轉基因食物（英語：Genetically Modified Organism, GMO）就是利用現代分子生物技術，將某些生物的基因轉移到其他物種中去，改造生物的遺傳物質，使其在形狀、營養品質、消費品質等方面向人們所需要的目標轉變，從而形成的可以直接食用，或者作為加工原料生產的食品。轉基因食品包括植物源、動物源和微生物源食品。自1994年孟山都（Monsanto）的下屬公司Calgene研製的轉基因作物耐存儲番茄獲准上市後，開創了轉基因食品商業化的先河。
但是轉基因食物的安全性一直是個隱患。轉基因食物支持者宣稱，人們食用轉基因植物食品後，其中的絕大部分DNA已降解，並在腸胃道中失活。但是科學研究表明，極小部分（<0.1%）例如標記基因特別是抗生素抗性標記基因會轉移至腸道微生物或上皮細胞。水平基因轉移（horizontal gene transfer, HGT），又稱側向基因轉移（lateral gene transfer, LGT），是指在差異生物個體之間，或單個細胞內部細胞器之間所進行的遺傳物質的交流。差異生物個體可以是同種但含有不同的遺傳信息的生物個體，也可以是遠緣的，甚至沒有親緣關係的生物個體。單個細胞內部細胞器主要指的是葉綠體、線粒體及細胞核。雖然水平基因轉移的比例小，但潛在危害巨大，因為這可以改變轉基因食物使用者的基因庫（Genome）。
轉基因植物最常見的一種外來插入基因是蘇雲金芽孢桿菌（Bacillus thuringiensis）分泌出殺蟲的δ-毒素蛋白晶體（crystal），又名晶體蛋白或Cry蛋白。Cry蛋白對鱗翅目（如蛾與蝶）、雙翅目（如蒼蠅、蚊子）和鞘翅目（甲蟲）有很大殺傷力。因此，可將蘇雲金芽孢桿菌發酵生產製成高效生物殺蟲劑，或用cry基因製成防蟲害的轉基因產品。世界上存在許多種不同的蘇雲金芽孢桿菌，這些不同的品種可以產生不同的Bt蛋白用來對付不同的目標昆蟲。成型的Cry蛋白沒有活性，除非被目標昆蟲的幼蟲所食用。這些Cry蛋白粘在幼蟲的腸道內，產生活性。它們與特定受體（specialized receptors）結合，洞穿腸道膜，導致腸道內物質外流，最後殺死幼蟲。
1998年8月10日，蘇格蘭羅威特研究所（Rowett Institute）的普茲泰（Arpad Pusztai）試驗。普茲泰在電視節目中介紹了自己的一項實驗。他用兩種沒有在市場上銷售過的轉入了植物凝血素的轉基因土豆餵養老鼠，發現「這些食用了轉基因土豆的老鼠出現了輕微的發育遲緩現象，免疫系統也受到影響」。普斯泰的實驗設計方法遭到了由羅威特研究所和其他科研單位的科學家共同組成的委員會質疑。這個委員會以及後來皇家學會質疑的內容包括：第一，普茲泰選擇未做熟的生土豆作飼料來餵養大鼠，而土豆在生吃狀態下含有很多自然毒素，容易導致問題；第二，普茲泰聲稱發現了毒性反應的凝血素的實驗組並未使用轉基因土豆，而是直接在普通的生土豆中添加外源低毒性凝血素，且用量超過正常適用範圍的5000倍。調查委員會得出結論，普茲泰的數據不能作為支持轉基因食品會損害發育和免疫系統的證據。但是，普茲泰後來在大名鼎鼎的《柳葉刀》雜誌發表了其實驗結果，表明瞭科學界對他的研究成果的認可。
1999年，美國康乃爾大學昆蟲學家約翰·洛西（John Losey）在《自然》雜誌上發表通訊，發現用帶有轉Bt基因抗蟲玉米花粉的馬利筋草葉片飼餵美國大斑蝶（Monarch Butterfly），導致44％的幼蟲死亡。這一研究發表後，立刻在世界範圍內掀起了一場有關轉基因作物生態安全的辯論。洛西的實驗也遭到了質疑，比如這一實驗是在實驗室完成的，並不反映田間情況。針對這些質疑，美國環境保護局組織昆蟲專家對帝王蝶問題展開專題研究。結論認為，轉基因抗蟲玉米花粉在田間對帝王蝶並無威脅，原因有三點（1）玉米花粉大而重，因此擴散不遠。在田間，距玉米田5米遠的馬利筋雜草上，每平方厘米草葉上只發現有一粒玉米花粉。（2）帝王蝶通常不吃玉米花粉，它們在玉米散粉之後才會大量產卵。（3）在所調查的美國中西部田間，田間帝王蝶的實際數量很大。
