沙瑞金有成為薄熙來的潛質（網路圖片）
【看中國2017年4月29日訊】故事發生在第一部結束五年之後。此時漢東省委書記沙瑞金（張豐毅飾）已經成為政治局委員，侯亮平（陸毅飾）則被提拔為副省長兼任公安廳長。沙瑞金的夫人、原本在北京開律師事務所的葉秀金（江珊飾）放棄了北京的事務所，來到漢東省京州市沙瑞金身邊，做做家務。
故事一開始，沙瑞金的第二個兒子沙果果（董子健飾）正在申請前往英國牛津大學留學，但學費奇高。葉秀金希望沙瑞金幫助解決，沙瑞金則讓兒子自己爭取獎學金。葉秀金心中不滿，對自己在北京做律師時結識的商人朋友王亮（張嘉譯飾）談起此事，王亮當即表示負責全款。事後沙果果則對父親表示申請到了獎學金，沙瑞金大為高興。
與此同時，漢東省正在侯亮平的領導下展開一場打黑風暴，背後則是沙瑞金的大力支持。沙瑞金一手通過打黑和反腐整肅官場，另一方面通過弘揚陳岩石（此時已逝世）等人代表的革命精神重塑紅色精神，但此舉在全國範圍內評價不一。有人在網上發帖揭露沙果果在國外泡夜店、買紅色法拉利，藉此攻擊沙瑞金錶裡不一。沙瑞金質問沙果果，葉秀金則輕描淡寫地安撫。
京州市郊的大龍山突發一起持槍殺人的刑事案件，公安局前往調查，發現此事與當地一家民營企業家龐建華（程煜飾）有關，遂懷疑龐建華有黑社會嫌疑，將其批捕。侯亮平得知後認為這是打黑案件的突破口之一，要求公安機關將其徹查。為獲得足夠證據，京州市公安局對其使用了嚴酷的刑求手段。
龐建華不服公安局的手段，利用其妻劉虹（蔣雯麗飾）前來探監的機會，讓她到北京請律師為自己辯護。劉虹來到北京，遍求各大律所，無人應聲，最後找到以辯護手段狡詐多端聞名的律師張鎮（王勁松飾）。張鎮來到漢東，隨即發現龐建華一案證據存在諸多疑點，自己試圖與龐建華接觸，卻又受到重重阻礙。張鎮發動人際關係，與侯亮平私下見面，想為龐建華說話，不料侯亮平指出此案是漢東打黑的標誌一案，不可能翻案。張鎮當即指責侯亮平及其手下刑訊逼供，侯亮平被激怒，宣稱要告張鎮誹謗，雙方不歡而散。
龐建華一審開庭，張鎮在庭上多次攻擊公安辦案，並攪動網路，引發社會反響強烈。沙瑞金知道後召見侯亮平，指示此案不能讓黑社會分子翻了天。侯亮平從龐建華那裡強行得到張鎮指使其製造偽證的口供，隨即開始以涉嫌偽證為由抓捕張鎮。張鎮逃回北京，找到律所創始人、黨內元老之子朱大勇（陳寶國飾），希望朱大勇代為通融其父舊屬、中央政法委書記劉長安（倪大紅飾）。朱大勇則告訴張鎮，此事不可能。原來沙瑞金謀求入常，希望有所作為，已經與劉長安達成共識。
張鎮情知難保，將所蒐集的證據交給劉虹後被捕入獄，龐建華宣判死緩。侯亮平向沙瑞金匯報，沙瑞金很滿意，在家中宴請侯亮平。宴席上葉秀金與侯亮平暢談法律問題甚歡，二人惺惺相惜。劉虹在外奔走為龐建華翻案，蒐集到了沙果果在英國花費的巨大開銷，併發現王亮是其資助人，於是鋌而走險，攜證據錢來要挾王亮。王亮無奈告訴葉秀金，葉秀金大驚，要求其對沙瑞金保密。
葉秀金會見劉虹，劉虹要求葉秀金通過沙瑞金為龐建華雪冤，葉秀金則指出此事不可能，關係到沙瑞金前途。劉虹於是聲稱，如果不答應她的要求，就會將材料寄給中紀委舉報沙瑞金受賄。葉秀金輕蔑地駁斥她的想法，說她是不懂高層政治的愚民，即使材料寄到也不能威脅到沙瑞金。劉虹悲憤離去。
