前學運領袖王丹及吾爾開希被拒入境悼念司徒華後，香港政府又突然改變初衷，拒絕派出官員出席告別華叔的安息禮拜，僅願意派官員出席公祭。消息指港府主要是迴避週六安息禮拜中，教堂響起喻意「平反六四」的鐘聲。支聯會成員批評，特區政府揣摩北京的意旨，自我審查「降格」對待司徒華的喪禮，再次顯示「一國兩制」蕩然無存。但有建制派議員認為，政府的決定是經過多方面考慮。
1月28日，香港人為司徒華追思會進行準備。（法新社圖片）
支聯會副主席何俊仁，對於政府違背承諾週六不會派官員出席安息禮拜，只出席同日舉行的團體公祭，感到非常失望。
香港傳媒引述消息指，由於教堂舉行安息禮拜時，將響起「六長四短」鐘聲，以表達司徒華對平反六四的堅持，政府得悉有關安排後，為免與平反六四訊息拉上任何關係，因此決定不派官員出席安息禮拜遺體告別儀式。
對此，何俊仁批評，官員若因此而缺席司徒華的安息禮拜，顯示了港府對待華叔的哀悼缺乏誠意。他相信是北京禁止王丹及吾爾開希來港，特區政府有感中央仍是強烈打壓一切有關平反六四活動，所以自行「降格」以配合中央。他說：「他們很明顯是退縮，會退縮是因為中央的打壓，香港官員看到就即刻退縮，將參與席降至最低，很明顯是降格的行徑。但不緊要，相信華叔也沒有期望他們會有多大的參與。」
何俊仁表示，治喪委員會早前去函特首辦，發出十張司徒華安息禮拜邀請卡，邀請政府官員出席週六司徒華遺體告別儀式，當時政府向治喪委員會回覆，就安排那位官員出席要進行商討。
特首辦透過政府新聞處回應指，行政長官曾蔭權以及數名政府官員，將會出席司徒華的團體公祭儀式，而不應邀出席同日的安息禮拜。發言人認為，教育局局長孫明揚以及部分教育局官員，週五晚會出席追思會 ， 而週六行政長官曾蔭權將率領六名政府官員，包括特首辦主任譚志源、民政事務局常任秘書長楊立門、民政事務局副局長許曉暉、食物及衞生局副局長梁卓偉等出席團體公祭，認為兩日的悼念活動已有官員出席，安排合適 。
對於特區政府突然拒絕出席安息禮拜，治喪委員會召集人朱耀明牧師接受傳媒訪問時表示，司徒華的喪禮不應與政治扯上關係。他說：「他在立法會上有十多年的貢獻，我相信大家對前輩都有很深的感受，所以我真的不明白，為何官員突然全部都不出席。」
有傳聞因王丹未能出席司徒華悼念活動，所以喪禮上會放置空凳，朱耀明說安息禮拜主要為悼念司徒華，故不適宜有此特別安排。有報導指吾爾開希會試圖闖關入境香港出席喪禮，身在臺灣的吾爾開希已向當地傳媒否認。
身兼港區人大代表的民建聯副主席葉國謙議員接受本臺訪問時表示，香港特區政府決定派人出席司徒華追思會及公祭的決定，相信已作出多方面的平衡。他說：「很難說是否恰當，但我相信所有人出席司徒華先生的追悼會已作出一定考慮，當中也包括政府自己本身。」
司徒華的追思會及安息禮拜於週五擧，而週六的安息禮拜會在尖沙嘴聖安德列堂舉行。當中包括三個環節，分別是公眾弔唁、團體公祭以及安息禮拜。於安息禮拜環節中，司徒華的靈柩會在教堂的六長四短鐘聲引領下進入教堂，象徵毋忘六四。儀式結束後，靈柩遺體將運送到歌連臣角火葬場進行火化。
