而早先居民住宅区染病人数最多的淘大花园E座，再陆续有居民染上非典型肺炎，周一凌晨香港卫生署宣布行使香港“防止传染病蔓延法例”，从清晨起把整座大楼隔离十天。
在此期间，除非获得卫生当局的书面准许，所有居民禁止出入。
当局将为所有大楼里的居民提供一日三餐的膳食，并有专人照顾被隔离居民的日常生活需要。
香港卫生署在大楼的大堂设立卫生理疗检查站为居民检查身体健康，当局还派出临床心理学家到大楼为居民提供心理辅导。
不寻常的做法
香港卫生福利及食物局长杨永强称，淘大花园的非典型肺炎病例爆发得非常严重，当局的决定是不寻常的做法，希望能够得到居民的谅解，他呼吁在隔离前已经离家的居民尽快和卫生当局取得联系。
杨永强称，淘大花园E座是居民区内非典型肺炎散播的源头。据香港媒体报道，第一个病发的家庭的男户主曾经到过非典型肺炎重灾区的沙田威尔斯亲王医院探望过染病的家人，该个家庭的成员染病后，病毒就开始在居民区内开始蔓延。
当局一直表示非典型肺炎的传播主要是以飞沫以及接触来传染，不过一名呼吸道疾病方面的医生记者采访时称，非典型肺炎在淘大花园传播的速度如此之快，使人担可病毒有可能通过空气传播。香港卫生署长陈冯富珍也曾经公开表示过当局从未排除空气传播非典型肺炎病毒的可能性。
欢迎态度
淘大花园的业主委员会联会主席叶兴国成欢迎当局把E座隔离的措施，但表示决定来得太晚，叶兴国表示隔离措施对居民区内其他座的居民有好处，也防止病毒进一步蔓延到社区。据香港媒体的报道早，先香港地铁湾仔站发现染病的员工就是淘大花园的居民，当局曾经一度封闭一部份地铁站进行消毒清洁。
当局周一清晨开始隔离的淘大花园E座总共有33层，264户居民，当局已经在周一早上开始想居民提供膳食，并派出卫生人员挨家挨户进行访谈及发出当局的通知信。当局宣布，不遵守隔离禁令的居民会被罚款5,000港元，或被监禁6个月。
