龍游石窟位於浙江省龍游縣，距離杭州180公里，1992年3月由幾名當地農民發現。龍游石窟被發現的消息吸引了全世界考古學家、古生物學家、人類學家的關注，隨著研究的深入，越來越多的謎團展現在人們的面前，甚至很多科學家稱之為「世界第九大奇蹟」，龍游石窟之謎位列《200年來的未解之謎一覽》。
龍游石窟其實是一個地下建築群，規模宏大，其施工難度、施工水準在當代都無法達到，它究竟鑿於何時、何人開鑿、用什麼方法開鑿，有什麼用途？眾多疑問吸引著、困惑著世人。
龍游石窟謎團
1.如何採光：洞口狹小，石窟內光線暗淡，石窟四壁及洞頂均未留下任何油煙痕跡，開鑿者何以照明？
2.半米壁距：石窟群彼此相鄰緊貼但絕不相通，連現代科學儀器也很難做到這點，古人開鑿測量何以如此精確？、
3.不見史料：如此宏大的地下工程，在當地的地方志及其它史料上卻未有直接記載，何故？
4.石料去處：據估算，石窟群的開採石料量至少在80萬平方米以上，而開採出來的紅砂岩很難用作建材，究竟哪裡去了？
5.洞壁石刻：1號洞石壁上有鳥、馬、魚的石雕圖案，2號洞有閃電狀石刻線條，究竟代表什麼？
6.矩形水池：每個洞窟中心部位均有約20平方米的矩形水池，其兩廁開鑿而成，另兩廁砌石而成，有何用途？
7.魚去何方：舊時石窟群作為寺院放生池，養有大魚，村民常在此釣魚，水抽乾後不見魚影，何故？
8.北斗七星：已發現的七個石窟的平面佈局呈北斗七星狀，是故意設計還是純屬巧合？
9.石窟數量：已探明石窟36個，有否更多石窟？仍是未解之謎。
龍游石窟功能猜想
採石說
論者認為開鑿龍游石窟的主要目的是為了採石。但異議來了：「若要採石，為何不露天開採，而要進行地下開採？」再說從頂部開小口，然後豎式向下開採，增加了無端的麻煩和難度。為什麼不把口開大一些？為什麼要採用工藝技術要比平洞開挖法和底挖法複雜得多而難度極大的頂挖法呢？
鳳凰山24個石窟，左右相鄰而不相通，上下相依而不相連，在地下達到如此相對獨立又十分近似，絕非偶然。於是，採石說又派生出採石非惟一目的說。論者認為，開鑿龍游石窟主要目的是為了採石，但獲得的空間另有他用。
穴居說
論者認為，龍游石窟是古人為穴居所需而開鑿。論者以史料為依據。因為韓愈的《徐偃王廟碑記》及有關徐偃王的記載中，凡提到徐人便都涉及「鑿石為室，以祠偃王」的事。誠然，龍游為徐偃王后裔居住之地，金、衢等市縣徐為大姓，但他們的先人為什麼要花如此大的代價鑿石室群居呢？南方遠不如北方乾燥，地下生活方便嗎？何況他們的財力夠嗎？
宮殿說
論者認為它應該是絕對權威者出於某種特殊需要而不惜工本所為，可以說非王者莫屬，因而推斷它很可能是姑蔑國的宮殿。然而作為宮殿，是王室成員久居之地，為什麼宮中沒有半點王家遺物？既是王宮，理應對如此寬敞的殿堂作適當的分隔，也應有內在的建築，而石窟中空空如也，全無遮擋和內部建築的痕跡，只有一個水池能說明什麼？還有石窟上下台階距離很大，運輸、進出都有一定的難度，難道王者不考慮水火、地震或其他原因引起的災害嗎？
陵寢說
論者認為龍游石窟或許是古代吳越帝王或其他諸侯生前建造的陵墓。因為根據石窟頂部呈穹形來推測，很符合漢代以前一些地下王陵的特徵。但不可解釋的是，既是王陵，理應有陵寢、棺槨及陪葬物，諸如金器、銀器、銅器、陶器、瓷器、玉器及珠寶、紡織品或者它們的碎片，但石窟內卻空空如也。
倉庫說
論者認為，從地理角度看，龍游石窟地處衢江、靈山江、塔石溪三水交匯處，在過去以水運為主要交通手段的時代，這兒是交通要津，因而商賈雲集、運輸繁忙，在江邊開鑿眾多地下石窟用於貯存物資，也在情理之中。
然而倉庫說不能解釋的是，古代龍游經濟再發達，也不需要這麼多地下倉庫來貯存貨物。洞廳這麼高大，貯存的利用率極低，與常理實情相悖。
巨石文化說
從廣義上說是對的，如埃及的金字塔、蒂瓦納科神廟的太陽門、英國倫敦的巨石陣、非洲的石雕王宮等，龍游石窟自然也屬巨石文化。不過龍游石窟的巨石文化不是在地面上用巨石堆砌而成的，而是藏於地下、從巨石中開鑿出來的，與金字塔、太陽門、巨石陣、石雕王宮不同。
外星人造說
龍游石窟是外星人所為，並寫了一本書，名為《中國發現外星人疑跡──龍游謎窟》，多方論證龍游石窟為名副其實的巨石文化。但這僅僅是大膽的想像而已，是不現實的。龍游石窟理應是地球上人類創造的奇蹟。
道家福地說
這也不符合歷史事實，道教產生於東漢，而龍游石窟鑿成於東漢前，與歷史不符。再說道家福地應選在名山大川、高遠幽深之處，如道教聖地湖北的武當山。何況自漢迄今，龍游一直為縣治所在地，人煙稠密。
伏龍治水說
論者認為，古時衢江常氾濫成災，致使兩岸民不聊生，開鑿這些石窟是為了「給龍王爺安個窩，讓他不再興風作浪」，為害生靈。但要是從科學的角度來說，石窟與治水無關。
藏兵說
也就是戰備基地說比上述各說更有說服力，並有一定的史料和文獻佐證。然而藏兵說不能解釋的是，復國名曰「十年生聚、十年教訓」，實際上準備了22年，到魯哀公二十二年（公元前473年）才滅掉吳國。22年中又要秘密備戰藏兵、又要開石窟，顯然是不現實的。也就是說，開鑿石窟並非一朝一夕所能為，要把這麼長的大好時光用於挖洞，又用這麼長的時間進行練兵，豈不荒廢、消耗本來已經弱小的國力嗎？所以這僅僅是根據建築形制和開鑿痕跡等遺構情況及手頭的部分文獻材料所作的初步推測，在沒有找到更為可靠的證據之前，是不能作為定論的。