2000年，美國Aventis crop science公司生產的「星聯」（Star Link）轉基因玉米出現在人類食物中，這是經過基因改造的有機體（genetically modified organism）污染人類食物供應的第一個案例。星聯玉米中加入了一種叫做Cry9c的Bt蛋白。Cry9c能夠有效對付鱗翅目昆蟲。基於Cry9c蛋白難以在人體消化系統中被分解、既抗熱又可能導致過敏，美國國家環境保護局規定星聯玉米完全不能用於人類食物。2000年9月，反轉基因組織Genetically Engineered Food Alert在連鎖快餐店Taco Bell的墨西哥捲餅餅皮——卡夫食品（Kraft）製造——中發現星聯玉米。9月18日，《華盛頓郵報》報導了此新聞，從而引起全球300多種含玉米產品的回收潮。星聯玉米召回事件發生後，新的法案在美國國會被提出，美國國會開始關注轉基因食品的強制標籤問題。美國政府於2001年1月出臺了轉基因食品管理草案。
2001年11月，美國加州大學伯克利分校的奎斯特（David Quist）和查佩拉（Ignacio H. Chapela）在《自然》雜誌上發表通信，報導說在墨西哥南部禁止種植轉基因玉米的地區種植的地方品種中檢測到轉基因作物，表明商業化轉基因作物與地方品種間存在大量的基因流動。他們發現在墨西哥南部Oaxaca地區採集的6個玉米地方品種樣本中，有CaMV35S啟動子及Novartis Bt 11抗蟲玉米中的adhl基因相似序列。綠色和平組織認為墨西哥玉米已經受到了基因污染，甚至墨西哥小麥玉米改良中心的基因庫也可能受到了基因污染。但也有人質疑其在方法學上有錯誤，因為轉入Bt玉米中的基因序列是adhl-S基因，而作者測出的是玉米中本來就存在的adhl-F基因，兩者的基因序列完全不同。《自然》雜誌最終撤回了對該論文的支持，但並沒有撤銷這篇論文的發表。
2003年至2004年，美國俄亥俄州立大學哥倫布分校的植物生態學家艾利森· 斯諾（Allison Snow），對採集自墨西哥奧克薩卡125個農田的870個植物樣本進行了分析，但並沒有在玉米種子中發現任何轉基因序列。然而，2009年，墨西哥國立自治大學的分子生態學家埃琳娜·阿爾瓦雷茲－拜拉（Elena Alvarez-Buylla）與加利福尼亞大學伯克利分校的植物分子遺傳學家阿爾瑪．派尼若－尼爾森（Alma Piñeyro-Nelson），發現了與奎斯特在2001年（在奧克薩卡23個地點採集的3個樣本）和2004年（2個樣本）所發現的相同的DNA片段。在另一項研究中，阿爾瓦雷茲－拜拉與合作者發現，從墨西哥全國1765戶農民那裡收集來的種子中，有一小部分含有轉基因。在當地社群進行的其他研究中，也不斷發現轉基因的蹤影，但這些研究卻很少能得以發表。
斯諾和阿爾瓦雷茲－拜拉承認，取樣方法的不同可能導致轉基因檢測結果的差異。斯諾說：「我們在不同的田地取樣，所以他們發現了轉基因，而我們則沒有。」當科學界在爭論轉基因片段是否侵入了墨西哥玉米時，斯諾談道：「轉基因作物進駐墨西哥的玉米地似乎已經無可避免。有些證據甚至顯示這是正在發生的情況，但現在還很難說這種現象發生的頻率有多高，後果又會是什麼。」阿爾瓦雷茲－拜拉堅持，轉基因的散播將會危害墨西哥玉米的健康，改變其特性，例如外表及味道，而這些品質對那裡的農民是相當重要的。一旦轉基因進入原生種，就很難（即使不是不可能）被去除。隨著轉基因性狀在當地玉米種群中長期積累，原生種的健康最終是會受到影響的（例如與原生種搶奪能源和資源，或者擾亂原生種的代謝過程）。
2005年5月22日，英國《獨立報》披露了轉基因研發巨頭孟山都公司的一份秘密報告。據報告顯示，吃了轉基因玉米的老鼠，血液和腎臟中會出現異常。最後迫於壓力，應歐盟要求，公布了完整的1139頁的試驗報告。歐盟對安全評 價的材料及補充試驗報告進行分析後，認為將「Mon863」投放市場不會對人和動物健康造成負面影響，於2005年8月8日決定授權進口該玉米用於動物飼料，但不允許用於人類食用和田間種植。經歐洲獨立學者研究，老鼠在吃了MON 863經過90天後，肝與腎等具解毒功能的器官紛紛出現不利影響，此外對心臟、腎上腺素、脾臟、造血系統等也都有損害。
