1956年，黄万里在清华任教，提出《对黄河三门峡水库现行规划方法的意见》。
也许是冥冥之中一种机缘和巧合，黄万里一生的命运都和与他同姓的那条不到万里也有好几千里的黄河息息相关。当年他“听说黄河是最难治理的，便立志学水利治黄河”。1947年在甘肃水利局长任上，他已是黄河水利委员会委员。1950年8月，在北京召开的黄河水利委员会，黄万里也参加了。此后为黄河治理、为三门峡大坝，黄万里倾注了大量心血。解放后，饱受黄灾之苦的中国人希望根治黄河水患，而人民政府也真心实意想治好黄河。可是，黄河该怎么治，黄河的症结在哪里，长时期存在着分歧和偏颇。20世纪50年代，在“一边倒”
方针的指导下，片面听信苏联专家意见所作出的规划和决策就造成了不少后遗症，而黄万里也恰恰是因为反对这些错误意见和决断而获罪的。
早在1955年周恩来主持的关于黄河规划的第一次讨论会上，黄万里就力排众议，不同意苏联专家提出的规划。当时许多专家对规划交口称赞，只有黄万里发言反对。他当面对周恩来总理说：“你们说‘圣人出，黄河清’，我说黄河不能清。黄河清，不是功，而是罪。”他说，黄河泥沙量全世界第一，但它造的陆地也是最大的。
1956年5月，黄万里向黄河流域规划委员会提出《对于黄河三门峡水库现行规划方法的意见》，发表于《中国水利》1957年杂志第8期。《意见》指出：“四千年的治河经验使得中国先贤千年以前就在世界上最早地归纳出了四种防洪方法：沟洫或拦河蓄水，堤工堵水，束水浚深治河，缺口疏水。另外，近四十年来，中外学者融合德国人治河的理论和经验，又积累了不少新的知识。忽视这些知识，认为有了坝就可以解决下游防洪问题，是不妥当的。”
他说：“总之，‘有坝万事足，无泥一河清’的设计思想会造成历史上严重的后果。坝的功用只不过是调节流率，从而替治河创造优良的条件，决不能认为有了坝就可以治好河。” 《意见》最后反复强调：三门峡筑坝后，下游的洪水危害将移到上游，出库清水将危害下游堤防。针对综合规划及三门峡筑坝已形成全国人大决议的难以挽回的现实，黄万里特别提出了三门峡大坝一定要能刷沙出库的建议，为日后泥沙大量淤积预作准备。
三门峡水利枢纽讨论会是1957年6月10日至6月24日由水利部在京召开的，主要讨论三门峡水库的正常高水位和运用方式。
在讨论会上，水利部副部长张含英介绍修建三门峡工程的建议。他说， 1954年，政府组织了包括苏联专家在内的黄河查勘团，从山东到甘肃进行了实地查勘，并和有关各省交换了意见。各省除对防洪提出迫切的要求外，对灌溉发电也提出很高的要求。经过查勘和研究比
较，认为三门峡库比邙山库要好。邙山水库虽然投资较少，但只能解决防洪问题，同时坝基是细沙，修建高坝有很多困难。三门峡水库投资虽然大些，但可尽量综合利用黄河水利资源，对于泥沙的处理主要是施行水土保持，以减少泥沙来量，进库泥沙则基本上拦蓄起来，以避免下游河道继续淤高，并照顾到灌溉渠道不致淤塞。正常高水位决定为360米，初期运用定为350米。正常高水位由350米抬到360米，对陕西省影响最大。关于360米正常高水位，初期运用为350 米的问题，陕西虽曾表示同意，但不是没有问题，所以以后陆续也还有人提出许多意见。
他根据各方面的意见，归纳为以下三个中心问题，供讨论会参考：1.三门峡水库的规划是从综合利用方面来考虑，还是以防洪为主或单纯考虑防洪；2.如果采取综合利用的方案，是否适当地降低发电量；3.基本上同意原设计方案，降低初期运用水位，适当地改变结构设计(如留底孔排沙等)。
在讨论会上，拦洪蓄沙的高坝派、拦洪排沙的低坝派和只有黄万里一人的“反上派”(反对上三门峡工程)，展开了激烈的争论。
