在臺灣，馬英九總統日前提出未來十年內，規劃簽署兩岸和平協議的競選政見，引發臺灣政壇熱烈討論。週四，馬英九進一步主張，與對岸協商和平協議前，必定會經過公民投票程序，通過公投才會展開協商。
馬英九週一在一場新聞發布會上，拋出在未來十年內，推動兩岸簽署和平協議的主張。雖然當時附帶了「國家需要」、「民意支持」與「國會監督」三項前提，但仍然被民進黨及綠營人士批評為「統一時間表」。
週四清早，馬英九親自在總統府主持臨時新聞發布會，對於和平協議，明確加上「經過公民投票」的程序。馬英九說，如果未來要推動「兩岸和平協議」，一定會先交付人民公投，公投未過，就不會推動簽署「兩岸和平協議」；另外，倘若早先提出的三項前提，其中任何一項不具備，也不會簽署。這代表了政府堅定但審慎的態度。
比起本週一的說法，馬英九週四的記者會，明確加入了公民投票的機制。馬英九也反覆強調，「十年」不是非簽不可的時間表，而是強調十年之內，不能迴避和平協議的問題，必須開始思考、規劃。
記者會上，本臺記者問道，在二○○五年連戰和胡錦濤共同發表的新聞公報中，簽署和平協議必須有「九二共識」和「反台獨」兩項前提，臺灣未來推動的和平協議，也要建立在這兩個前提上嗎？
對此，馬英九回答，兩岸關係推動的非常重要原則，就是在中華民國憲法架構下，維持不統、不獨、不武的現狀，在九二共識基礎上推動兩岸和平發展。臺灣是在這樣基礎上和大陸探討洽簽和平協議問題，如大陸方面無法接受，代表兩岸還沒有高度互信，「那就再說吧！」
馬英九在大選不到九十天時，拋出「兩岸洽簽和平協議」的主張，引發綠營一片批判。蔡英文以民進黨主席身份發表正式聲明，強調和平協議有「四個危險」。民進黨認為，馬英九在此時，拋出未經深思熟慮的兩岸和平協議，將使臺灣人民面臨「犧牲臺灣主權」、「改變台海現狀」、「危及民主價值」和「破壞戰略縱深」等四個危險。
蔡英文說，民進黨主張，兩岸可以在不設政治前提下，進行政治對話，增加彼此的瞭解。但對於涉及國家定位的兩岸政治協商，應該以「堅持主權、堅持民主、堅持和平」為前提。
此外，在馬英九宣示將「通過公民投票」做為洽談和平協議的前提後，民進黨立法院黨團幹事長蔡煌琅說，民進黨對於馬英九認同公民投票機制的立場表示欣慰，更歡迎馬英九進一步向「臺灣前途決議文」的精神靠攏，也就是「「任何有關獨立現狀的更動，必須經由臺灣全體住民以公民投票的方式決定。」
