塔里木河远离海洋，被天山、帕米尔高原、阿尔金 山环绕，是大陆最干旱和生态环境最脆弱的一个地区。但是从二十世纪五十年代以来，塔里木河流域人口增加 ，盲目开荒、乱砍乱伐、超载过牧，使得流域植被衰 、土地沙漠化和盐碱化严重，自然林地、草地、野生栖息地和水域则日益缩小。
虽然生态环境破坏情况已很严重，但目前塔里木河沿岸仍有不少人在开垦荒地，种植棉花。例如轮台县的 塔里木河大桥两边，就各有三台水泵在不断抽水，输送 给不远处的棉田。 而塔里木河最长的源流叶尔羌河则已完全断流，河岸两边有大量枯死的胡杨、红柳。至于塔里木河的另一条源流和田河，也已成为季节 河，一年只有七、八月份有水。
报导说，从一九六?年到一九九六年，塔里木河源 流来水量共减少十三亿吨，平均每年减少三千六百一十 一万吨。如按此速度发展，一百一十年后，塔里木河干 流将完全消失，塔克拉马干沙漠将进一步扩大。
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