台湾国防部星期四（9月26日）申明，"钓鱼台是中华民国的领土"，这个立场非常坚定。
台湾国防部长汤曜明说，内政部、外交部对这个问题已经明确表示立场，国防部的立场非常坚定，钓鱼台是中华民国的领土，台湾军方对中华民国领土，都是正常执行任务的。
对于李登辉的谈话，汤曜明说，李登辉担任总统时，他担任参谋总长，军方从来没有接到任何指示，要求空军不能接近钓鱼台领空。
台湾内政部长余政宪说："钓鱼台属宜兰县头城镇，这是无庸置疑的事。"
外交部发言人张小月也表示，钓鱼台一向是中华民国主权管辖的地区，这是无可妥协的。
不过，奉李登辉为首的政党台联说，李登辉的谈话只是事实的陈述，希望不要为主权争论而牺牲渔民的捕鱼权。
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