为有效监督相关预算执行，立法院将成立ＳＡＲＳ防治及监督委员会，并要求预算通过后一个月内，行政院应将施行计画内容、施行细则等送立院审查、查照，让外界有所依循；同时也要求行政院对五百亿元执行成果，每个月向立法院做专案报告，以利监督。
在朝野都有尽速通过共识下，“严重急性呼吸道症候群防治及纾困特别预算案”在一周内分别完成联席会审查、朝野协商，并于昨天完成三读。其中卫生署及国科会共编列约二百五十亿元用于医疗保健及防疫支出，交通部及经济部共编列近二百亿元用于纾困及补贴。
预算分配方面，卫生署编列二百三十八亿余元最高，其中二百亿余元用于医疗保健支出，包括建立预警体系及医疗通报制度、教育宣导及补助受感染者等费用；其余近三十一亿元用于补助医疗机构相关损失。
另外，国科会也编列二十亿元，整合办理有关ＳＡＲＳ的基础医学、治疗药物与疫苗开发等研究项目。
在补助相关产业方面，交通部编列一百零五亿元，除近三十三亿元用于交通事业防疫及隔离费用，其余七十二亿余元用于经济服务支出，包括补助各式陆空客运业、旅馆业及旅行业等。
经济部也另编列九十三亿余元用于捐助中小企业信用保证基金、补助医疗机构、员工薪资贷款与营运资金融资的信用保证所需资金，以及办理中小企业融资协调服务、协助产业加强出口拓销等用途。
而劳委会编列三亿余元办理强制隔离人员隔离期间工资补贴，与办理劳动场所专案检查等经费；环保署编列三亿余元办理废弃物清运及消毒等业务；新闻局编列近七千万元办理教育防治宣传。
另外，各目的事业机关主管部会也编列相关预算因应，包括教育部编七亿元为中小学购置防疫用品、校园消毒及辅导遭居家隔离学生、远距教学及考试经费等；其余内政部、退辅会、文建会、农委会、陆委会及海巡署等部会都编列预算办理该管业务场所消毒及人员隔离。
特别预算案三读后，立法院同时也通过多项特别职业补助及特定产业纾困建请案。其中关于医师及护士的津贴部分，立院建议医生一天一万元维持原状、护士一天应由三千元增加为五千元，另外放射师等医事人员一天三千元，清洁工作人员一天二千元。
特别预算案周一在联席会审查时，包括退辅会编列八千多万元消毒预算、卫生署编列二千多万元教育宣导费用，以及财政部编列二千多万元缉私奖金费用等，朝野尚有争议。昨天经协商后，仅将财政部编列二千多万元缉私奖金转为防疫用途，等于五百亿元特别预算案分毫未删。