朱大勇南下會見發小沙瑞金，表示自己將為張鎮辯護，並提醒沙瑞金注意手下。沙瑞金則稱自己一切秉公辦事，不默認任何人是壞人，司法程序該走就走。劉虹單獨探監見到張鎮，透露自己掌握的消息和與葉秀金的談話，張鎮指出舉報受賄不能動搖沙瑞金，必須要把他陰謀篡權的事情落實才能辦到，讓劉虹去找朱大勇。
不料二人談話被侯亮平部下錄下，侯亮平聽聞大驚，電話質問葉秀金。葉秀金直接挂了電話，另一邊立即約見了劉虹。劉虹先約了朱大勇，後接到葉秀金見面的要求，決定先去見葉秀金。葉秀金假意同意為龐建華通融，在飲用水中下毒將劉虹毒殺，此時正好被前來追問的侯亮平發現。葉秀金向侯亮平攤牌：要麼為了打黑大業和沙瑞金的前途守口如瓶，要麼大義滅親毀掉自己的事業。侯亮平無奈將劉虹屍體秘密火化。
另一邊，朱大勇等劉虹不到，心中起疑。來到劉虹住處發現大門敞開，在家中反覆搜尋後發現馬桶水箱下藏有證據副本和前往會見葉秀金的最後手跡。原來劉虹已經料到葉秀金可能痛下殺手，做好了犧牲自己的準備。朱大勇不動聲色隱藏了材料，回到北京，找到中辦主任諸學工（王志文飾）提到此事，希望他能向最高領導人轉達。不料諸學工已經為了自己將來升遷之路提前結好沙瑞金，於是主動給沙瑞金通風報信。
沙瑞金聞知大怒，斥責葉秀金，但葉秀金曉之以理，目前只有一條路才能實現胸懷抱負，即咬定青山不放鬆，否則就永遠不能翻身。沙瑞金思前想後，只好接受既成事實。但侯亮平是他不能放心的知情人，必須將其調離關鍵職位。於是在次日召開的常委會上，沙瑞金突然提出免去侯亮平公安廳長職務。雖然省長白渡江（徐光明飾）為侯亮平說了兩句話，但沙瑞金堅持如此，只得通過。
侯亮平接到調令，先是震驚，後是害怕。他的副省長分管文化，實際上是虛職。當晚，侯亮平前往沙瑞金處面談，沙瑞金錶示調任工作是為了減輕工作壓力，不必多想。侯亮平試探提出葉秀金殺人之事，沙瑞金勃然大怒，當即招葉秀金來對質。葉秀金反說是侯亮平為保龐建華案無人追訴殺了劉虹，並說自己是侯亮平請來通融關係的，她反問侯亮平為何拿此事要挾沙瑞金。侯亮平至此知道自己已經落入栽贓圈套，沙瑞金盛怒之下打了侯亮平一耳光。
從沙家出來，侯亮平良心備受煎熬，開始反思自己的反貪和打黑之路，實質上是用一種權力去戰勝另一種權力，人民已經成為紙面上的名詞。他現在如果坐以待斃，遲早被抓出頂缸；如果檢舉，考慮到沙瑞金的上層關係也難以自保。思來想去，他決定逃亡。由於機場系統早已被監控，侯亮平悄悄自駕，前往鄰省的美國領事館投誠。
侯亮平叛逃事件震驚中外，政治局連夜開會，沙瑞金在會上力證侯亮平是叛徒，劉長安、諸學工支持。同時，沙瑞金遙控指揮白渡江率領警力連夜趕往鄰省，一定要將侯亮平抓獲。此時美國內部情報傳來，侯亮平揭露了沙瑞金和葉秀金殺人的情況。最高領導（陳道明飾）心生疑竇，決定派匯報美國情報的國安部副部長郝成（馮遠征飾）前往談判，嚴令必須將侯亮平帶回北京，直接瞭解情況。
郝成與侯亮平攤牌，稱自己已經看透侯亮平的底牌，此舉並非逃亡，而是自保，並指侯亮平手中定有王牌，才會採取這種行動上達天聽。侯亮平承認屍檢報告和殺人證據在自己掌握之中，原來他當時早有備份，放在妻子鐘小艾（趙子琪飾）處。郝成擔保只要侯亮平回到北京，說出真相，最高領導會保他人身安全，但判刑論罪是難以避免的。侯亮平接受條件，但質疑郝成能否將其帶回北京。郝成出門與白渡江交涉，白渡江顧全大局，服從中央命令，讓郝成將侯亮平帶走。
飛機上，被帶上了手銬的侯亮平望著中國大地的萬家燈火，回顧自己離開北京到重回北京的五年曆程，陷入了沉思……
