以下敘述的事件和其他事件相比更是這一節標題中所說的「暴政」。公元前213年在皇宮的一次盛宴上，許多博士敬祝秦皇長壽。其中一人更頌揚他給天下帶來安寧，尤其是變原來的列國為郡縣。這引起另一士子，齊（儒家的傳統的中心）人淳於越的反駁。他爭辯說，商周兩朝之所以能長治久安，其因在於「殷周之王⋯⋯封子弟功臣⋯⋯今陛下有海內，而子弟為匹夫⋯⋯事不師古而能長久者，非所聞也⋯⋯」對此，李斯有力地反駁道：「五帝不相復，三代〔夏、商、周〕不相襲，各以治，非其相反，時變異也⋯⋯固非愚儒所知⋯⋯今天下已定，法令出一⋯⋯今諸生不師今而學古，以非當世，惑亂黔首⋯⋯如此弗禁，則主勢降乎上，黨與成乎下。禁之便。」李斯於是建議應焚燬秘閣中的一切記載；《詩經》、《書經》和諸子百家的著作，除了博士官保存的以外，都應交郡守燒掉；膽敢互相討論《詩經》或《書經》的人應予處決，並曝屍於眾；「以古非今」者與其親屬一起處死；凡官員對違反這些規定的人知情或見情不報者，與違反者同罪；凡頒布命令後30天內未焚書的人應黥面和遣送強制服勞役。李斯還提出，醫藥、卜筮和種樹之書應免於銷毀。司馬遷在其記述的最後寫道：「制曰：可」。
李斯的提議是法家極權思想的必然的集中表現。在中國歷史上，這次焚書決不是有意識銷毀文獻的唯一的一次，但它是最臭名昭著的。在特別注意銷毀的書中，根據法家的觀點，分別稱之為《詩經》和《書經》的古代詩集及古代歷史言論和著作文集更應取締，因為它們常被那些想以古非今的儒家和其他學派的思想家所援引。秦以外的列國歷史當然是危險的，因為它們提供了秦國官方有關歷史的敘述之外的其他可能的選擇。很顯然，諸子百家的著作常常是與法家的原則背道而馳的。
在另一方面，應該指出，焚書決沒有全部銷毀的意圖。除了李斯奏議的最後一句明確表示免予銷毀的幾類文獻外，秦的歷史記載也不在銷毀之列。這一點很重要，因為可以假定，它意味著司馬遷在撰寫秦國的一卷時，所掌握的材料比用來論述其他國家的材料更充分。但是即使如此，他在卷十五中還抱怨說：「獨有秦記，又不載日月，其文略不具。」也許最重要的規定是准許博士官保存《詩經》、《書經》和諸家哲學著作的副本；很明顯，李斯只是反對士子們普遍地擁有和討論這些經籍和著作。簡而言之，焚書所引起的實際損失，可能沒有像歷來想像的那樣嚴重。雖然取締直到公元前191年漢代時才撤消，但它的實施不大可能超過五年，即從公元前213年頒布禁令至前208年（當時秦帝國正搖搖欲墜）李斯死亡的這段時期。甚至可以設想，焚書對文獻的損害不如公元前206年造成的損害，當時造反者焚燬了咸陽的秦的宮殿（見下文）。基督降生前後漢代存在的秘府書目列出了677種著作，其中不到524種，即77％，現在已不復存在。
這個事實說明，漢以後的幾個世紀，特別在印刷術流行前，文獻損壞所造成的總的損失，也許甚至大於秦代的焚書。因此，可以想像，即使沒有焚書之事發生，傳下的周代的殘簡也不可能大大多於現在實際存在的數量。但是，焚書無疑具有深刻的心理影響。它使後世的文人對秦帝國產生了持久的反感，儘管這一事實並沒有阻止住中華帝國後來偶爾發生取締書籍的事。它又促使漢代文人大力尋找和恢復佚失的文獻。因此，如果焚書產生了實際影響的話，這個影響就是加強了李斯所極力反對的那種向古看而不著眼於今的傾向。
第二個大「暴政」，即坑儒，見於焚書的次年，即前212年的記載。來自東部濱海的術士盧生力促秦始皇避開眾人；術士聲稱，這樣就可能發現長生不老的靈藥。秦始皇因此命令在咸陽周圍200里的270座宮殿中設旗、鐘和鼓，並充實美女，還把這些宮殿用有牆或遮蔽的路連接起來。當他駕臨其中任何一座宮殿時，透露他行蹤的任何人將被處死。一次他從山頂俯瞰時，見到丞相（李斯）有眾多的車輛和騎手，深為不快。有人將此事告訴丞相，後者因此就減少了他的扈從。始皇帝因瞭解到他身旁有一告密者而大怒。無人承認有罪，於是他把當時隨侍他的人全部逮捕和處死。從這時起，無人知道皇帝的行蹤。
盧生與另一個術士交談時，指責「始皇為人，天性剛戾自用⋯⋯貪於權勢至如此」。在這次謾罵後，他們逃之夭夭。秦始皇大怒，下令調查與兩個術士有往來的文人。這些人互相指責。秦始皇於是親自挑出460名觸犯禁令的人，把他們全部處死。皇帝的長子批評了這一行動，便被派往北方，在蒙恬的軍事和筑城活動方面對蒙恬進行監督。在描述處死460名文人時使用了意為「活埋」的「坑」字，這一傳說由於傳統的對「坑」字的理解就更令人厭惡了。
儘管意見紛紜，此字的真正的意義可能是處死，而不是埋葬（不論是死埋還是活埋）。長期以來對這個傳說毫不懷疑的接受，在很大程度上助長了傳統上對秦始皇的恐懼。可是客觀的考察表明，有充分的根據把它看作虛構（頗為聳人聽聞的虛構）的資料，而不是歷史。總之，似乎可以合理地斷定，在司馬遷用來撰寫《史記》卷六的秦原始記載中並無坑儒之說。他或者是從其他半杜撰的史料中取此說，並不加說明地把它與《史記》的主要史料（秦的編年史）結合起來，或者更可能的是，司馬遷死後一個不知其名的竄改者有目的地把它加進了《史記》。不論是何種情況，這個傳說直到現在仍保持著它的惹人注目的影響。在20世紀70年代最初幾年，它的是非甚至來了個顛倒，以致把秦始皇描繪成一個「進步人物」。
