宋教仁橫遭暗殺，新生的民國波瀾迭起，孫中山選擇武力解決之途，迅速被袁世凱的優勢武力擊敗，民國締造者孫、黃等再度踏上流亡之路，章太炎則被軟禁在北京，這位「以大勛章作扇墜，臨總統府之門，大詬袁世凱的包藏禍心者」，與湯國梨新婚未久，在將近三年的幽禁之中，他們南北隔絕，只能書信往還。但是那些經過檢查發出的信中仍有刺有骨，並非只有家長裡短、兒女情致。比如1913年10月25日，章太炎在信中稱袁世凱為「袁棍」。同年11月4日，他在信中感慨袁還不如曹操，自己欲做禰衡而不得：「觀其所為，實非姦雄氣象，乃腐敗官僚之魁首耳。嗚呼，苟遇曹孟德，雖為禰衡亦何不願，奈其人無孟德之能力何！奈其人無孟德之價值何！夫復何言。」這樣的信僥倖通過檢查，予以放行。
當時的報紙，對於章太炎在南北紛爭、大動干戈之際突然北上，曾有過種種的議論和揣測，對此，他曾在給夫人的家書中說：「報章蜚語，不必深辯，從前報分數黨，尚有價值，今則悉是政府機關，又何足校？此等但以天師符觀之可也。」民國初創，《臨時憲法》確立的言論自由、出版自由原則給新聞界帶來了希望，章太炎們幾篇文章、聲明就可以迫使南京臨時政府收回「暫行報律」。僅僅1912年就出現了一個辦報的浪潮，報紙多達500種。然而從袁上臺到他死去的四年間，至少有71家報紙被封，49家受到傳訊，9家被搗毀。60個新聞記者被捕，至少24人被殺，1913年起報紙的總數迅速從500家凋零到130家。這些數據與章太炎的說法相互印證，可以看出袁世凱時代新聞自由的大致情況。
在袁世凱當政之初，新聞界還是有自由的空氣，1912年12月12日在北京出版的《少年中國週刊》上，名記者黃遠生發表的《少年中國之自白》中對袁世凱做過這樣的評論：「大抵袁總統之為人，並非不可與為善之人，然自其受政以來，則善日少而惡日多者……」，他承認袁自有其長處，之所以「為善日少而惡日多」，「一由智識之不能與新社會相接，一由於公心太少，而自扶植勢力之意太多，綜言之，則新智識與道德之不備而已。故不能利用其長於極善之域，而反以濟惡。」
此前，他在12月4日發表的《遁甲術專門之袁總統》文中說：「其實雄才大略之袁公，四通八達，綽綽乎游刃有餘，受任未及期年，而大權一一在握。約法上之所為種種限制之不足以羈勒袁公，猶之吾國小說家所言習遁甲術者。……吾人雖可斬頭瀝血，以證明大總統實無要做皇帝之心。」（此時離袁稱帝尚遠）此後12月19日發表的《個人勢力與國家權力之別》中直言：「袁總統者能扶植個人之勢力而不能執行國家之權力也。」
等到袁的權力越來越集中，新聞界的自由空間也就越來越狹小。所以，到1915年11月，黃遠生在《東方雜誌》發表《懺悔錄》時，感慨當時的新聞自由甚至遠比不上前清之時。
當然，這並不意味著那個時代，袁世凱就能一手遮天，讓人真心實意對他俯首帖耳。世人皆知，以《天演論》等譯作影響過一個時代的翻譯家嚴復列名臭名昭著的「籌安六君子」之一，他私下對人說過，自己確實贊成君主立憲，列名「籌安會」則是楊度擅為，對於袁世凱他更是有自己的看法。從他1915年寫給熊純如的私人信件中，我們可以看到，他眼裡的袁雖是「一時之傑」，充其量也不過是一個「舊日帝制時才督撫耳」，要面對新的世界潮流，應付列強的挑戰，他認為袁「太乏科哲學識，太無世界眼光，又過欲以人從己，不欲以己從人」。多年後這封信發表在《學衡》雜誌上。儘管，嚴復的信只是當時私下的看法，袁不知道，世人當時也不知道。但是梁啟超等人對袁世凱的批評則是公開發表在報刊上的。
章太炎眼中不如曹操的「袁棍」，嚴複眼中一個無科哲學識、無世界眼光的舊督撫，梁啟超眼中一個「中世史暗黑時代東方式之怪魔的人物」，這是同時代人近距離看到的一個逼近真實的袁世凱，無論袁如何掌控輿論、查封報紙，都不能將這些或私下或公開的不和諧音消除，這不僅是袁世凱的無奈，而是權力的無奈，畢竟權力之外還有公道，權力之外還有歷史。