高坝派代表为三门峡水利工程局总工程师汪胡桢和工程师沈崇刚等。他们再次把下游河道的形势说得岌岌可危，说如果等着中上游水土保持(主要指在支流建坝拦沙)见效再建三门峡大坝，下游就可能改道，因此主张立即建三门峡大坝，拦洪蓄沙，让清水出库，并反对减少库容，不减少库容就是主张建360米大坝，在这个高度的库容是647亿立方，但可以分段蓄水。
低坝派以温善章为代表，主张拦洪排沙。这派人明显处于少数。他们希望保护耕地，减少库容，降低蓄水线(335米或330米、320米)。
黄万里与“主上派”对垒，孤身舌战。黄万里认为不能在这个淤积段上建坝，否则下游的水患将移至中游关中平原，而且他认为，河道里的泥沙起上游切割、下游造陆的自然作用，建坝拦沙让黄河清是违反自然规律的，是不现实的，何况清水出库对下游河床也不利。
反上派黄万里认为，“有坝万事足，无泥一河清”的设计思想会造成历史上严重的后果。关于水库的运用，他说，最经济的是在7月把库水放到死水位，7～9月全部有效库量专为防洪用。7、8月份可以靠自然雨量来灌溉，用水库预防这时的大旱是不值得的。最后他谈到了建坝将破坏河沙自然运行，由于水库上游边缘附近的淤积，那里的洪水位将抬高，可以想见，无须等到水库淤满，今日下游的洪水，他年也将在上游出现。现计划把希望寄托在水土保持上，但是即使水土保持生效，清水仍在支流里冲刷河床而变为浑水，最后仍将泥沙淤在水库上游边缘。同时在坝的下游，出库的清水又使下游的防护发生困难。他说应该刷沙出库，而不要故意在库内做水土保持。坡面上的水土保持应该设法尽量保持在原地，而对已流入河槽的泥沙应该使它们继续随水流下去。那些故意要把泥沙留在库内的设计思想是错误而有害的，在支流修拦沙坝是企图改变客观规律的措施，是不正确的。认识到河槽内泥沙向下运行是自然规律，就必然要研究刷沙出库的方法。他建议在坝底留出容量相当大的泄水洞，以备日后冲沙之用。黄万里发言说，三门峡以下的河道大家都不同意淤积，为什么同意淤在三门峡以上呢？他认为水土保持即使完成100%，清水下来还是要带沙(当然沙要少一些)，沙将淤在上游，慢慢地造成上游地区闹水灾。所以他认为，应该把泥沙一直排下去，除非真没办法排下去，也应该留下底孔，或用其他方法以后把沙排下去。
据黄万里说，当时出席会议的专家“大多同意苏联专家的设计，只有笔者一人根本反对修此坝，并指出此坝修后将淤没田地，造成城市惨状。争辩七天无效后笔者退而提出：若一定要修此坝，则建议勿堵塞六个排水洞，以便将来可以设闸排沙。此点全体同意通过。但施工时，苏联专家坚持按原设计把六个底孔都堵死了。”
70年代，这些底孔又以每个1000万元的代价打开。四十多年后，曾参与三门峡工程技术工作的一位著名教授在《自述》中坦承，他“参加了导流廊道的封堵，造成水库淤积，危及关中平原，必须重新打开导流廊道，增建冲沙泄洪隧洞，减少水电装机容量，为此深感内疚，看来要坚持正确意见，还是很不容易的”。
时间毫不留情地验证了一切。
1957年，三门峡水库高坝派取得了胜利。按他们的方法，在黄河上游筑坝进行水土保持，在三门峡建高坝拦洪蓄沙。这样搞了五十年后，今天的情况怎么样呢？水土保持日益恶化，下游河水已所剩无几。从1972年黄河开始断流，20世纪90年代已每年断流平均100多天，1997年达222天。三门峡水库建成后不到两年，水库淤积严重，渭河河口淤积4米多高，西安已面临威胁。
时间也验证了低坝派的观点。由于陕西省反应强烈，1958年4月，周恩来曾主持召开三门峡水库现场会。为了上保西安，将大坝定为按360米设计，350米施工，1960年蓄水，汛前水库高程为335米，近期最高拦洪水位不超过333米。调整后，三门峡水库的实际运用也没达到温善章主张的335米高程。