2012年，《食品和化學毒物學》（Food and Chemical Toxicology）雜誌刊登了法國卡昂大學分子生物學家塞拉利尼等人的一份研究報告。該報告稱，將100只雄性和100只雌性大鼠分成10組，分別餵食孟山都公司的NH603轉基因玉米及其他食物，兩年後發現，餵食轉基因玉米的實驗大鼠出現腫瘤的風險高、壽命短。該論文中還附有長有乒乓球般大小腫瘤的大鼠圖片。質疑的焦點首先是該實驗的樣本太少，每組只有10只大鼠。而要在兩年時間內進行嚴肅的腫瘤學研究，需要數個至少包括50隻老鼠的小組。對此塞拉利尼回應說，許多對於毒理學和致癌機理的研究也是用這種大鼠，也是只有10只。在一些質疑者看來，塞拉利尼論文中所呈現的患癌率和壽命的變化，更多是自然產生的，但是，而作者在結論中卻刻意選取了有利於支持轉基因致癌的數據。對此，塞拉利尼曾經回應說，在歷史數據中，2年SD雌性大鼠罹患乳腺纖維瘤的為13%∼62%，但在他們的實驗中對照組的發病率要低得多，這才是真正的對照，而他們的實驗鼠發病率比對照組高很多，這使得他們的研究結果有顯著性。動物的死亡率也是這樣。可見，這是一個嚴謹的有對照組的毒理學實驗設計。
但是，11月29日，《食品和化學毒物學》雜誌出版方愛思唯爾集團（Elsevier）28日在美國宣布，由於研究方法和結論皆存在嚴重問題，決定撤除這篇論文。對此，塞拉利尼團隊發表聲明，稱將堅持自己的結論。聲明說，以往的研究發現凡是顯示轉基因農作物有負面效果的，都會被監管者從實驗到統計方法做嚴格的重審，凡是聲稱轉基因農作物安全的研究，都被照單接受。只要是沒有報告負面效果的研究，都被接受為「安全」的證明，無論他們的研究方法有何種不足。用同樣的實驗動物，同樣的數量，做90天實驗證明轉基因安全的結論成立，而做720天證明轉基因不安全的結論不成立，反被撤稿。這是一種什麼力量在推動呢？
轉基因食品安全性評估是一項複雜、精細的綜合性工作。目前得到經濟合作與發展組織（OECD）、聯合國糧農組織（FAO）、世界衛生組織（WHO）以及多個國家認同 的安全性評估原則是：實質等同原則（substantial equivalence）、個案分析原則（caseby-case）和逐步完善原則 （step-by-step）等。歐盟基本禁止在環境中釋放培養轉基因食品。歐盟認為，科學存在侷限性，無論研究方法多麼嚴格，結果總具有某些不確定性。為最大程度保護消費者的健康和環境，歐盟採用「預防原則」（precautionary principle）作為管制轉基因食品的理論基礎。
美國的轉基因食品主要由美國食品與藥物管理局(FDA)，美國農業部(USDA)，和美國環保局(EPA)負責檢測、評價和監督。在美國，任何一種轉基因食品的生產都必須根據具體情況,經過上述三個機構中一個或多個審查，只是三個部門的側重點不同。美國美國對轉基因食品持積極支持的態度，其基本立場在1986年美國白宮科技政策辦公室頒布的「生物工程產品管理框架性文件」中得以體現。由於美國對轉基因食品的管理採取相對寬鬆的政策，美國的轉基因作物和轉基因食品發展非常快，在世界上處於壟斷地位。
根據美國農業部2013年的統計數據，美國97%的甜菜，93%的大豆，90%的棉花和90%作為動物飼料的玉米屬於轉基因作物。加拿大雖然沒有具體的數字和百分比，但由於很多糧食都是從美國進口，所以比率也應該不小。事實上，想要絕對避免轉基因產品很難很難，因為我們吃的大多數食物都可能含有轉基因源。如果你住在歐洲，那麼避免轉基因食品是非常容易的，因為法律要求所有商品都必須標明是否含轉基因成分。但是在美國和加拿大，食品製造商並不強制需要標明他們的食品是轉基因或者非轉基因。作為消費者，我們在沒有知情權的情況下，如何鑑定轉基因食品呢？
1、瞭解日常生活中常見的轉基因產品。以下這些產品你要小心了，有很大的可能他們都是經過轉基因改造的：大豆，玉米，油菜籽/菜籽油，甜菜，棉花，奶製品，糖，木瓜，玉米製品，麵包等烘培食品。
