，長江至少還有2700頭江豚，15年來它的種群數量已下降了近一半，如今約有1400-1800頭（截止到2006年的統計數據）。
20多年前，人們經常可以看到十餘頭江豚相伴而行揚起陣陣浪花。如今，這種現象已極為罕見。科學家們初步估計，目前長江江豚的種群數量約為 1200-1400頭，比15年前少了一半。1997年11月一個由300多人、52艘船隻組成的考察團連續7天漂浮在長約1700公里的長江干支流和兩大湖泊，只發現13頭白鰭豚。2006年時7個國家的鯨類學家，攜帶高倍望遠鏡和先進的聲信號監測系統，從武漢出發，上溯至宜昌，再從宜昌直下上海吳淞口，最後折回武漢，歷時38天，往返行程約3400公里，沒有發現一頭白鰭豚的身影。而現在江豚也面臨幾乎同樣的境地。如果長江不能支撐白鰭豚和江豚的生存，也許要不了多久，它最終也不能支撐同為哺乳類的人類的生存。
江豚是一種小型的齒鯨類哺乳動物，在亞洲沿海地區有比較廣泛的分布，包括兩個海洋亞種和一個淡水亞種，而長江江豚則是全球唯一的淡水亞種，在地球上生存的時間比白暨豚還要早。世界自然基金會提供的資料顯示，1993年，長江至少還有2700頭江豚，15年來它的種群數量已下降了近一半，如今約有 1400-1800頭（截止到2006年的統計數據），相當於1991年其種群數量的一半，其中有150-200頭江豚分布在洞庭湖區。專家認為再不加強保護，長江江豚滅絕的時間會大大提前。
長江江豚數量的減少，根本的原因就是人類的活動，這也是整個長江流域生態破壞的罪魁禍首，大量的污水直排長江、採砂船密佈江面、黃金水道的航運壓力、興建各種水利工程、重工業在長江沿岸密集、濫捕濫撈……這些都導致了長江江豚逐漸喪失它們曾經生活的樂園，最終走向消亡，就像此前的白鰭豚以及很多珍稀魚類的滅亡過程一樣。
長江干流存在岸邊污染帶累計長達600多公里，90%以上的湖泊呈不同程度的富營養化。谷歌地球顯示大量污水直接排入長江。
三峽多種水利工程的建設，破壞了生物多樣性，切斷了多種魚類產卵繁殖的路徑。
長江上的採砂船影響江豚定位和攝食。
長江航道擁擠，每天過往船隻影響江豚等生物生活。
工業污水直排長江，污染事故頻發
白鰭豚的滅亡、江豚的銳減與長江水質污染有直接關係。2006年8月第二屆長江論壇上，一份長江「體檢」報告出爐。《報告》指出，長江面臨水資源、水災害、水環境和水生態四大問題以及流域資源環境與經濟協調發展問題的困擾——沿江的重工業所佔比重由1990年的47%增加到2005年的63%。
2000-2005年五年間，流域廢水、廢氣和固體廢棄物的排放量分別增長了136%、85%和49%；2005年流域「三廢」排放量佔全國比重已分別達到42%、30%和27%，環境負載遠遠高於全國平均水平，導致環境質量嚴重惡化；2004年長江水系中Ⅳ∼Ⅴ類和劣Ⅴ類水質的斷面比例已達 18.3%和9.6%，全流域均成酸雨頻發區，南方二氧化硫(SO2)濃度最高的城市中有1/3以上集中在長江沿江地區。另據《報告》，長江干流存在岸邊污染帶累計長達600多公里，90%以上的湖泊呈不同程度的富營養化。大量污水未經處理直接排入長江，2005年這個數字近300億噸。2004年2月沱江上游的四川化工集團違法排放高濃度氨氮廢水，導致大量魚類死亡；幾個月後又一場污染事故導致大渡河大範圍魚類死亡絕跡，並毒死了重達30公斤的罕見胭脂魚。曾有專家說，長江沿岸的城市都在學上海，把好水取走，把污水排進長江。現在的長江就像裝滿了一顆顆定時炸彈的雷區。
三峽流域的水利建設是威脅魚類生存另一個重要原因。三峽大壩對泄洪和發電的貢獻有目共睹，但是它的存在客觀上的確導致了長江生態系統的破壞。水利部科技司前司長、全球水夥伴組織中國區主席董哲仁曾發表文章反思大壩對生態的破壞，他曾在長江論壇上直言不諱地批評長江上游水電開發無序，「對生態保護是在敷衍，沒有考慮到要把一個生態多樣性的長江留給子孫後代」。他舉了更為直接的一個例子，1965年他前往岷江支流做畢業論文設計，那裡剛建成一個引水式水電站，生態還處於原始狀態。但2001年當他再次來到這裡，看到的情況已面目全非：河水被水電站引走，十多公里斷流，植被消亡岩石裸露。據統計目前長江流域已建成水庫4.57萬座，加上在建的大中型水庫，總庫容將超過2113億立方米；已建和在建的水電站在2001年底達2441座。有調查顯示，每年 5-8月，當長江水溫升高到18℃以上，如恰逢發生洪水時，長江的「四大家魚」(青魚、草魚、鰱魚和鱅魚)便會集中在重慶至江西彭澤的38處產卵場進行繁殖，產卵往往在漲水第一天開始，在江水不再上漲或漲幅很小時終止。三峽水庫的建成，淹沒了十幾個這樣的產卵場，並且使大壩下游的家魚產卵期推遲了20天。長江三種鱘類的命運就是見證：達氏鱘處於極危狀態，白鱘被逼到了滅絕邊緣，而中華鱘作為一種大範圍遷徙的物種，從海洋進入長江，上溯3000多公里來到金沙江產卵的通道被葛洲壩水利工程截斷。
