世界各地很少有地方能像美國內華達州的51區一樣被如此多的秘密所環繞。以下是關於這個基地的五個神秘謎團。
1947年七月，在新墨西哥州羅斯維爾市郊區的農場裡發現了一艘墜毀的飛碟。當羅斯維爾的空軍發現它的時候，美國武裝部隊立即展開了調查，而且對外宣稱並堅持那是一艘高空試驗監測氣球殘骸的聲明，稱那是機密項目「Mogul」的一部分。
公眾很快就對這一事件失去興趣直到三十年後才再次引發。在1978年物理學家和不明飛行物研究專家斯坦頓-T-弗裡德曼會見了陸軍少校傑西-馬塞爾，傑西曾在1947年幫助收集了那些殘骸。會面不是為了加強了那是一艘失事的氣象氣球的聲明，他聲稱軍方掩蓋了一艘外星飛船的發現而且隨後就把遺骸轉移到了51區，飛船的材料以及飛行員都將在那裡進行研究分析。自從弗裡德曼的報導之後，事實上發生了什麼事情仍然是一個謎。沒有人能夠接近51區來確認殘骸的存在，而且任何爭辯馬塞爾會面的人都受到陰謀論者的懷疑。
我們現代的許多軍事技術就可能出自於51區。比如說，能夠躲過蘇聯雷達的探測的U-2間諜飛機最初就是在這個基地測試的。雖然這件事發生了，但是政府召開了新聞發布會聲稱51區及其所有職員並不存在。在1955年8月19日，艾森豪威爾總統簽署了10633號總統令，將格魯姆湖的上空（51區的一部分）定為禁飛區。僅僅一年之後，在它周圍60平方英里的區域被1662號公用地令正式確定為「不存在」。蘇聯政府仍然發現了U-2間諜飛機，但是從那以後想要查明那裡正在測試什麼變得越來越困難。
自從10633號總統令簽署以後，一直有謠言稱各種各樣的技術存在於基地裡面，遠不止幾架間諜飛機這麼簡單。恐怕從羅斯維爾收集到殘骸材料已經被用於設施中，而且或許用於創造新的飛機和其它的技術。已經有證據顯示Papoose湖一條消失的跑道和氣候操控技術，而且更震驚的報導指向了外星人的屍體和一條橫貫大陸的地下鐵路。很顯然，沒有明顯的或者簡單的方法來確認或者拆穿這些假設。
S-4的職能和存在全部都不過是炒作。它的位置既不是完全也不是部分處於地下，而且它所聲稱的位置在一個山谷裡面，保護了其中的秘密。此外由於51區上空的空中禁區，也無法獲得來自空中的照片。
自從1989年以來S-4都是個有爭議的地方，鮑勃-拉扎爾宣稱他在一臺設備裡研究外星工程技術。據說，拉扎爾在那裡看到了9個不同的飛碟，知道它們如何推動自己，而且能夠詳細的描述S-4。儘管他能夠確認它的位置，但是由於他可能就讀的學校沒有他的記錄所以他的話語並不可信，而且51區的軍方官員宣稱不記得與他一起工作。不管怎樣拉扎爾把這歸結為「政府刪除記錄」。然而拉扎爾的故事是事實還是虛構完全不能確定。
哈利·S·杜魯門總統簽署了一份總統令，組建一個「由科學家、軍事領導人和政府官員組成的秘密委員會」，這個委員會名為「Majestic 12」，組建的目的是為了調查羅斯維爾事件。因此就出現了許多的關於MJ-12和51區之間聯繫的猜測，然而大多數是毫無根據的。無論如何如果「外星殘骸」從羅斯維爾運到了51區，看起來MJ-12和這個基地在某種程度上是有聯繫的。此外，一些人相信Majestic 12是一個更加廣闊更加駭人的組織，這個組織的成員全部都是政界、商界和科學界的高層人物，他們被選出來精心策劃創建一個單一政府管理的新世界秩序。