2、買標注「100%有機」(100% organic)的食品：加拿大和美國政府規定，如果某公司的產品直接經過轉基因處理或者間接飼餵轉基因飼料，那麼該產品不得標注「100%有機」字樣，你也會發現有機食品會比普通生產的同類產品價格更高，外觀也不盡相同。這裡澄清一下：「有機」（organic）不等於「100%有機」(100% organic)，標注「有機」的食品，不代表它絕對不含轉基因源，事實上，產品中可能含有轉基因成分最多可高達30%。因此，一定要睜大眼睛，看清楚「100%有機」字樣。
3、認識權威有機食品認證機構：QAI，Oregon Tilth或者CCOF都比較研究，相比之下，USDA有機認證非常不給力，如果一種產品僅僅通過了USDA有機認證，那麼它很可能不是「100%有機」的。
4、通過標籤號碼來識別：標籤PLU碼（Using Price Look-up Codes）是用來標明產品的生產類型。如果PLU碼是四位的號碼，那麼該食品是常規生產的（Conventionally Produced）；如果PLU碼是以8開頭的五位號碼，那麼他就是確定的轉基因產品；如果PLU碼是以9開頭的五位號碼，那麼該產品就是有機（organic）產品。例如：#4011是普通黃香蕉；#94011就是有機黃香蕉；#84011就是轉基因黃香蕉。
5、買100％青草餵養的牛羊肉：大多數肉牛一生大部分時間是吃青草的，但它們生命中的最後一段時間卻是在飼養場裡面吃轉基因玉米度過的，其目的是為了增加牛肉的肌內脂肪並且使得肌 肉跟脂肪能夠很好的融合，一方面增加重量，一方面增加口感。如果你不喜歡轉基因產品，那就要挑選100%吃青草長大的牛，或牧場餵養的牛。以上規則同樣也適用於羊肉。非反芻動物比如豬，以及雞鴨那樣的家禽，這類動物不可能是100%吃青草的，所以要找「100%有機」的肉才行。
6、選標注「非轉基因」（non-GM或GMO-free）的產品：曾經有一段時間，市場上很難找到有這樣標識的產品，但是幸虧有了「Non-GMO Project」這樣一個組織，在他們的推動下，這樣的非轉基因標識越來越常見了。你也可以參考他們的網站（http://www.nongmoproject.org），看哪些公司以及產品是不使用轉基因技術的。但是 讀者心中要有譜，這個列表並不完整，有些廠商因為各種各樣的其他原因而沒有聲明列入。
7、在本地小農場購買農產品：儘管一半以上的轉基因產品都是美國製造，但是大部分轉基因產品都是大型機械化農場出產的。不喜歡碰轉基因的朋友們可以去本地的農貿市場採購農產品，去這樣的地方買菜不僅能夠避免轉基因，而且還能買到便宜實惠的農產品。當然不是所有農場出來的蔬果都是非轉基因的。
8、盡量購買完整食材：買完整食材，然後自己親自料理。現在很多人喜歡買那些Processed Food，就是那些裝在盒子裡或者罐子裡的東西，比如罐頭食品，方便麵等。
9、自己種菜：這個相信很多人都已經開始做了，在自己House後院開一片耕地，自己知道自己用的什麼種子，用的什麼肥料，不僅隨時吃到健康新鮮的蔬果，而且可以享受稼穡的快樂。
10、其他小貼士：
（1）不要聽信「天然」或者「純天然」這類宣傳，這只不過是聰明的營銷手段了，研究表明，消費者對「天然」這個詞的喜愛程度要比「有機」這個詞來得多得多，因為很多人覺得「天然」就代表「有機」，其實壓根不是那麼回事兒！任何產品都可以說自己的產品是「天然」「純淨」「原生態」而不用負什麼法律責任。
（2）去餐館吃飯的時候，你要是問廚師或者服務生哪些食物是轉基因的，他們大概也說不上來。倒不是故意隱瞞，他們可能是真的不知道。因此比較聰明的方法就是問他們用什麼油烹調食品，無外乎四種：玉米油，大豆油，油菜籽油或棉籽油。當然，你要是覺得以上幾種油都不保險，你可以要求廚師用黃油來烹調，雖說煉製黃油的牛奶也有可能是來自於吃轉基因玉米飼料長大的牛，但那畢竟是二手轉基因產品，感覺上可能稍微好一些。
（3）QCS是另一種有機認證機構
（4）廠家如果標注其產品是「非轉基因」，只是說該產品的處理技術採用非轉基因的方法，並不代表該產品就一定是健康的。很多人誤認為非轉基因就是優質健康的，這也是誤解。
（5）如果你在後院親自種植果蔬，請注意所使用的種子，確定這些種子是來自於那些獲得了「安全種子認證」(safe seed pledge)的企業。
