劉少奇項目組成立之後，所有關於劉少奇的罪證材料能否上報都是由周恩來決定的。沒有周恩來的同意這些材料根本上報不了。在文化大革命中，毛澤東因己權力私慾將劉少奇往死裡整，然而這其中為劉少奇定罪起決定性作用的卻是周恩來。曾經是中央項目組成員的某位將軍的兒子披露，周恩來的批示是「此人該殺」。原中國史學會會長金沖及後來也承認：有此事，大意如此，實為「劉賊該殺」。
周恩來親筆寫下對劉少奇的定罪結論
據《新史記》第7期文章，研究文革歷史的專家王年一說，送給毛澤東看的只有證明劉少奇有罪的「人證物證」，而證明劉少奇沒有罪的人證和物證卻沒有送給毛澤東看。對毛要打倒的人，周恩來總是可以遞上讓毛滿意的材料。在賀龍項目中，周恩來也是採取了如此做法。
1966年7月31日，周恩來兩次找清華大學的造反派頭目蒯大富談話。蒯大富給周恩來提供了劉少奇和王光美的材料。兩次長達6個小時的談話，為毛澤東的大字報提供了炮彈，也成了毛整劉的利器，而穿針引線的則是周恩來。以後王光美和清華的所有糾葛都是由周恩來一手控制。包括王光美是否可以去做公開檢查和被清華師生批鬥。
劉少奇項目組成立之後，所有關於劉少奇的罪證材料能否上報都是由組長周恩來決定的。沒有周恩來的同意這些材料根本上報不了。
原水電部副部長李銳披露，大約在1983年至1984年間，中組部奉命銷毀一大批檔案材料。在銷毀之前，中組部部長陳野萍讓她看了一個原屬於劉少奇專案組的絕密件。一份是由江青草擬，一份則是周恩來親筆寫下的定罪結論，共有四條，中共八屆十二中全會關於劉少奇問題的決議，基本上是按周恩來所親筆擬出的結論定調子。
劉少奇的「三七開」激怒毛澤東
1958至1960年毛澤東發動的「大躍進」造成了中國有史以來一場最大的持續了三年的飢荒，三、四千萬人的無辜死亡，使下至老百姓，上至中共高級官員怨聲載道。
1962年1月11日至2月7日，中共中央在北京召開擴大的中央工作會議，參加會議的共七千多人，史稱「七千人大會」。毛澤東在會上講話，被迫作了自我批評，不得不承認中共中央犯了主觀主義和脫離群眾的錯誤。
劉少奇在大會上作了一個口頭報告，這個口頭報告是根據毛的提議，1月26日晚，劉少奇花了一個通宵草擬了提綱，並在大會開始前經過毛和其他常委傳閱同意的。
劉少奇批評大躍進說，「現在不僅沒有進，反而退了許多，出現了一個大的馬鞍形。」關於造成困難局面的原因，劉少奇說有天災，也有工作中的缺點和錯誤，即人禍。減產的主要原因不是天災，而是工作中的缺點和錯誤，即「三分天災，七分人禍」。「七千人大會」之後，劉少奇還對毛澤東說，「餓死這麼多人，歷史要寫上你我的，人相食，要上書的！」
據悉，與「書面報告」相比，劉少奇的口頭報告從實際出發，把許多問題講得更清楚了，在絕大多數與會者心中引起共鳴。其中大家印象最深的，是口頭報告中關於經濟形勢及錯誤產生原因的兩個「三七開」。然而正是這些話，正是這個口頭報告，使劉少奇和毛之間產生了真正的分歧。
1961年9月在廬山開會時，毛說，錯誤就是那麼一點，有什麼了不得。1961年12月20日，毛又說，去年（1960）、前年（1959）心情不那麼愉快，今年（1961）很高興，因為具體政策都見效了。
5年後，1967年2月，毛澤東同阿爾巴尼亞代表團團長巴盧庫談話時說，「七千人大會的時候已經看出問題來了，修正主義要推翻我們。」