人類活動對江豚的生活存在著嚴重的威脅。十幾年前，鄱陽湖裡的江豚有著這樣的生活規律：早上從湖裡出發，暢遊30-50公里後進入長江干流，當夜幕降臨的時候，它們又回到湖中棲息。現在這種規律早沒有了，專家分析認為人類採砂是主要原因。人類採砂的破壞性非常大，美國海洋與大氣管理局的一名知名鯨類專家在看過鄱陽湖水面上近千艘千噸位的挖沙船後驚呼這是她一生中見到的最為嚴重的人為生態災難。
而長江「黃金水道」中的船隻之多令人瞠目，在一次對白鰭豚的考察中研究者發現，白天從宜昌道上海的單程路線上，共有19830艘交通船和 1175只捕魚船，平均每公里有12艘船隻。航行船舶產生的水下雜訊會明顯干擾依靠聲吶定位和攝食的長江豚類，不僅如此，它們還面臨更直接的危險。曾有專家出示了一張白鰭豚的照片：它的整個頭部被船隻的螺旋槳切掉。媒體過去多次報導過長江豚類和中華鱘死亡事故，被證實大多遭螺旋槳打傷致死。最慘的是一次清理航道，爆炸奪去了4頭白鰭豚的生命,其中有兩頭懷孕在身。除此之外，人類的一些活動也會無意間導致江豚等珍稀魚類的死亡，據世界自然基金會提供的資料，2004年湖南省岳陽市為迎接全國血吸蟲病防治工作會議的召開，在洞庭湖區投放了約5000噸殺釘螺藥劑，導致一個月內死亡6頭江豚。
長江水域面積佔全國淡水面積的50%，因此是非常重要的漁業產區，但利益驅動一些經濟魚類資源已經枯竭，近幾年的漁業捕撈量已經明顯下降。例如中華絨鰲蟹在1986年的捕撈量是324噸，2001年產量不足1986年的1/20,。長江漁業資源管理委員會副主任委員張秋華曾對媒體說當初長江漁業資源管理委員會的成立，目的是保護兩種經濟魚類：鰣魚和中華絨鰲蟹，但是「長漁委存在下來了，所管的這兩個物種卻消失了」。
研究人員希望盡最後的努力來拯救長江的生態系統，同時防止進一步的動物滅絕。中國科學院水生生物研究所正與三峽大壩總公司合作，在三峽大壩的水庫中建立一個保護區；並且湖北省洪湖市長江新螺段國家級白鰭豚保護區打算開展一個江豚易地保護計畫。同時，具有影響力的研究人員正在呼籲在長江整個河段實行長期的禁漁期。
2007年6月2日中科院水生所成功繁育出一隻小江豚，該所共飼養江豚11年為保護江豚做出貢獻。
若干補救措施可能能夠防止長江江豚重複白鰭豚相同的命運。首先，建立更多的保護區可能有所幫助。目前中國已經建立6個江豚保護區，其中包括洞庭湖市級自然保護區，長江江豚在天鵝洲保護區迅速地進行了繁殖：2008年，那裡所有的五隻成熟雌性江豚都產下了幼崽。但是狹小的保護區可能成為危險之地。2008年初天鵝洲保護區的大部分湖面史無前例地冰凍了兩天以上，使得五隻江豚幾近窒息，其中包括三隻懷孕的雌性江豚。「如果湖面的冰凍持續得更久一點的話，所有的江豚都將死去，」水生生物研究所的郝玉江說。食物供應是另一個經常性的擔憂。天鵝洲保護區位於三峽大壩以東250公里的位置。在2003年以前，當三峽大壩背面的水庫開始蓄水時，整個雨季天鵝洲的牛軛湖與長江之間的連通能從五月份維持到十月份。但如今天鵝洲與長江之間的流通僅在最多雨的六月份和七月份才會出現。這種過於短暫的流通抑制了魚類產卵，研究人員必須在天鵝洲保護區儲備足夠的魚，以餵養長江江豚。
長江江豚的主要威脅是過度捕撈，過度捕撈減少了江豚的食物供應；沿江非法懸掛漁網使得水生哺乳動物被誘捕。上世紀50年代以來，長江的魚類資源已經開始驟降，這可能限制了江豚的復甦。江豚生存的關鍵可能是綜合性的休漁期（覆蓋所有魚類）。去年九月在重慶舉行的一次專題研討會上，中國最受人尊敬的魚類專家之一、水生生物研究所的曹文宣，呼籲在長江整個河段實行為期10年的禁漁令。權威專家們認為這是可行的，因為每年從長江捕撈的10萬噸魚其實不到中國淡水生產的1%，其中包括水產養殖業。
如中外專家學者所言，長江江豚數量之銳減反映出整個長江生態系統的嚴重失衡，因此保護區措施和長江整河段的禁漁是拯救長江江豚的不二選擇。當然在自然生態與當前利益的角力中，人類是否會選擇可持續的發展策略，不但需要專家學者的發聲呼籲，更需要當地權力部門真正執行起對長江漁業的保護重任。不要讓亞馬孫江豚失去它在地球的最後同類，也不要讓長江江豚成為以後子孫後代詞典裡的動物之一；長江生態的拯救，事關每個中國人。