1964年6月，水电部在三门峡现场讨论了工程改建方案问题。会议上汇报了人造洪峰期
间渭河下游的淤积情况，三门峡水库淤积延伸的部位。1964年12月5日至18日，国务院在北京召开治黄会议，周总理于12月18日作了总结讲话。他讲：“这次会议是国务院召开的，讨论三门峡枢纽改建问题，要下决心，要开始动工，不然泥沙问题更不好解决。当然，有了改建工程也不能解决全部问题，改建也是临时性的，改建后，情况总会好一些。当前关键问题在泥沙，五年三门峡水库就淤成这个样子，如不改建，再过五年水库淤满后遇上洪水，无疑将会对关中平原有很大影响。关中平原不仅是农业基地，而且是工业基地，不能只顾下游不看中游，更不能说为了救下游，宁可淹关中。要有全局观点。”
周恩来总理提出了两个确保，即确保下游，确保西安。
应该指出：三门峡水利枢纽虽经两次改建，潼关以上黄渭洛汇流区的淤积局面并没有得到根本改变。从1960年至1995年，三门峡库区冲淤累计总淤积量为 55.65亿吨，其中潼关以上为45.45亿吨，占总淤积量的81.65%，潼关以下淤积量为10.21亿吨，占总淤积量的18.36%，说明潼关以下虽有冲刷而潼关以上淤积一直在发展，各河的淤积还在向上游延伸……潼关以上淤积最为严重的是汇流区，汇流区的严重淤积使黄河洪水倒灌渭河的概率增加，使渭河口河水倒流，往往造成渭河口的淤堵，形成严重的灾害。黄河洪水对渭河的倒灌使渭河入黄口门不断地向西倒……
渭南水患，移民困难，这个决策错误造成的仍在流血的伤口，什么时候才能愈合呢？
王维洛的《前事不忘，后事之师──纪念黄河三门峡工程建成四十周年》写道：“1957年4月，黄河三门峡水利枢纽工程正式开工。1960年9月，三门峡大坝建成，大坝下闸蓄水。工程总投资预算为13亿元，而工程总结算时实际耗资达40亿元。对于生活在2000年的中国人来说，这40亿元并不是一个天文数字，而对当时的中国来说，这相当于四十座武汉长江大桥的造价。特别是从1959年以来，中国进入所谓的‘三年自然灾害时期’，经济发展出现大倒退，一些农村出现饿死人现象。就是在这样的情况下，三门峡工程跟原子弹试验工程一样，
得到中央政府财政上的特别优先保证。可以说，中国人勒紧了裤腰带，直勒到奄奄一息的程度，来支持三门峡大坝的建设。建造三门峡大坝的水泥是从国外进口的，是用两袋小麦换一袋水泥、一吨猪肉换一吨钢筋换来的。如果把这40亿元用来购买救灾粮，至少可以获得800亿斤粮食，这些粮食足以挽救几千万中国人的生命。”后来三门峡大坝的改建究竟花了多少钱，从来没有做过披露。三门峡水电站原定装八台13.75万千瓦的发电机，装机总容量为110万千瓦，因蓄水位降低，又改成五台5万千瓦的机组，装机总容量为25万千瓦，只好把已装上的电机拆卸下来，运到别处。现在三门峡水电站已再经改装，装机总容量为40万千瓦，但一直未能达到设计的满负荷运转，从投资的角度讲，谈不上多大经济效益。打开施工堵死的导流底孔的代价就是每个1000万元(当时一斤白面的价格是0.18元)。更重要的是，大坝使上游泥沙淤积，洪灾有增无减。2003年陕西三五年一遇的小洪水，其所造成的后果即相当于五十年一遇的洪灾，全省有1080万亩农作物受灾，225万亩绝收，受灾人口515万人，直接经济损失82.9亿元。如此之高的代价要是也能以“交学费”来轻巧自慰的话，那也该看看是不是从中真正学到了点什么吧？
摘自《长河孤旅：黄万里九十年人生沧桑》
