在阿富汗战争中，被反塔利班力量俘获的外籍士兵中就有一些新疆的维吾尔族穆斯林。北京说，这些人是新疆分离主义分子，并且要求将这些被俘的穆斯林武装分子移交中国。
西方一些学者认为，新疆与西藏在政治上有许多相似之处，不过和西藏人相比，新疆维吾尔族没有一个象达赖喇嘛那样富有领袖魅力的领导人，承担起向世界解释维吾尔族人处境的责任。
英国达勒姆大学教授迪伦认为，北京正在加紧对这两个少数民族地区的控制。
达勒姆说，北京总是要引述几千年的史料来证明新疆和西藏都是中国领土的一部分。但是真实的情况是，新疆和西藏是18世纪后半叶才并入中国版图的。
中国当局过去一直对新疆分离主义暴力活动保持沉默，但是现在开始公开谴责这些活动是国际恐怖主义活动的一部分。
根据中国政府公布的近几年在新疆发生的炸弹攻击和骚乱事件资料，在过去十年里，维吾尔族分离活动造成40人丧生，330人受伤。
中国外交部最近表示维吾尔族分离运动人士与本·拉登集团有联系，而且受到圣战思想的影响， 因此中国认为应该镇压这些人。 但是，在德国流亡的维吾尔族人阿尔普查肯认为这是北京的借口。
阿尔普查肯是1944年建立的东土耳其斯坦共和国已故领导人的儿子。这个共和国建立五年后被共产党镇压。
阿尔普查肯说，他相信可以找到一个和平的解决方案，但是他又担心，北京的现行政策有可能会产生新一代的极端分子。
阿尔普查肯说："北京政府认为我们这些人今后几十年会死去。那么我们是应该象英雄一样勇敢献身呢，还是应该象胆小鬼那样寿终正寝？"
新疆维吾尔族人担心，他们的语言和文化正在慢慢消失。而他们的领导人不是同中国当局进行合作，就是遭受当局镇压。
新疆维吾尔族女企业家热地亚在事业上非常成功，她被当局立为模范。但是在1999年8月，她因一些不严重的过错被判处8年监禁。他的家人包括她的女儿阿基达被迫流亡美国。
阿基达这样解释中国当局逮捕她母亲的真实原因： "中国当局逮捕我母亲，目的是要使维吾尔族的希望破灭，因为当时美国正在帮助科索沃的穆斯林。北京希望警告维吾尔社区，不要依赖西方的帮助。"
"但是维族社区一直抱着很大的希望，我知道，英国和美国是不会袖手旁观的。我母亲是无辜的。她将会很快获得释放。"
